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Structural insights into heme detoxification of Gram-positive pathogenic bacteria by an ABC efflux pump

Research Project

Project/Area Number 16K07309
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Functional biochemistry
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

Nakamura Hiro  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 専任研究員 (80270594)

Research Collaborator HISANO TAMAO  
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2016: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Keywordsヘム / ABCトランスポーター / グラム陽性細菌 / ヘムエクスポーター / 膜タンパク質 / 再構成 / エックス線結晶構造解析 / ヘム排出ポンプ / 病原菌 / ATP / ABC トランスポーター / 排出ポンプ
Outline of Final Research Achievements

Heme is a cofactor for proteins relevant to oxygen delivery, redox reactions etc. However, free heme is cytotoxic in excess. Gram-positive pathogenic bacteria take up heme from the host with avoiding its toxicity. They employ an atypical ABC transporterthe, HrtBA heme efflux pump to proliferate in the blood. In the present study, HrtBA is shown to be activated by heme. Meanwhile, the bound heme is released by ATP. These biochemical data indicate that HrtBA changes heme binding affinity upon ATP association/hydrolysis. Crystal structures of a Heme analogue-bound form, an ATP analogue-bound form and a free form reveal structural changes of the heme binding site coupled with ATP association/hydrolysis, that is consistent with biochemical characterization.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ヘムが重要なタンパク質因子であることは周知のとおりであるが、毒性をもつことはあまり知られていない。本研究はグラム陽性病原性細菌が血中で増殖するために必須なヘム解毒装置であるHrtBAヘム排出ポンプの機能と構造を明らかにした。また、ABCトランスポーターの普遍的メカニズムであるATP結合・加水分解反応と共役した基質輸送のしくみも生化学データと構造データを用いて説明できるようなった。
近年、従来の薬剤に対する耐性菌の出現が社会的問題となっている。黄色ブドウ球菌や連鎖球菌は常在菌でありながら、血中での増殖は敗血症など致命的病気に結びつくため、ヘム排出ポンプに対する新たな薬剤開発は重篤化予防に役立つ。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2018 2017 2016

All Presentation (6 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Presentation] ヘムを解毒する病原菌由来ABC排出ポンプの機能と構造2018

    • Author(s)
      中村寛夫
    • Organizer
      第30回微生物シンポジウム
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] へムを解毒する病原菌由来ABC排出ポンプのヘム・ATP結合にリンクした膜ドメインの構造変換2018

    • Author(s)
      中村寛夫
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第44回討論会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] ヘムは栄養であるが、毒でもある:ヘムを解毒する病原菌のヘム排出ポンプの機能と構造2017

    • Author(s)
      中村 寛夫
    • Organizer
      第12回トランスポーター研究会年会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質結晶構造からみえてきた病原菌のABCトランスポーターによるヘム排出メカニズム2017

    • Author(s)
      中村 寛夫
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第43回討論会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] ヘムを解毒する病原菌のヘム排出ABCトランスポーターの結晶構造と機能2016

    • Author(s)
      中村寛夫
    • Organizer
      日本生化学会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター/東北大学(宮城県・仙台市)
    • Year and Date
      2016-09-25
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 病原菌がもつヘムを解毒するヘム排出ABCトランスポーターのエックス線結晶構造2016

    • Author(s)
      中村寛夫
    • Organizer
      日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県・福岡市)
    • Year and Date
      2016-06-07
    • Related Report
      2016 Research-status Report

URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

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