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Photo-physicochemical study of severe DNA damage aiming for its visualization in a cell

Research Project

Project/Area Number 16K00551
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Risk sciences of radiation and chemicals
Research InstitutionNational Institutes for Quantum Science and Technology

Principal Investigator

Akamatsu Ken  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, チームリーダー (70360401)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
KeywordsDNA損傷 / クラスタ―DNA損傷 / 蛍光共鳴エネルギー移動 / 重粒子線 / 電離放射線 / FRET(蛍光共鳴エネルギー移動) / イオンビーム / ラジカル消去能 / LET(線エネルギー付与) / クラスターDNA損傷 / FRET / 蛍光異方性 / DNA2本鎖切断末端 / Ku / チミングリコール / Alexa488 / クラスタ―DNA損傷 / ホモFRET / 塩基欠損部位 / クラスターDNA損傷 / 放射線 / DNA損傷 / FRET(フレット) / 量子ビーム
Outline of Final Research Achievements

There are various types of ionizing radiation, and the way in which energy is imparted to the surroundings differs depending on the quality of the radiation. Since the structure of DNA damage is related to its intracellular repairability, it is extremely important for radiation risk assessment and promotion of medical applications. However, the details of how the structure differs among the radiation qualities remain unclear. We have successfully developed and used a method to assess DNA damage localization (damage clustering) using the fluorescence resonance energy transfer (FRET) technique known as the 'nanometer ruler'. We clarified that the localization of DNA damage is different among radiation types. For example, carbon beams tend to cause localized damage.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

放射線には様々な種類(線質)があり、線質によって周辺へのエネルギー付与の仕方が異なるため細胞内で生じるDNA損傷の構造も異なるといわれている。細胞はDNA損傷を修復する機能を有しているが、その構造によっては修復が困難な場合がある。したがって、どのようなDNA損傷が高リスクか、或いはがん細胞死の直接原因となるか明らかにする必要がある。申請者はDNAの局在性を評価する方法(FRET法)の開発に成功したが、これを用いることで炭素線などのエネルギー付与の大きい放射線で損傷が局在化しやすいことを明らかにした。これまで計算科学による予測にすぎなかった「DNA損傷局在化」のエビデンスを得ることができた。

Report

(8 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (39 results)

All 2023 2022 2021 2020 2019 2018 2017 2016 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (31 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Formation of clustered DNA damage in vivo upon irradiation with ionizing radiation: Visualization and analysis with atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Nakano Toshiaki、Akamatsu Ken、Tsuda Masataka、Tujimoto Ayane、Hirayama Ryoichi、Hiromoto Takeshi、Tamada Taro、Ide Hiroshi、Shikazono Naoya
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Issue: 13

    • DOI

      10.1073/pnas.2119132119

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fluorescence anisotropy study of radiation-induced DNA damage clustering based on FRET2021

    • Author(s)
      Akamatsu Ken、Shikazono Naoya、Saito Takeshi
    • Journal Title

      Analytical and Bioanalytical Chemistry

      Volume: 413 Issue: 4 Pages: 1185-1192

    • DOI

      10.1007/s00216-020-03082-w

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Strand with mutagenic lesion is preferentially used as a template in the region of a bi-stranded clustered DNA damage site in Escherichia coli2020

    • Author(s)
      Shikazono Naoya、Akamatsu Ken
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 9737-9737

    • DOI

      10.1038/s41598-020-66651-0

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A Simplified Cluster Analysis of Electron Track Structure for Estimating Complex DNA Damage Yields2020

    • Author(s)
      Matsuya, Y., Nakano, T., Kai, T., Shikazono, N., Akamatsu, K., Yoshii, Y, Sato, T.
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 21 Issue: 5 Pages: 1-13

    • DOI

      10.3390/ijms21051701

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mutagenic potential of 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxoG) is influenced by nearby clustered lesions2018

    • Author(s)
      Shikazono Naoya、Akamatsu Ken
    • Journal Title

      Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis

      Volume: 810 Pages: 6-12

    • DOI

      10.1016/j.mrfmmm.2018.05.001

    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] New method for estimating clustering of DNA lesions induced by physical/chemical mutagens using fluorescence anisotropy2017

    • Author(s)
      K. Akamatsu, N. Shikazono, and T. Saito
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 536 Pages: 78-89

