• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Precise enzyme immobilization in the nanopores for single-molecule DNA amplification

Research Project

Project/Area Number 16K05861
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Bio-related chemistry
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

Matsuura Shun-ichi  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 主任研究員 (80443224)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 馬場 知哉  国立遺伝学研究所, 先端ゲノミクス推進センター, 特任准教授 (00338196)
池田 拓史  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 主任研究員 (60371019)
山本 勝俊  北九州市立大学, 国際環境工学部, 教授 (60343042)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2016: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
KeywordsDNAポリメラーゼ / メソポーラスシリカ / 固定化酵素 / DNA増幅 / 1分子PCR / ナノ空間 / 反応制御 / 多孔質材料 / 1分子DNA増幅 / PCR / ナノ空間材料 / 1分子イメージング
Outline of Final Research Achievements

We successfully immobilized thermostable DNA polymerase on mesoporous silicas with different pore diameters and retained enzymatic activity sufficient for amplifying target DNA. The mesoporous silica support enabled the simple, selective, and preferential immobilization of DNA polymerase and the regulation of enzymatic activity for DNA amplification from small amounts of substrate DNA by optimizing pore size. In addition, the porous compact containing the mesoporous silica powder exhibited precise, efficient amplification of target DNA. Thus, these data show the great potential of mesoporous silica as enzymatic reaction platforms not only for conventional DNA amplification but also for efficient DNA amplification from small amounts of sample such as several molecules of DNA.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

精密なナノ空間空隙制御による1分子からの高効率の核酸増幅反応が実現すれば、従来のDNA増幅やRNA検出の他、ゲノムDNAを対象としたDNA増幅(LAMP法など)への活用が期待できる。具体的には、従来技術では達成不可能であった、1細胞レベルの核酸情報の高精度の解析が可能になるため、高感度の遺伝子診断への利用の他、難培養性の環境微生物等のゲノム解析を達成できるようになる。また、ナノ空間材料のバイオ分野での新たな利用価値を見出すことにもつながる。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (43 results)

All 2019 2018 2017 2016

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Book (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results)

  • [Journal Article] Successful Mesoporous Silica Encapsulation of Optimally Functional <i>Ec</i>DOS (<i>E. coli</i> Direct Oxygen Sensor), a Heme-based O<sub>2</sub>-Sensing Phosphodiesterase2019

    • Author(s)
      Tetsuji Itoh、Shun-ichi Matsuura、Tracy T. Chuong、Osamu Tanaike、Satoshi Hamakawa、Tetsuhide Shimizu
    • Journal Title

      Analytical Sciences

      Volume: 35 Issue: 3 Pages: 329-335

    • DOI

      10.2116/analsci.18P449

    • NAID

      130007609792

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • Year and Date
      2019-03-10
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Synthesis, crystal structure and physicochemical properties of organic-inorganic compounds KCS-3 and KCS-42019

    • Author(s)
      Ikeda Takuji、Nakaoka Takuma、Yamamoto Katsutoshi
    • Journal Title

      Microporous and Mesoporous Materials

      Volume: 284 Pages: 16-24

    • DOI

      10.1016/j.micromeso.2019.04.010

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Novel crystalline organic?inorganic hybrid silicate material composed of the alternate stacking of semi-layered zeolite and microporous organic layers2019

    • Author(s)
      Yamamoto Katsutoshi、Ikeda Takuji、Tsukamoto Yusuke、Nakaoka Takuma
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 9 Issue: 5 Pages: 2641-2644

    • DOI

      10.1039/c8ra09908a

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Novel Organic-Inorganic Hybrid Material KCS-2 Having Amphiphilic Nano-Space2018

    • Author(s)
      池田 拓史、山本 勝俊
    • Journal Title

      Nihon Kessho Gakkaishi

      Volume: 60 Issue: 5-6 Pages: 225-226

    • DOI

      10.5940/jcrsj.60.225

    • NAID

      130007526832

    • ISSN
      0369-4585, 1884-5576
    • Year and Date
      2018-12-15
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] アルカリ土類金属含有多孔質シリケートを経由するゼオライト合成ルート開発の展望2018

    • Author(s)
      山本 勝俊、池田 拓史
    • Journal Title

      触媒

      Volume: 60 Pages: 266-272

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enzyme Immobilization in Mesoporous Silica for Enhancement of Thermostability2018

    • Author(s)
      Shun-ichi Matsuura, Manami Chiba, Tatsuo Tsunoda, and Aritomo Yamaguchi
    • Journal Title

      Journal of Nanoscience and Nanotechnology

      Volume: 18 Issue: 1 Pages: 104-109

    • DOI

      10.1166/jnn.2018.14580

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis and crystal structure analysis of a novel microporous barium-containing silicate AES-202017

    • Author(s)
      K. Yamamoto, T. Ikeda, C. Ideta, K. Watanabe, T. Nakaoka
    • Journal Title

      Microporous Mesoporous Mater.

