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Fluorescent imaging of siRNA by introduction of dye-pairs

Research Project

Project/Area Number 16K17932
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Bio-related chemistry
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Kamiya Yukiko  名古屋大学, 工学研究科, 准教授 (00527947)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2017: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
KeywordsRNAi / siRNA / pre-miRNA / FRET / 色素対 / 細胞内動態 / RISC / RNA干渉 / 蛍光イメージング / RNA / 色素
Outline of Final Research Achievements

RNA interference (RNAi) is an endogenous gene silencing system in living cells. miRNAs are endogenously regulate gene expression through the RNAi. Also knocking down of specific gene can be controlled by introduction of the corresponding short double stranded RNA (siRNA). In this research we attempted to visualize the intracellular dynamics of siRNA or pre-miRNA for deeper understanding of RNAi system. Firstly we developed siRNAs possessing quencher-fluorophore pairs or FRET dye pairs. By using these systems, we demonstrated visualization of pre-miRNA, siRNA, and RISC localization in cells.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

RNAi機構は遺伝子発現を制御する生体反応であり、RNAの新たな生物学的役割を示す興味深い知見をもたらす一方で、RNAiを応用した核酸医薬の開発が成功すれば実社会での応用が可能であることから魅力的な生体反応として注目されている。本研究で得られた知見は、核酸医薬となるべくsiRNAやAnti-miRNA oligonucleotideの設計において、細胞内動態の観点も取り入れた分子デザインの開発の基盤となるものである。また、様々なsiRNA型の核酸医薬が開発されているが、その細胞内動態を調査するための重要な技術となるものと考える。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (30 results)

All 2018 2017 2016

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (24 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Development of Visible-Light-Responsive RNA Scissors Based on a 10-23 DNAzyme2018

    • Author(s)
      Kamiya Yukiko、Arimura Yu、Ooi Hideaki、Kato Kenjiro、Liang Xing-Guo、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 19 Issue: 12 Pages: 1305-1311

    • DOI

      10.1002/cbic.201800020

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The DNA Duplex as an Aqueous One-Dimensional Soft Crystal Scaffold for Photochemistry2018

    • Author(s)
      Asanuma Hiroyuki、Murayama Keiji、Kamiya Yukiko、Kashida Hiromu
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 91 Issue: 12 Pages: 1739-1748

    • DOI

      10.1246/bcsj.20180278

    • NAID

      130007531017

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Introduction of 2,6-Diaminopurines into Serinol Nucleic Acid Improves Anti-miRNA Performance2017

    • Author(s)
      Kamiya Yukiko、Donoshita Yuka、Kamimoto Hiroshi、Murayama Keiji、Ariyoshi Jumpei、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 18 Issue: 19 Pages: 1917-1922

    • DOI

      10.1002/cbic.201700272

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Design of photo-functional oligonucleotide by "copolymerization" of natural nucleobases with base-surrogate prepared from acyclic scaffold.2017

    • Author(s)
      Asanuma, H.; Murayama, K.; Kamiya, Y.; Kashida, H.
    • Journal Title

      Polymer J.

      Volume: 49 Issue: 3 Pages: 279-289

    • DOI

      10.1038/pj.2016.120

    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Strand-invading linear probe combined with unmodified PNA2016

    • Author(s)
      Aasanuma, H.; Niwa, R.; Akahane, M.; Murayama, K.; Kashida, H.; Kamiya, Y.
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem.

      Volume: 24 Issue: 18 Pages: 4129-4137

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2016.06.055

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      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of Inter-DNA Chain Interaction of Photoresponsive DNA2016

    • Author(s)
      Nakasone, Y.; Ooi, H.; Kamiya, Y.; Asanuma, H.; Terazima, M.
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 138 Issue: 29 Pages: 9001-9004

    • DOI

      10.1021/jacs.6b02525

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    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 人工核酸を活用した遺伝子発現を制御する機能性核酸の開発2018

    • Author(s)
      神谷由紀子
    • Organizer
      サントリー生有研シンポジウム 分子で解き明かす生命現象 ~生体分子を「視る」「捕まえる」「操作する」~
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    • Invited
  • [Presentation] 非環状骨格型人工核酸を活用したRISC形成を制御するsiRNAの設計2018

    • Author(s)
      神谷由紀子, 竹山雄貴, 高井順矢, 村山恵司, 浅沼浩之
    • Organizer
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] SNA導入siRNAの活性発現機構の解明を目指した相互作用解析2018

    • Author(s)
      神谷由紀子, 竹山雄貴, 浅沼浩之
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      第28回バイオ・高分子シンポジウム
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  • [Presentation] 非環状型人工核酸を骨格とするanti-miRNA oligonucleotideの開発2018

    • Author(s)
      神谷由紀子, 堂下裕香, 神元 寛, 高井順矢, 有吉純平, 村山恵司, 浅沼浩之 [ポスター発表]
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第4回年会
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  • [Presentation] RNA干渉を理解し制御する人工核酸の開発2018