    • DOI

      10.1016/j.ab.2017.08.007

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A polymerization-based to construct a plasmid containing clustered DNA damage and a mismatch2016

    • Author(s)
      高橋桃子、赤松憲、鹿園直哉
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 510 Pages: 129-135

    • DOI

      10.1016/j.ab.2016.07.007

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      2016 Research-status Report
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  • [Presentation] 同一鎖上にAP部位を有するクラスターDNA損傷の分子動力学シミュレーショ ン2023

    • Author(s)
      寺川 和志, 藤原 進, 水口 朋子, 米谷 佳晃, 鹿園 直哉, 赤松 憲, 中村 浩章
    • Organizer
      医工連携を目指した生体分子・医療データの数値解析に関する研究会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛍光プローブで標識したギャップを有する DNA の分子モデリング2023

    • Author(s)
      橋 拓実 ティモシー, 藤原 進, 水口 朋子, 米谷 佳晃, 鹿園 直哉, 赤松 憲, 中村 浩章
    • Organizer
      医工連携を目指した生体分子・医療データの数値解析に関する研究会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular Dynamics Study on Cluster Damaged DNA Containing Apurinic/Apyrimidinic Sites on the Same Strand2023

    • Author(s)
      Terakawa Kazushi, Fujiwara Susumu, Mizuguchi Tomoko, Yonetani Yoshiteru, Shikazono Naoya, Akamatsu Ken, Nakamura Hiroaki
    • Organizer
      AROB-ISBC-SWARM 2023
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 水溶液中のフェムト秒レーザーフィラメントによるDNA損傷の特性2023

    • Author(s)
      赤松 憲, 遠藤 友随, 赤木 浩, 河野裕彦, 板倉 隆二
    • Organizer
      レーザー学会 学術講演会 第43回年次大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 電離放射線を照射したTK6細胞におけるゲノムDNA損傷の原子間力顕微鏡(AFM)による直接可視化2022

    • Author(s)
      中野 敏彰, 赤松 憲, 津田 雅貴, 井出 博, 鹿園 直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会 第65回大会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛍光異方性解析による放射線誘発DNA損傷の局在性評価―ラジカル消去剤の影響ー2022

    • Author(s)
      赤松 憲, 鹿園 直哉, 佐藤 勝也
    • Organizer
      QST高崎サイエンスフェスタ2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Direct visualization of isolated and clustered DNA damage using atomic force microscope (AFM) in TK6 cells exposed to ionizing radiation2022

    • Author(s)
      Nakano Toshiaki, Akamatsu Ken, Shikazono Naoya
    • Organizer
      Radiation Research Society's 68th Annual Meeting
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞模擬条件下で生じた放射線DNA損傷の局在性評価のための蛍光異方性解析2022

    • Author(s)
      赤松 憲, 鹿園 直哉, 佐藤 勝也, 齊藤 剛
    • Organizer
      日本放射線影響学会 第65回大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 水中の近赤外フェムト秒レーザーフィラメントによって生じるDNA損傷の特性2022

    • Author(s)
      赤松 憲, 遠藤 友随, 赤木 浩, 板倉 隆二, 河野 裕彦
    • Organizer
      OPTO2022(光・量子ビーム科学合同シンポジウム)
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 放射線照射した細胞に生じるDNA損傷の分子レベルでの可視化と解析2022

    • Author(s)
      中野 敏彰, 赤松 憲, 鹿園 直哉
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡を用いた変異原物質や放射線で生じる DNA損傷の直接観察2022

    • Author(s)
      中野 敏彰, 赤松 憲, 津田 雅貴, 井出 博, 鹿園 直哉
    • Organizer
      日本環境変異原ゲノム学会 第51回大会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 脱塩基部位からなるクラスターDNA損傷の分子動力学シミュレーション2022

    • Author(s)
      寺川 和志, 藤原 進, 水口 朋子, 米谷 佳晃, 鹿園 直哉, 赤松 憲, 中村 浩章
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular Dynamics Simulation of Clustered DNA Damage Composed of Apurinic/Apyrimidinic Sites2022

    • Author(s)
      Terakawa Kazushi, Fujiwara Susumu, Mizuguchi Tomoko, Yonetani Yoshiteru, Shikazono Naoya, Akamatsu Ken, Nakamura Hiroaki
    • Organizer
      The 41st JSST Annual International Conference on Simulation Technology
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] フェムト秒レーザーによる水溶液中フィラメント内のDNA損傷の評価2022

