Development of a method to detect phenotypic abnormalities with high accuracy
| Project/Area Number |
16K14600
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Research Field |
Laboratory animal science
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
Nobuhiko Tanaka 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 開発研究員 (10525596)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2017: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2016: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
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| Keywords | マウス / 表現型 / フェノーム / オミックス / アソシエーション分析 / 相関ルール / 評価技術 / 遺伝学 / 統計学 / 異常検知 / 疾患 |
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| Outline of Final Research Achievements |
In this study, we present the largest, highest quality dataset describing relationships among phenotypes in mammals to date, alongside a detailed review of their characteristics. Features, based on 2,050 measured parameters from 113 phenotyping analyses of 3,100 mutant mouse strains, were organized into 532 ontology-annotated phenotypes, and 3,686 significant phenotypic associations were identified among them by association rule mining. This mammalian phenome-wide data resource will be useful for elucidation of mechanisms underlying phenotypes and deepening understanding of both pleiotropic gene expression and human disease pathology.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究で得られた、実験結果に基づくマウス表現型間の関係性のデータセットは、その正確性と網羅性でこれまでの報告を圧倒するものあり、哺乳動物の表現型間の関係性についての研究者間での共通認識のための参照用データセットして提示される。これらのデータセットは、ヒトの病気の症状の理解を深めることに役立つとともに、現在進展しているトランスオミックスの研究分野（遺伝子発現から病気の症状が現れるまでの、生体内分子を網羅的に調べる研究分野）でのフェノーム（病気の症状の総体）の参照用データセットとしての使用が期待される。
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Report
(4 results)
Research Products
(7 results)