    • Author(s)
      神谷由紀子
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      第67回高分子学会年次大会
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    • Invited
  • [Presentation] 色素対導入型siRNAを用いたRISC局在化機構の蛍光イメージング解析2018

    • Author(s)
      佐武真有, 神元 寛, 伊藤杏奈, 神谷由紀子, 浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] RNAiに作用する機能性核酸の高性能化に向けた非環状型人工核酸SNAの活用2018

    • Author(s)
      神谷由紀子, 堂下裕香, 神元 寛, 高井順矢, 村山恵司, 有吉純平, 浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 色素対導入型siRNAによるRISC局在化機構のイメージング解析2017

    • Author(s)
      佐武真有, 神元 寛, 伊藤杏奈, 神谷由紀子, 浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学
    • Year and Date
      2017-03-16
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 非環状型人工核酸を利用したmiRNAを標的とするアンチセンス核酸の開発2017

    • Author(s)
      神元 寛, 堂下裕香, 村山恵司, 神谷由紀子, 浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学
    • Year and Date
      2017-03-16
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 色素対導入型siRNAによるRISC局在化機構の蛍光イメージング解析"2017

    • Author(s)
      佐武真有, 神元寛, 伊藤杏奈, 神谷由紀子, 浅沼浩之
    • Organizer
      第66回高分子討論会
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] miRNAの成熟過程を解析する色素導入型pre-miRNAの開発2017

    • Author(s)
      神谷由紀子, 神元寛, 浅沼浩之
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 色素対導入型siRNAによるRISC局在化機構の可視化解析2017

    • Author(s)
      佐武真有, 神元寛, 伊藤杏奈, 神谷由紀子, 浅沼浩之
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 色素導入pre-miRNAの開発とmiRNA成熟過程の解析2017

    • Author(s)
      神谷由紀子, 神元寛, 浅沼浩之
    • Organizer
      第27回バイオ・高分子シンポジウム
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 色素対導入型siRNAを用いたRISC局在化機構の可視化解析2017

    • Author(s)
      佐武真有, 神元寛, 伊藤杏奈, 神谷由紀子, 浅沼浩之
    • Organizer
      第27回バイオ・高分子シンポジウム
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      2017 Research-status Report
  • [Presentation] Development of anti-miR oligonucleotide by using serinol nucleic acid and 2,6-diaminopurines2017

    • Author(s)
      Yukiko Kamiya, Yuka Donoshita, Hiroshi Kamimoto, Keiji Murayama, Jumpei Ariyoshi, Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
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      2017 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] miRNAの細胞内可視化解析を目指した色素導入型pre-miRNAの開発2016

    • Author(s)
      神元 寛、神谷由紀子、浅沼浩之
    • Organizer
      第65回高分子討論会
    • Place of Presentation
      神奈川大学 横浜キャンパス
    • Year and Date
      2016-09-14
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 色素導入型pre-miRNAを用いたmiRNAの細胞内可視化解析2016

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      神元 寛、神谷由紀子、浅沼浩之
    • Organizer
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂・もてなしドーム地下イベント広場
    • Year and Date
      2016-09-07
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 非環状骨格型人工核酸を用いたanti-miR oligonucleotideの開発2016

    • Author(s)
      神谷由紀子、堂下裕香、村山恵司、浅沼浩之
    • Organizer
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂・もてなしドーム地下イベント広場
    • Year and Date
      2016-09-07
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 色素対導入型siRNAによるRISC局在化解析2016

    • Author(s)
      佐武真有、伊藤杏奈、神谷由紀子、浅沼浩之
    • Organizer
      第10回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂・もてなしドーム地下イベント広場
    • Year and Date
      2016-09-07
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 非環状骨格型人工核酸を用いたmiRNAを標的とするアンチセンス核酸の開発2016

    • Author(s)
      神谷由紀子、堂下裕香、村山恵司、浅沼浩之
    • Organizer
      第26回バイオ・高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      東工大 大岡山キャンパス
    • Year and Date
      2016-07-28
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 天然核酸に対する結合制御を目指した非環状型人工核酸の設計とその応用2016

    • Author(s)
      村山恵司、長尾竜弥、神谷由紀子、樫田 啓、浅沼浩之
    • Organizer
      第26回バイオ・高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      東工大 大岡山キャンパス
    • Year and Date
      2016-07-28
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 色素対導入型siRNAを用いたRISC局在化解析2016

    • Author(s)
      佐武真有、伊藤杏奈、神谷由紀子、浅沼浩之
    • Organizer
      第26回バイオ・高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      東工大 大岡山キャンパス
    • Year and Date
      2016-07-28
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      2016 Research-status Report
  • [Presentation] 人工核酸を用いたRNA干渉機構の理解と制御法の開発2016

    • Author(s)
      神谷由紀子
    • Organizer
      第160回名古屋市立大学薬学談話会
    • Place of Presentation
      名古屋市立大学
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      2016 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 人工核酸によるRNA干渉機構の理解と制御2016

    • Author(s)
      神谷由紀子
    • Organizer
      分子研シンポジウム2016
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター
    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

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