    • Author(s)
      赤松 憲, 遠藤 友随, 赤木 浩, 河野 裕彦, 板倉 隆二
    • Organizer
      分子科学討論会 第16回大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Characteristics of DNA damage induced by a femtosecond laser filament in water2022

    • Author(s)
      Akamatsu Ken, Endo Tomoyuki, Akagi Hiroshi, Kono Hirohiko, Itakura Ryuji
    • Organizer
      37th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] チミングリコール含有DNA二重鎖を標的とした蛍光性プローブの合成と機能評価2022

    • Author(s)
      佐藤 雄介, 高久 慶秀, 赤松 憲, 西澤 精一
    • Organizer
      日本放射線影響学会 第65回大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 放射線照射したプラスミドDNAに生じたクラスター損傷のFRET分析―乾燥及び細胞模擬条件下での比較2021

    • Author(s)
      赤松 憲、鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会第64回大会
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  • [Presentation] 細胞模擬条件下で放射線照射したプラスミドDNAに生じたクラスター損傷のFRET分析2020

    • Author(s)
      赤松 憲、鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会第63回大会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 放射線誘発クラスターDNA損傷の直接観察とその修復2020

    • Author(s)
      中野敏彰、赤松 憲、鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会第63回大会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 細胞への放射線照射によってDNA中に生じた損傷の可視化2020

    • Author(s)
      中野敏彰, 赤松 憲, 鹿園直哉, 平山 亮一, 玉田 太郎, 廣本 武史
    • Organizer
      量子生命科学会第2回大会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Study of radiation-induced clustered DNA damage by fluorescence anisotropy measurement based on Forster resonance energy transfer2019

    • Author(s)
      Ken Akamatsu, Naoya Shikazono
    • Organizer
      International Congress of Radiation Research(2019)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] クラスターDNA損傷の線質依存性―蛍光異方性観察によるアプローチ―2019

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      赤松 憲、鹿園 直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会(第62回)
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  • [Presentation] Template strand preference for replication at regions surrounding a clustered DNA damage site in Escherichia coli2019

    • Author(s)
      Naoya Shikazono, Ken Akamatsu,
    • Organizer
      International Congress of Radiation Research(2019)
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ホモFRETを利用したクラスターDNA損傷形態の線質依存性2018

    • Author(s)
      赤松 憲、鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会第61回大会
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  • [Presentation] Measurement and mutagenic potential of clustered DNA lesions2018

    • Author(s)
      Naoya Shikazono, Ken Akamatsu
    • Organizer
      International Workshop on Radiation Damage to DNA
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  • [Presentation] 重粒子線によって生じる難修復性複雑DNA損傷の構造的特徴2018

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      赤松 憲
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      原子衝突学会第43回年会
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      2018 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 放射線によって生成するDNA損傷の構造的特徴と修復性について2018

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      赤松 憲
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      シンポジウム「核酸の科学:その複製、化学修飾から損傷まで」 (東北大学大学院理学研究科数理化学研究室主催)
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    • Invited
  • [Presentation] 各種DNA損傷因子によって生じたクラスターDNA損傷のキャラクタリゼーション2017

    • Author(s)
      赤松 憲、鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会 年会ポスター講演
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 電離放射線によって生じたDNA損傷の局在性について―フェルスター共鳴エネルギー移動(FRET)を用いたアプローチ―2017

    • Author(s)
      赤松 憲
    • Organizer
      日本放射線影響学会 年会ワークショップ
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      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 修復困難な“クラスターDNA損傷”の探求―フェルスター共鳴エネルギー移動(FRET)を利用して2017

    • Author(s)
      赤松 憲
    • Organizer
      変異機構研究会 第30回夏の学校(日本環境変異原学会主催)
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      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 蛍光異方性を利用した放射線DNA損傷の局在性評価法の開発2016

    • Author(s)
      赤松憲、鹿園直哉、齊藤毅
    • Organizer
      第59回日本放射線影響学会
    • Place of Presentation
      JMSアステールプラザ(広島県広島市)
    • Year and Date
      2016-10-27
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      2016 Research-status Report
  • [Remarks] 関西光科学研究所 量子生命科学研究部 放射線DNA損傷研究グループ

    • URL

      http://www.kansai.qst.go.jp/organization-2-2.html

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      2016 Research-status Report

URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2024-01-30  

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