Prediction of macromolecular interactions involving lncRNAs
| Project/Area Number |
16K16143
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Research Field |
Life / Health / Medical informatics
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
Iwakiri Junichi 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (40770160)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2019)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2018: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2017: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2016: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
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| Keywords | 長鎖ノンコーディングRNA / lncRNA / RNA-RNA相互作用 / 核内構造体 / 長鎖非コードRNA / RNA-seq / 2次構造 / long non-coding RNA / RNA-タンパク質相互作用 / CLIP-seq / 機械学習 / lncRNAの機能 |
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| Outline of Final Research Achievements |
In this study, we have developed the web server "LncRRIsearch" containing lncRNA-RNA interactions comprehensively predicted using primary sequences and expression profiles derived from large scale RNA-seq experiment. Our preliminary study using this web server implies the relationship between nuclear body formation and lncRNA-RNA base-pairing interactions.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
ヒトの生体内には数万種類にも及ぶ機能未知の長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）が様々な体組織で特異的に発現し、複雑な分子間相互作用のネットワークを形成し、多様な生体制御を実現していると考えられている。本研究では、分子間相互作用の観点からlncRNAの機能を明らかにするために、lncRNAの分子間相互作用を配列および実験データから高精度に予測し、ヒトおよびマウスの全てのlncRNAの相互作用を網羅したWebサーバー（http://rtools.cbrc.jp/LncRRIsearch/）として公開した。これにより、lncRNAの機能解析研究を加速することが期待される。
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Report
(5 results)
Research Products
(23 results)
