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Large-scale genotyping technologies for fish genetic resource management

Research Project

Project/Area Number 16K14966
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Aquatic bioproduction science
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Kikuchi Kiyoshi  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20292790)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 片町 太輔  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 瀬戸内海区水産研究所, 研究員 (60443371)
鈴木 重則  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 増養殖研究所, 主任研究員 (60463105)
Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) HOSOYA Sho  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 助教 (60526466)
HIRASE Shotaro  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 助教 (90635559)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2018-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2016: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Keywords水産学 / 遺伝的多様性 / 遺伝資源 / ゲノム解析 / 地域適応遺伝子
Outline of Final Research Achievements

The rapid development of large-scale genotyping technology and steep drop in its costs offer an opportunities for better fisheries management. This study explores technologies of large-scale genotyping to develop the molecular genetic resource for marine fish stocks by using fugu (Takifugu rubripes) as a model species. We performed whole-genome resequencing of 10 fish each obtained from the Wakasa-bay and the Ise-Mikawa-bay, and discovered approximately 700 thousands SNPs per individual. We then compared two populations and found a weak genetic differentiation between them, although marked differentiations were observed locally in some genomic regions. We then chose approximately 1000 SNP sites and developed an efficient genotyping system for them (1kSNP system) by modifying an amplicon sequencing method on Illumina MiSeq platform. The 1kSNP system is suitable for genotyping a large number of individuals and, thus, useful for a large-scale genetic survey of fish stocks.

Report

(3 results)
  • 2017 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2018 2017 2016

All Journal Article (1 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] トラフグ放流用人工種苗の遺伝的特性2017

    • Author(s)
      片町太輔, 池田実, 安藤大樹, 菅谷琢磨, 與世田兼三, 藤井徹生, 小畑泰弘
    • Journal Title

      水産育種

      Volume: 46 Pages: 105-110

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    • Organizer
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    • Invited
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    • Author(s)
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    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
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  • [Presentation] クサフグ性決定遺伝子の探索 - 少数個体を用いたGWASの発見的利用-2018

    • Author(s)
      家田梨櫻・小山喬・細谷将・大木駿・水野直樹・藤田真志・菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
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  • [Presentation] トラフグ白子早熟形質のゲノム予測2018

    • Author(s)
      細谷将・佐藤茉菜・吉川壮太・鈴木由紀・伊藤琢也・菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
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  • [Presentation] GRAS-Di 法で明らかとなった「ゲノム再編成による新規性決定遺伝子座の誕生」2018

    • Author(s)
      藤川大学・細谷 将・小林純也・田島祥太・家田梨櫻・佐藤茉菜・城夕香・中村修・菊池潔
    • Organizer
      平成30年度日本水産学会春季大会
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    • Author(s)
      平瀬祥太朗・小北智之・永野惇・菊池潔
    • Organizer
      平成29年度日本水産学会春季大会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学(東京・品川)
    • Year and Date
      2017-03-27
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  • [Presentation] Footprints of selection around the sex determining gene in fugu2017

    • Author(s)
      Kabir Ahammad, Risa Ieda, Shotaro Hirase, Takashi Koyama, Satoshi Tasumi, Sho Hosoya, Kiyoshi Kikuchi
    • Organizer
      International symposium, Fisheries Science for Future Generations
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    • Int'l Joint Research
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    • Author(s)
      小山喬・森島輝・鈴木穣・内野翼・坂本崇・菊池潔
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      次世代シーケンサー現場の会
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    • Author(s)
      細谷将・吉川壮太・菊池潔
    • Organizer
      次世代シーケンサー現場の会
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    • Author(s)
      菊池潔
    • Organizer
      平成29年度日本水産学会春季大会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学(東京・品川)
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      菊池潔
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      東京大学(東京・文京)
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      鈴木重則
    • Organizer
      平成29年度日本水産学会水産増殖懇話会第1回講演会
    • Place of Presentation
      東京海洋大学(東京・品川)
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    • Author(s)
      菊池潔
    • Organizer
      第6回太平洋中海域トラフグ研究会
    • Place of Presentation
      愛知県庁(愛知・名古屋)
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    • Author(s)
      片町太輔
    • Organizer
      水産育種研究会シンポジウム
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城・仙台)
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    • Invited
  • [Book] 水産遺伝育種学(担当 第11章水産育種におけるゲノム情報の利用)2017

    • Author(s)
      菊池潔(編集 中嶋正道, 荒井克俊, 岡本信明, 谷口順彦)
    • Total Pages
      243
    • Publisher
      東北大学出版会
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URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2019-12-27  

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