      Volume: 243 Pages: 239-246

    • DOI

      10.1016/j.micromeso.2017.02.034

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermoelectric Properties of Na2ZnSn5 Dimorphs with Na Atoms Disordered in Tunnels2017

    • Author(s)
      Masahiro Kanno, Takahiro Yamada, Takuji Ikeda, Hideaki Nagai, Hisanori Yamane
    • Journal Title

      Chemistry of Materials

      Volume: 29 Issue: 2 Pages: 859-866

    • DOI

      10.1021/acs.chemmater.6b04896

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] The microporous aluminosilicate with 12-, 12-, and 8-ring pores and isolated 8-ring channels2017

    • Author(s)
      N. Nakazawa, T. Ikeda (C.A.), H. Hiyoshi, Y. Yoshida, S. Inagaki and Y. Kubota
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 139 Issue: 23 Pages: 7989-7997

    • DOI

      10.1021/jacs.7b03308

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Helical disorder of sodium atom in the tunnel structure of thermoelectric compound Na2+xGa2+xSn4-x2017

    • Author(s)
      T. Ikeda, T. Yamada and H. Yamane
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. C

      Volume: 121 Issue: 37 Pages: 20141-20149

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.7b05727

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct single-molecule observations of DNA unwinding by SV40 large tumor antigen under a negative DNA superhelical state.2017

    • Author(s)
      Takahashi S, Motooka S, Kawasaki S, Kurita H, Mizuno T, Matsuura SI, Hanaoka F, Mizuno A, Oshige M, Katsura S
    • Journal Title

      J Biomol Struct Dyn

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 1-13

    • DOI

      10.1080/07391102.2016.1269689

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] マルチプローブを使った規則性ナノ空間物質の構造解析2019

    • Author(s)
      池田 拓史
    • Organizer
      「ナノ多孔性材料とその産業応用」に関する先導的研究開発委員会 第12回研究
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 南極コケ坊主由来Sphingomonas属細菌2種の環境適応に関する比較ゲノム解析2019

    • Author(s)
      赤澤優,阿部貴志,仁木宏典,馬場知哉
    • Organizer
      第13回日本ゲノム微生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] カチオン性ポリヒドロキシウレタンの酵素阻害挙動2018

    • Author(s)
      佐藤 航平、松村 吉将、古澤 宏幸、松浦 俊一、落合 文吾
    • Organizer
      第67回高分子討論会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ゼオライトの粉末X線構造解析と解析ソフトウエア高度化への貢献2018

    • Author(s)
      池田 拓史
    • Organizer
      日本結晶学会 2018年度年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 固体NMRと粉末X線回折による有機-無機ハイブリッド化合物のab-initio 結晶構造解析2018

    • Author(s)
      池田 拓史、塚本 悠介、山本 勝俊
    • Organizer
      第63回 固体NMR・材料フォーラム
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 粉末X線回折と固体NMRを用いた有機-無機ハイブリッド化合物のab-initio構造解析2018

    • Author(s)
      池田 拓史、塚本 悠介、山本 勝俊
    • Organizer
      日本結晶学会 2018年度年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] アンモニウムイオン交換および酸処理したゼオライトYNU-5の構造解析2018

    • Author(s)
      池田 拓史、吉田 友香、中澤 直人、稲垣 怜史、窪田 好浩
    • Organizer
      第34回ゼオライト研究発表会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Crystal structures of organic-inorganic hybrid compounds KCS-3 and KCS-52018

    • Author(s)
      池田 拓史、塚本悠介、中岡琢磨、山本 勝俊
    • Organizer
      International Symposium on Zeolites and Microporous Crystals (ZMPC) 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 末端有機基を持つ結晶性有機-無機ハイブリッド型多孔体の開発2018

    • Author(s)
      山本 勝俊、池田 拓史、塚本悠介
    • Organizer
      第48回石油・石油化学討論会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 有機シランの自己組織化による有機-無機ハイブリッド型多孔体合成2018

    • Author(s)
      山本 勝俊、池田 拓史
    • Organizer
      第48回石油・石油化学討論会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Spiro-5を持つ新規12員環ジンコリソシリケート2018

    • Author(s)
      山本 勝俊、今津 舞香、池田 拓史
    • Organizer
      第34回ゼオライト研究発表会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Synthesis of Crystalline Organic-Inorganic Hybrid Silicates from Terminal Organosilanes2018

    • Author(s)
      山本 勝俊、池田 拓史、塚本悠介、中岡琢磨
    • Organizer
      International Symposium on Zeolites and Microporous Crystals (ZMPC) 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Naを内包したトンネル構造を有するジントル相のディスオーダ2018

    • Author(s)
      山田 高広、菅野雅博、池田 拓史、永井 秀明、高津 浩、陰山 洋、山根 久典
    • Organizer
      第15回 日本熱電学会学術講演会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Naを内包したトンネル構造を有するジントル化合物のディスオーダ2018

    • Author(s)
      山田 高広、菅野雅博、池田 拓史、永井 秀明、高津 浩、陰山 洋、山根 久典
    • Organizer
      第79回応用物理学会秋季学術講演会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] GCMC法による新型ゼオライトYNU-5の12員環と8員環ミクロ孔との識別2018

