| Project/Area Number | 16H06279 |
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Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas ― Platforms for Advanced Technologies and Research Resources
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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| Principal Investigator(Support) |
小原 雄治 国立遺伝学研究所, 先端ゲノミクス推進センター, 特任教授 (70135292)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)(Support) |
加藤 和人 大阪大学, 大学院医学系研究科, 教授 (10202011)
川嶋 実苗 国立研究開発法人科学技術振興機構, バイオサイエンスデータベースセンター, 研究員 (00396706)
豊田 敦 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 特任教授 (10267495)
鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
三井 純 東京大学, 医学部附属病院, 特任准教授 (70579862)
林 哲也 九州大学, 大学院医学研究院, 教授 (10173014)
時野 隆至 札幌医科大学, 医学部, 教授 (40202197)
黒川 顕 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (20343246)
中村 保一 国立遺伝学研究所, 生命情報研究センター, 教授 (60370920)
野口 英樹 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任教授 (50333349)
高木 利久 東京大学, 大学院理学系研究科, 教授 (30110836)
岩崎 渉 東京大学, 大学院理学系研究科, 准教授 (50545019)
森下 真一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
浅井 潔 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)
笠原 雅弘 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 講師 (60376605)
伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
山田 拓司 東京工業大学, 生命理工学院, 准教授 (10437262)
小椋 義俊 九州大学, 大学院医学研究院, 准教授 (40363585)
久原 哲 九州大学, 大学院農学研究院, 名誉教授 (00153320)
高橋 弘喜 千葉大学, 真菌医学研究センター, 准教授 (60548460)
瀬々 潤 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 研究チーム長 (40361539)
榊原 康文 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)
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| Project Period (FY) |
2016 – 2021
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| Project Status |
Granted(Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥7,698,340,000 (Direct Cost : ¥5,921,800,000、Indirect Cost : ¥1,776,540,000)
Fiscal Year 2018 : ¥1,282,970,000 (Direct Cost : ¥986,900,000、Indirect Cost : ¥296,070,000)
Fiscal Year 2017 : ¥1,282,970,000 (Direct Cost : ¥986,900,000、Indirect Cost : ¥296,070,000)
Fiscal Year 2016 : ¥1,283,490,000 (Direct Cost : ¥987,300,000、Indirect Cost : ¥296,190,000)
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| Keywords | ゲノムアッセンブル / ゲノム多型 / エピゲノム / メタゲノム / ゲノムアノテーション / 次世代DNAシーケンサー / 新規ゲノム配列決定 / リシーケンシング / RNA-Seq / 1細胞解析 / メタゲノム解析 / スーパーコンピューター |
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| Outline of Annual Research Achievements |
①総括支援活動では、支援課題の公募を行い、領域外有識者による審査委員会により選考し、支援を行った。経費上限設定など多くの採択ができるように努めた結果、応募188件、採択93件(採択率49.5%)となった。支援の成果として2017年度に54報の論文発表がなされた。
②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、最先端技術を提供するためにそれらの整備や高度化を進めた。遺伝研拠点では染色体の端から端までの連続した配列完成を目指して、ロングリードシーケンサー(PacBio Sequel)、長鎖DNA試料調製技術、さらに1分子ゲノムマッピングシステム(Irysシステム)の最適化を進め、実際の試料に応用した。東大柏拠点では、1細胞解析技術を整備し支援に供するとともに、Nanopore MinIONを用いた一連の要素技術開発を進めた。九大拠点では微生物ゲノムのNGS解析最適化を進めた。札幌医大拠点ではLiquid Biopsyによる体細胞における低頻度変異検出技術開発を進めた。
③高度情報解析支援ネットワーク活動では、支援から浮かび上がった課題を解決するソフトウェアの開発を進めた。支援で特に活用されたものは、真核2倍体用denovoハプロタイプアセンブラPlatanus2(東工大)、染色体大規模構造変異高精度検出アルゴリズムCOSMOS、変異解析結果の信頼性を評価するソフトウェアEAGLE(以上、産総研)、エクソン・イントロン境界におけるスプライソソーム結合頻度の解析パイプライン(東大)、であった。また、CLIP-seqデータの解析パイプライン、高速オルソログ同定プログラムSonicParanoid、ロングリード向けアラインメントツールminialign(以上、東大)は今後の活用が予想される。
高度化等の成果として48報の論文発表がなされた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2 : Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
・研究支援代表の下、研究支援分担者21名、連携研究支援者26名、総勢48名の班員が全国16の大学・研究機関(部局数は25)から参加して、支援及びそのための技術高度化を進めることができた。また、引き続き国立遺伝学研究所を中核機関とし、参加する班員が所属する主な機関を連携機関とする連携ネットワークを形成して、支援を進めた。
・支援課題公募については、透明性を確保するために審査委員会は領域外有識者のみとし、領域からの技術的・経費的な情報提供を参考に支援課題を決定した。支援希望内容は各課題で拡大する傾向にあるが、経費上限を設定するなどしてできるだけ多く支援するように努め、本年度は採択率を約50%に引き上げることができた。科研費全種目から課題採択できているが、同程度の評価の場合は若手・少額科研費からの課題を優先するなどの措置をとった。支援技術分類は、新規ゲノム決定 : 18件、変異解析 : 25件、修飾解析 : 21件、RNA解析 : 40件、メタゲノム解析等 : 5件、超高感度解析 : 10件、情報解析のみ : 3件、合計122(採択1件あたり複数の技術支援がある)であり、引き続き多様な技術の提供ができた。
・支援技術の高度化のための活動も大規模DNAシーケンシング支援、高度情報解析支援共に進めることができた。
・初年度開催できなかった拡大班会議を開催し、支援依頼者の若手共同研究者の旅費援助をするなどして、支援側と依頼者の交流を深めることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
・最先端の技術をより多く提供するために、支援技術の高度化を進めることが重要である。ゲノム解析は技術進展のスピードが特に速く、2-3年で解析手法が様変わりするために、新たなDNAシーケンシング技術の導入・開発、目的に沿った情報解析技術の開発と整備が中心になる。
・支援課題の採択率は、現状は予算の制限から50%にとどまっており、より多い課題の支援が求められる。現状では、各支援課題の支援経費の上限を設けて、これを超す分は経費負担を求める形にすることで、ようやくこの採択率になっている。解析内容を精査する効果はあるが、一方でゲノム解析においては一定規模以上で支援しないと意味のある結果が出ないことも多く、若手をはじめ、経費面で敷居が高くなるケースもある。そのためにも技術高度化により、より効果的な解析技術の整備やコスト削減を図っていく必要がある。
・大量データ解析の支援要望はますます増加していることから、解析パイプラインの整備とともに、情報解析講習会の開催を継続拡充する必要がある。
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