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Synthetic study of natural antibacterial agents for the purpose of determination of their stereochemistry

Research Project

Project/Area Number 16K07713
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Bioorganic chemistry
Research InstitutionTokyo University of Agriculture (2017-2018)
The University of Tokyo (2016)

Principal Investigator

ISHIGAMI Ken  東京農業大学, 生命科学部, 教授 (70292787)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords天然物化学 / 有機化学 / 立体化学 / 構造決定 / 抗菌活性 / 抗ピロリ菌活性 / glabramycin / セスキテルペン / 光学分割 / 抗ピロリセスキテルペン / 有機合成化学 / 構造訂正 / Glabramycin / ラジカル環化 / 構造改訂 / 天然物有機化学 / 抗菌物質 / 絶対立体配置
Outline of Final Research Achievements

Even today discovery of new antibiotics is very important, because the treatment against drug-resistant bacteria has remained largely unmet. We selected natural antibacterial substances with remarkable activity, whose structure remained unknown, and carried out structure determination including absolute configuration by synthetic studies.
Structural revision of glabramycin B was achieved by enantioselective synthesis of our proposed structure. By this study, we were able to correct the reported structural misassignment, and to confirm the relative configuration of glabramycin B.
We also succeeded in the synthesis of both enantiomers of a sesquiterpene, potent anti-H. pylori agent, employing radical cyclization. Both enantiomers were prepared via optical resolution of racemic intermediate. By this synthesis, we were able to determine the absolute configuration of the natural product.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

新規薬剤の探索研究において、活性物質の構造を完全に決定することが研究の礎となるが、新規薬剤としての可能性を有しながら真の構造が未解明であり、その後の応用研究が進展しない天然生物活性物質は数多く存在する。
今回、黄色ブドウ球菌に対する抗菌物質であるGlabramycinと、薬剤耐性ピロリ菌に対し抗菌活性を示すセスキテルペンの全合成研究を通じて、立体化学を含めた真の構造を改訂・決定できた。これらの新規薬剤としての可能性を検討する上で重要な知見である。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2019 2018 2017 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] First total synthesis of glabramycin B and revision of its relative configuration.2017

    • Author(s)
      M. Yamamoto, K. Ishigami, H. Watanabe
    • Journal Title

      Tetrahedron

      Volume: 73 Issue: 23 Pages: 3271-3280

    • DOI

      10.1016/j.tet.2017.04.061

    • Related Report
      2017 Research-status Report 2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] (Z)-2β-Hydroxy-14-hydro-β-santalolの両鏡像体の合成と絶対立体配置の決定2019

    • Author(s)
      門脇 和生, 山田 慎也, 會場 翔平, 川崎 常臣, 勝田 亮, 矢島 新, 額田 恭郎, 滝川 浩郷, 渡邉 秀典, 石神 健
    • Organizer
      日本農芸化学会2019年度大会(東京)
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 絶対立体配置決定を目的とした抗ピロリ菌活性セスキテルペンの合成研究2018

    • Author(s)
      門脇和生,山田慎也,勝田亮,矢島新,額田恭郎,滝川浩郷,渡邉秀典,石神 健
    • Organizer
      第62回 香料・テルペンおよび精油化学に関する討論会(長崎)
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Synthesis of (Z)-2β-hydroxy-14-hydro-β-santalol and determination its absolute configuration2018

    • Author(s)
      Kazuki Kadowaki, Shinya Yamada, Ryo Katsuta, Arata Yajima, Tomoo Nukada, Hirosato Takikawa, Hidenori Watanabe, Ken Ishigami
    • Organizer
      14th International Kyoto Conference on New Aspects of Organic Chemistry (Kyoto)
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 腎線維化抑制活性を有するCochlearol Aの合成研究2018

    • Author(s)
      鳴瀬和美、勝田 亮、矢島 新、額田恭郎、渡邉秀典、石神 健
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会(京都)
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] JBIR-81及びoryzamide Aの合成2018

    • Author(s)
      豊田麻実、勝田 亮、矢島 新、石神 健、額田恭郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会(京都)
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] ウコンより単離された芳香族ビサボラン型セスキテルペンの合成とその香気特性の解明2018

    • Author(s)
      白川和泉、矢島 新、勝田 亮、石神 健、額田恭郎
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会(京都)
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] Trichoderma属糸状菌由来テルペン合成酵素の探索と機能解析2017

    • Author(s)
      寺本 和矢、石神 健、野中 健一、塩見 和朗、西山 真、葛山 智久
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学(京都府京都市)
    • Year and Date
      2017-03-17
    • Related Report
      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 天然活性物質の構造改訂と機能解析を目的とした合成研究2017

    • Author(s)
      石神 健
    • Organizer
      農薬部会第107回セミナー(東京)
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 抗マラリア活性を有する天然化合物Salinipostin Aの合成研究2017

    • Author(s)
      藤岡孝亘、石神 健、渡邉秀典
    • Organizer
      2017有機合成化学協会関東支部シンポジウム(東京)
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] JBIR-81の合成による立体化学の決定2017

    • Author(s)
      勝田 亮、豊田麻実、矢島 新、石神 健、額田恭郎
    • Organizer
      2017日本農芸化学会関東支部大会(つくば)
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Remarks] 東京農業大学・分子設計学研究室

    • URL

      http://www.nodai.ac.jp/academics/life_sci/mole_life/lab/143/

    • Related Report
      2018 Annual Research Report 2017 Research-status Report

URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

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