1分子解像度でRNA-タンパク質複合体の細胞内分布を一斉計測する新テクノロジー
Project/Area Number |
16J06287
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Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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Allocation Type | Single-year Grants |
Section | 国内 |
Research Field |
System genome science
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Research Institution | Keio University |
Principal Investigator |
石黒 宗 慶應義塾大学, 政策・メディア研究科, 特別研究員(DC1)
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Project Period (FY) |
2016-04-22 – 2019-03-31
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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Budget Amount *help |
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2018: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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Keywords | RNA editing / In situ RNA imaging / Single-cell analysis / Synthetic biology / In situ RNA sequencing / RNA-タンパク質相互作用 / RNAイメージング / DNAバーコード / 合成生物学 / 細胞動態解析 |
Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、In situ RNAシーケンシング法およびRNA結合タンパク質の網羅的な解析により、一細胞レベルでRNA分子、RNA結合タンパク質との相互作用の同時検出技術の開発を目的としている。一細胞レベルでのRNA-タンパク質相互作用の計測は、アデニンの脱アミノ化反応によるA-to-I RNA編集等のRNA修飾、またそれによる細胞内局在の変化を明らかにできる可能性がある。今年度は特にIn situ RNAシーケンシング法の確立に加えて、マイクロRNAにおけるA-to-I RNA編集の超並列シーケンサーを用いた同定、さらにADARタンパク質と相互作用するマイクロRNAの情報学的解析を実施した。これにより、mature miRNA(成熟型)に加えて、pre-miRNA(前駆体)は、ADAR1-p110あるいはADAR2と特異的に結合することが示唆された。このADARアイソフォーム特異的に結合するマイクロRNAを用いたRNA二次構造解析より、マイクロRNAのポジション毎の塩基対合確率の比較を一塩基毎に行った。その結果から、ADARアイソフォーム特異的に結合するマイクロRNA群は異なる二次構造的な特徴を有し、その相互作用パタンによってRNA編集や局在が制御されうる可能性を示唆した。
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Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(3 results)
Research Products
(13 results)
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[Journal Article] Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space2018
Author(s)
Nishimasu Hiroshi、Shi Xi、Ishiguro Soh、Gao Linyi、Hirano Seiichi、Okazaki Sae、Noda Taichi、Abudayyeh Omar O.、Gootenberg Jonathan S.、Mori Hideto、Oura Seiya、Holmes Benjamin、Tanaka Mamoru、Seki Motoaki、Hirano Hisato、Aburatani Hiroyuki、Ishitani Ryuichiro、Ikawa Masahito、Yachie Nozomu、Zhang Feng、Nureki Osamu
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Journal Title
Science
Volume: 361
Issue: 6408
Pages: 1259-1262
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] A CRISPR-barcode technology to isolate a target clone from different cell population samples.2018
Author(s)
Soh Ishiguro, Kana Ishida, Hideto Mori, Mamoru Takana, Nanami Masuyama, Motoaki Seki, Keiji Nishida, Akihiko Kondo, Satoru Kuhara, Masaru Tomita, Hiroyuki Aburatani, and Nozomu Yachie
Organizer
Keystone Symposia, Genome Engineering: From Mechanisms to Therapies
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Author(s)
Soh Ishiguro, Kana Ishida, Hideto Mori, Mamoru Takana, Nanami Masuyama, Motoaki Seki, Keiji Nishida, Akihiko Kondo, Satoru Kuhara, Masaru Tomita, Hiroyuki Aburatani, and Nozomu Yachie
Organizer
Asia Synthetic Biology Association Meeting 2018
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