    • Author(s)
      稲垣 怜史、吉田友香、中澤 直人、池田 拓史、仲井和之、窪田 好浩
    • Organizer
      第32回日本吸着学会研究発表会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 高異方性構造ユニットによるゼオライトナノシートの実用的合成2018

    • Author(s)
      津野地 直、池田 拓史、日吉 範人、可愛川 和希、山崎 義貴、今榮 一郎、定金 正洋、佐野 庸治
    • Organizer
      第34回ゼオライト研究発表会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 遺伝子の水平伝播とアミノ酸組成変化に基づく南極細菌の種固有な低温適応戦略の解明2018

    • Author(s)
      赤澤 優、阿部 貴志、仁木 宏典、馬場 知哉
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 両親媒性を有する有機-無機ハイブリッド多孔体の酵素反応への応用2017

    • Author(s)
      松浦 俊一,池田 拓史,山本 勝俊
    • Organizer
      第69回日本生物工学会大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 規則性ナノ空孔材料を含んだ多孔質成形体の開発とバイオプロセス応用2017

    • Author(s)
      松浦 俊一,長瀬 多加子,角田 達朗
    • Organizer
      第 69回日本生物工学会大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 実空間法を用いた有機-無機ハイブリッド化合物の結晶構造解析2017

    • Author(s)
      池田拓史,塚本悠介,中岡琢磨,山本勝俊
    • Organizer
      第33回ゼオライト研究発表会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] BVS3Dマッピングによるナノ細孔中のアルカリ金属イオンの分布と拡散経路の推定2017

    • Author(s)
      池田拓史
    • Organizer
      第33回ゼオライト研究発表会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 有機-無機ハイブリッド型層状物質の結晶化2017

    • Author(s)
      山本勝俊,塚本悠介,中岡琢磨,山本康司,池田拓史
    • Organizer
      第33回ゼオライト研究発表会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 有機-無機ハイブリッド型多孔体KCS-2の酸性質の評価2017

    • Author(s)
      山本勝俊,中岡琢磨,池田拓史
    • Organizer
      触媒討論会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 遺伝子の水平伝播”とは何か2017

    • Author(s)
      馬場知哉,阿部貴志
    • Organizer
      生命科学系学会合同年次大会(ConBio)2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 南極湖沼における細菌ゲノムの構造特性2017

    • Author(s)
      馬場知哉,阿部貴志,豊田敦,中井亮佑,長沼毅,藤山秋佐夫,神田啓史,本山秀明,伊村智,仁木宏典
    • Organizer
      生命科学系学会合同年次大会(ConBio)2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] シリカ系ナノ細孔を利用した1分子DNA増幅技術の開発2016

    • Author(s)
      松浦 俊一、馬場 知哉、千葉 真奈美、角田 達朗、山口 有朋
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(横浜市)
    • Year and Date
      2016-11-30
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] ナノ空間反応場を利用した1分子DNA増幅システムの構築2016

    • Author(s)
      松浦 俊一、馬場 知哉、千葉 真奈美、角田 達朗、山口 有朋
    • Organizer
      第68回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      富山国際会議場(富山市)
    • Year and Date
      2016-09-30
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Book] 細胞・生体分子の固定化と機能発現 (第9章 Si-tagを用いた酵素の固定化と利用)2018

    • Author(s)
      松浦 俊一、池田 丈、黒田 章夫
    • Total Pages
      294
    • Publisher
      株式会社シーエムシー出版
    • ISBN
      9784781313269
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Book] 第68回日本生物工学会大会トピックス集2016

    • Author(s)
      松浦 俊一、馬場 知哉、千葉 真奈美、角田 達朗、山口 有朋
    • Total Pages
      40
    • Publisher
      公益社団法人 日本生物工学会
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] ミクロないしメソポーラス微粒子の多孔質成形体、酵素担持用担体、その酵素複合体及びこれらの製造方法2017

    • Inventor(s)
      松浦俊 一、長瀬多加子、角田達朗、松浦和佳子、佐藤剛一、清住嘉道
    • Industrial Property Rights Holder
      松浦俊 一、長瀬多加子、角田達朗、松浦和佳子、佐藤剛一、清住嘉道
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2017-015233
    • Filing Date
      2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] Si-tag融合異種酵素とメソポーラスシリカとの複合体2017

    • Inventor(s)
      松浦俊一、角田達朗、千葉真奈美、山口 有朋、池田 丈、黒田 章夫
    • Industrial Property Rights Holder
      松浦俊一、角田達朗、千葉真奈美、山口 有朋、池田 丈、黒田 章夫
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Patent Publication Number
      2018-033451
    • Filing Date
      2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 異種酵素とメソポーラスシリカとの複合体2017

    • Inventor(s)
      松浦俊一、角田達朗、千葉真奈美、山口有朋
    • Industrial Property Rights Holder
      松浦俊一、角田達朗、千葉真奈美、山口有朋
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Patent Publication Number
      2018-033452
    • Filing Date
      2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report

URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi