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Cas9タンパク質によるPAM配列認識機構の解明

Research Project

Project/Area Number 16J08032
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Applied biochemistry
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

山野 峻  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2016-04-22 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2017: ¥600,000 (Direct Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2016: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywords結晶構造解析 / CRISPR / PAM認識機構 / 構造生物学 / ゲノム編集
Outline of Annual Research Achievements

当初の研究計画に記載した、外来配列の取り込みに関わる複合体の構造解析に関しては、複合体の構成要素のタンパク質の発現と精製には成功したものの、複合体の結晶をえることはできなかった。したがって、昨年から始めた新規CRISPR関連ヌクレアーゼであるCpf1の結晶構造解析に引き続き取り組んだ。昨年の研究成果から、Cpf1はCas9とは異なるPAM認識機構を有することが明らかになった。そこで、今年はCpf1のPAM認識機構に着目した。Cpf1はTTTVという配列を特異的に認識するが、他の配列を認識できない理由を構造から明らかにすることに成功した。Cpf1は標的DNAの形状と配列の両方を認識するが、そこではPAM認識に関わるチャネルの構造変化が伴うことが明らかになった。Cを多く含む配列ではTを多く含む配列とは異なる形状をとり、この形状の違いによりCpf1のPAM認識チャネルに適切に収納されないことが明らかになった。Cpf1のPAM認識機構のCas9との違いの詳細を明らかにすることに成功した。この研究成果は昨年Molecular Cell誌に掲載された。
また、認識できるPAM配列を変更したCpf1の改変体が報告されている。しかし、そのPAM認識機構は不明であった。そこで、結晶構造解析からそのPAM認識機構の詳細を明らかにすることを試みた。構造解析の結果、通常のCpf1では標的DNAの副溝側から多くの塩基が認識される一方で、改変体では主溝側からの塩基の認識が増えていることが明らかになった。この成果もMolecular Cell誌に掲載された。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2017 2016

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] Engineered Cpf1 variants with altered PAM specificities.2017

    • Author(s)
      Gao, L., Cox, D.B.T., Yan, W.X., Manteiga, J.C., Schneider, M.W., Yamano, T., Nishimasu, H., Nureki, O., Cresetto, N., and Zhang, F.
    • Journal Title

      Nature biotechnology

      Volume: 35 Pages: 789-792

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for the altered PAM recognition by engineered CRISPR-Cpf12017

    • Author(s)
      Nishimasu, H., Yamano, T., Gao, L., Zhang, F., Ishitani, R., and Nureki, O.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 67 Pages: 139-147

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for the canonical and non-canonical PAM recognition by CRISPR-Cpf12017

    • Author(s)
      Yamano, T., Zetsche, B., Ishitani, R., Zhang, F., Nishimasu, H., and Nureki, O.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 67 Pages: 633-645

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure of Cpf1 in Complex with Guide RNA and Target DNA2016

    • Author(s)
      Yamano T, Nishimasu H, Zetsche B, Hirano H, Slaymaker IM, Li Y, Fedorova I, Nakane T, Makarova KS, Koonin EV, Ishitani R, Zhang F, Nureki O
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 165 Issue: 4 Pages: 946-962

    • DOI

      10.1016/j.cell.2016.04.003

    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Structural basis for the PAM recognition by CRISPR-Cpf12017

    • Author(s)
      Takashi Yamano
    • Organizer
      The 43rd NAITO CONFERENCE ON Noncoding RNA
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] CRISPR-Cpf1のPAM認識機構の解明2017

    • Author(s)
      Takashi Yamano
    • Organizer
      第19回日本RNA学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural basis for the PAM recognition by CRISPR-Cpf12017

    • Author(s)
      Takashi Yamano
    • Organizer
      CRISPR2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] V型CRISPR-Cas系にかかわるCpf1の結晶構造2016

    • Author(s)
      山野峻, 西増弘志, 石谷隆一郎, 濡木理
    • Organizer
      日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      茨城県立県民文化センター(茨城県・水戸市)
    • Year and Date
      2016-11-17
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Crystal structure of Cpf1 in complex with guide RNA and target DNA2016

    • Author(s)
      Yamano, T., Nishimasu, H., Ishitani, R., Nureki, O.
    • Organizer
      Annual Genome Editing Congress 2016
    • Place of Presentation
      London (UK)
    • Year and Date
      2016-11-10
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] V型CRISPR-Cas系にかかわるCpf1の結晶構造2016

    • Author(s)
      山野峻, 西増弘志, 石谷隆一郎, 濡木理
    • Organizer
      SPring-8シンポジウム2016
    • Place of Presentation
      関西学院大学 神戸三田キャンパス(兵庫県・三田市)
    • Year and Date
      2016-08-29
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Crystal structure of Cpf1 in complex with guide RNA and target DNA2016

    • Author(s)
      Yamano, T., Nishimasu, H., Ishitani, R., Nureki, O.
    • Organizer
      RNA2016
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都府・京都市)
    • Year and Date
      2016-06-28
    • Related Report
      2016 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2016-05-17   Modified: 2024-03-26  

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