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DNAのハイブリダイゼーションを活用した色素ナノ超分子の合成

Research Project

Project/Area Number 16651058
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Nanomaterials/Nanobioscience
Research InstitutionNagoya University (2005)
The University of Tokyo (2004)

Principal Investigator

浅沼 浩之  名古屋大学, 大学院・工学研究科, 教授 (20282577)

Project Period (FY) 2004 – 2005
Project Status Completed (Fiscal Year 2005)
Budget Amount *help
¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 2004: ¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
KeywordsDNA / 色素 / H会合体 / コンジュゲート / ナノクラスター / キラリティー
Research Abstract

本研究では、機能分子として色素分子を天然のヌクレオチドの代わりに複数個導入したDNA-色素コンジュゲートを合成することで、新規なナノ超分子の構築を目指す。前年度、我々はD-threoninolをリンカーに用いてメチルレッド(あるいはナフチルレッド)と1,3-propanediolをDNA鎖の中央に交互に導入した、互いに相補的なDNAコンジュゲートを合成し、これをハイブリダイズすることで色素がアンチパラレルにスタックしたH会合体の調製に成功している。本年度は、この会合体の構造解析および配向制御を目指した。
NMRによる構造解析の結果、DNAの中央に導入された色素分子は設計どおりに互いにアンチパラレルに配向していることが判った。また配向状態の詳細も明らかとなり、吸収スペクトルと会合状態の対応も判明した。次にメチルレッドを導入するためのリンカーをL-threoninolに変えたところ、CDスペクトルに大きな変化が見られた。D-threoninolを使用した場合には色素の極大吸収波長領域のCDスペクトルが大きな正のコットン効果を示したのに対し、L-threoninolではD-体の1/5以下に低下した。この事実は、D-threoninolでは色素会合体がDNA中で右巻きらせんを形成しているのに対し、L-threoninolではほとんどらせんを形成していないことを意味する。このようにリンカーのキラリティーを変えることで、色素会合体の配向状態を制御できた。

Report

(2 results)
  • 2005 Annual Research Report
  • 2004 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2006 2005 2004

All Journal Article (9 results)

  • [Journal Article] Covalent Incorporation of Methyl Red Dyes into Double-Stranded DNA for Their Ordered Clustering2006

    • Author(s)
      Kashida, H., Tanaka, M., Baba, S., Sakamoto, T., Kawai, G., Asanuma, H., Komiyama, M.
    • Journal Title

      Chem.Eur.-J. 12

      Pages: 777-784

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Azobenzene-tethered T7 promoter for Efficient Photoregulation of Transcription2006

    • Author(s)
      Liu, M., Asanuma, H., Komiyama, M.
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 128

      Pages: 1009-1015

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Design of Light-switchable Phage Promoter for Efficient Photo-regulation of Gene-expression2005

    • Author(s)
      Liu, M., Komiyama, M., Asanuma, H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.Supple. 49

      Pages: 283-284

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Clear-cut photo-regulation of the formation and dissociation of the DNA duplex by modified oligonucleotide involving multiple azobenzenes2005

    • Author(s)
      Asanuma, H., Matsunaga, D., Komiyama, M.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.Supple. 49

      Pages: 35-36

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Interstrand H-aggregation of Cationic Dyes for Narrowing the Absorption Spectra and Stabilizing the Duplex2004

    • Author(s)
      H.Kashida, H.Asanuma, M.Komiyama
    • Journal Title

      Supramolecular Chemistry 16

      Pages: 459-464

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Alternating Hetero H Aggregation of Different Dyes by Interstrand Stacking from Two DNA-Dye Conjugates2004

    • Author(s)
      H.Kashida, H.Asanuma, M.Komiyama
    • Journal Title

      Angewandte Chemie, International Edition 43

      Pages: 6522-6525

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Photo-regulation of RNA Digestion by RNase H with Azobenzene-Tethered DNA2004

    • Author(s)
      D.Matsunaga, H.Asanuma, M.Komiyama
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society 126

      Pages: 11452-11453

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Real time monitoring of the interaction of T7 RNA polymerase with azobenzene-tethered T7 promoter by biosensor2004

    • Author(s)
      M.Liu, H.Asanuma, M.Komiyama
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research, Supplemental 4

      Pages: 221-222

    • Related Report
      2004 Annual Research Report
  • [Journal Article] Photoregulation of in vitro transcription/translation of GFP by tethering an azobenzene to T7 promoter2004

    • Author(s)
      J.Zhao, J.Zhou, M.Liu, H.Asanuma, M.Komiyama
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research, Supplemental 4

      Pages: 199-200

    • Related Report
      2004 Annual Research Report

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Published: 2004-04-01   Modified: 2016-04-21  

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