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胞子形成細菌の多様性と分類に関する研究

Research Project

Project/Area Number 16J30010
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biodiversity/Systematics
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

渡邊 美穂  北海道大学, 低温科学研究所, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2016-04-22 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywords細菌 / 内生胞子 / 分類 / 系統 / 系統分類 / 胞子形成 / ゲノム解析 / 新規細菌
Outline of Annual Research Achievements

内生胞子は、強いストレス耐性を有する細菌細胞形態のひとつである。内生胞子は医薬・農・環境微生物学等さまざまな研究分野で重要視されている。しかし、その系統的広がりやその機構の進化については未知のままである。細菌における胞子形成機構について明らかにすることは、細菌の系統進化解明にもつながり得ると考えられる。本研究では胞子形成細菌の多様性を明らかにし、その進化過程の解明および分類体系の確立を目的とした。
本年度においては、胞子形成性硫酸還元細菌群の大規模な再分類の提唱を主に行った。Desulfotomaculum属は、グラム陽性胞子形成性の硫酸還元細菌の一群である。この属は系統的多様性が非常に高いために、これに含まれる35種は8つの下位分類群(DesulfotomaculumサブクラスターIa~Ih)に分けられていた。この下位分類群の中にはCryptanaerobacter, Desulfurispora, Pelotomaculum, Sporotomaculumの異なる4属も混在しており、その中には硫酸還元を行わない特徴を持つものも含まれる。本研究では、Desulfotomaculum属の下位分類群についてその系統学的な関係性を精査した。それぞれの下位分類群に属する株のゲノムから得た代表的なハウスキーピング遺伝子を用いて複数の系統樹を作成した。その結果、それぞれの下位分類群は少なくとも属レベルの分類群に相当しうることが確認された。このことから、本属の基準株を含んでいるグループのみをDesulfotomaculum属として、それ以外の4グループに対応する新属を設ける旨の再分類提唱を行った。この結果は国際誌上で発表し、提唱した4属については有効な名前として記載されている。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2019 2018 2017 2016 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 6 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Genomic Characteristics of Desulfonema ishimotonii Tokyo 01T Implying Horizontal Gene Transfer Among Phylogenetically Dispersed Filamentous Gliding Bacteria2019

    • Author(s)
      Watanabe Miho、Kojima Hisaya、Umezawa Kazuhiro、Fukui Manabu
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 10 Pages: 1-11

    • DOI

      10.3389/fmicb.2019.00227

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  • [Journal Article] Review of Desulfotomaculum species and proposal of the genera Desulfallas gen. nov., Desulfofundulus gen. nov., Desulfofarcimen gen. nov. and Desulfohalotomaculum gen. nov.2018

    • Author(s)
      Watanabe Miho、Kojima Hisaya、Fukui Manabu
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 68 Issue: 9 Pages: 2891-2899

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.002915

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    • Author(s)
      渡邊美穂
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 96

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  • [Journal Article] Complete genome sequence of Marinifilaceae bacterium strain SPP2, isolated from the Antarctic marine sediment2017

    • Author(s)
      Watanabe Miho、Kojima Hisaya、Fukui Manabu
    • Journal Title

      Marine Genomics

      Volume: 印刷中 Pages: 1-2

    • DOI

      10.1016/j.margen.2017.06.006

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  • [Journal Article] Sulfuritortus calidifontis gen. nov., sp. nov., a sulfur oxidizer isolated from a hot spring microbial mat2017

    • Author(s)
      Hisaya Kojima, Miho Watanabe, Manabu Fukui
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)

      Volume: 67 Issue: 5 Pages: 1355-1358

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.001813

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  • [Journal Article] Desulfocucumis palustris gen. nov., sp. nov., a mesophilic sulfate reducer belonging to Desulfotomaculum subcluster Ig2017

    • Author(s)
      Watanabe Miho、Kojima Hisaya、Fukui Manabu
    • Journal Title

      IJSEM

      Volume: 67 Issue: 8 Pages: 2679-2682

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.002005

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    • Author(s)
      Watanabe Miho、Higashioka Yuriko、Kojima Hisaya、Fukui Manabu
    • Journal Title

      IJSEM

      Volume: 67 Issue: 8 Pages: 2994-2997

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.002062

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  • [Journal Article] Draft genome sequence of Desulfoplanes formicivorans Pf12BT, a sulfate-reducing bacterium of the family Desulfomicrobiaceae2017

    • Author(s)
      Miho Watanabe, Hisaya Kojima, Manabu Fukui
    • Journal Title

      Standards in Genomic Science

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 34-34

    • DOI

      10.1186/s40793-017-0246-2

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  • [Journal Article] Sulfurivermis fontis gen. nov., sp. nov., a sulfur-oxidizing autotroph, and proposal of Thioprofundaceae fam. nov.2017

    • Author(s)
      Kojima Hisaya、Watanabe Miho、Fukui Manabu
    • Journal Title

      IJSEM

      Volume: 67 Issue: 9 Pages: 3458-3461

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.002137

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  • [Journal Article] High-quality draft genome sequence of Effusibacillus lacus strain skLN1T, facultative anaerobic spore-former isolated from freshwater lake sediment2017

    • Author(s)
      Watanabe Miho、Tokizawa Riho、Kojima Hisaya、Fukui Manabu
    • Journal Title

      Standards in Genomic Science

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 76-76

    • DOI

      10.1186/s40793-017-0302-y

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      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Sulfuritortus calidifontis gen. nov., sp. nov., a novel sulfur oxidizer isolated from a hot spring microbial mat.2017

    • Author(s)
      Hisaya Kojima, Miho Watanabe, and Manabu Fukui
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 印刷中

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hymenobacter nivis sp. nov., isolated from red snow in Antarctica.2016

    • Author(s)
      Hisaya Kojima, Miho Watanabe, Riho Tokizawa, Arisa Shinohara and Manabu Fukui
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 66 Issue: 11 Pages: 4821-4825

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.001435

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      2016 Annual Research Report
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  • [Presentation] 糸状性硫酸還元細菌Desulfonema ishimotonii Tokyo 01株のゲノム解析2018

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      渡邊美穂、小島久弥、福井学
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    • Author(s)
      渡邊美穂
    • Organizer
      日本微生物生態学会第32回大会
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      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ダム湖から分離したBacteroides門Prolixibacter科の淡水性新規細菌の特徴づけ2017

    • Author(s)
      渡邊美穂、小島久弥、福井 学
    • Organizer
      環境微生物系合同大会2017
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  • [Presentation] 湿地から分離した新規硫酸還元細菌NAW-5株の諸特性とグラム陽性硫酸還元細菌群の再分類の検討2016

    • Author(s)
      渡邊 美穂、小島 久弥、福井 学
    • Organizer
      日本微生物生態学会 第31回大会
    • Place of Presentation
      横須賀市文化会館(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2016-10-21
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  • [Remarks] researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/m_watanabe

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  • [Remarks] Google scholar

    • URL

      https://scholar.google.co.jp/citations?hl=ja&user=pcD3IngAAAAJ

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      2018 Annual Research Report

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Published: 2016-05-17   Modified: 2024-03-26  

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