• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Platform of Promoter Design Technology for Synthetic Biology

Research Project

Project/Area Number 16K18297
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Biofunction/Bioprocess
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Kojima Takaaki  名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (40509080)

Research Collaborator Nakano Hideo  
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2016: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywords転写因子 / トランスクリプトーム / バイオインフォマティクス / プロモーター / 酵素 / スクリーニング / 麹菌 / 大腸菌 / gSELEX-Seq / bioinformatics / transcription factor / Aspergillus oryzae / scCro-tag / Data mining / AoXlnR / Transcriptome / Transcription factor / RNA-Seq / promoter / バイオ生産プロセス / 進化分子工学
Outline of Final Research Achievements

In this study, I attempted to develop a technology for the purpose of promoter design, which is a key player in protein expression systems. In this research process, I analyzed the transcriptional regulatory mechanism in Aspergillus oryzae and succeeded in comprehensive identification of the binding site of some transcription factors. Furthermore, the influence of transcription factor binding sites in the promoter sequence on the transcriptional activity of downstream genes was shown mathematically. I also evaluated molecular tools using transcription factors and showed that it can be applied to various enzymatic analyses. The research findings including these results have been published in three English research papers and one Japanese review.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本遂行研究により、麹菌における転写制御機構の核心の一端に迫ることに成功した。麹菌の転写制御機構の全貌は、様々な有用物質の高効率生産のための情報基盤になることから、その意義は非常に大きいと言える。また、転写因子分子ツールであるscCroは酵素の機能解析に大きな力を発揮することが示された。この分子ツールを駆使することで酵素の機能改変など様々な応用展開が期待できる。

Report

(4 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Research-status Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2019 2018 2017

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Comprehensive investigation of the gene expression system regulated by an Aspergillus oryzae transcription factor XlnR using integrated mining of gSELEX-Seq and microarray data.2019

    • Author(s)
      Oka H, Kojima T, Ihara K, Kobayashi T, Nakano H.
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 20 Issue: 1 Pages: 16-16

    • DOI

      10.1186/s12864-018-5375-5

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Spatial arrangement of proteins using scCro-tag: application for an in situ enzymatic microbead assay.2018

    • Author(s)
      Kojima T., Hata J, Hayashi K., Hitomi K,Nakano H.
    • Journal Title

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      Volume: 82 Issue: 11 Pages: 1911-1921

    • DOI

      10.1080/09168451.2018.1501265

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 二量体化タグを用いた糸状菌転写因子の結合部位のゲノムワイド解析2019

    • Author(s)
      石原悠平、岡 大椰、丸山潤一、兒島孝明、中野秀雄
    • Organizer
      日本農芸化学会2019年度大会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Integrative mining for comprehensive analysis of the gene expression system regulated by a transcription factor, AoXlnR in Aspergillus oryzae.2019

    • Author(s)
      Hiroya Oka, Takaaki Kojima, Kunio Ihara, Testsuo Kobayashi, Hideo Nakano
    • Organizer
      2019 Sakira-Bio Meeting
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] データマイニングを駆使した Aspergillus oryzae由来転写因子AoXlnR制御遺伝子の網羅的解析2018

    • Author(s)
      岡 大椰、兒島 孝明、井原 邦夫、小林 哲夫、中野 秀雄
    • Organizer
      生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2018, 平成30年7月, 北見
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Aspergillus oryzae 由来転写因子 XlnR による遺伝子発現制御システムの網羅的解析2018

    • Author(s)
      岡 大椰、 兒島 孝明、 井原 邦夫、 小林 哲夫、 中野 秀雄
    • Organizer
      第70回日本生物工学会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] バイオインフォマティシャンに憧れて 高速DNAシークエンシングを駆使した転写制御機構の解析–2018

    • Author(s)
      兒島 孝明、中野 秀雄
    • Organizer
      生物工学会中部支部 第7回CHUBU懇話会,
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] データマイニングを用いた Aspergillus oryzae由来転写因子XlnRによる遺伝子発現制御機構の網羅的解析2018

    • Author(s)
      岡 大椰、兒島 孝明、井原 邦夫、小林 哲夫、中野 秀雄
    • Organizer
      2018年度 日本生物工学会 中部支部例会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] A. oryzae由来代謝制御転写因子XlnR制御遺伝子の網羅的解析とデータマイニング。2018

    • Author(s)
      岡 大椰, 兒島 孝明, 井原 邦夫, 小林 哲夫, 中野 秀雄.
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 新規機能性分子スクリーニングを指向したDNA結合タグによる標的タンパク質の精密空間配置。2018

    • Author(s)
      兒島 孝明, 中野 秀雄.
    • Organizer
      日本農芸化学会2018年度大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] BLI法によるDNA結合タグを用いたタンパク質の精密空間配置の評価とその応用。2017

    • Author(s)
      兒島 孝明, 中野 秀雄.
    • Organizer
      ForteBio User Meeting2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 麹菌転写因子XlnR結合部位のゲノムワイド解析と制御遺伝子の網羅的同定。2017

    • Author(s)
      岡 大椰, 兒島 孝明, 井原 邦夫, 小林 哲夫, 中野 秀雄.
    • Organizer
      生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] DNA結合タグを用いたタンパク質の精密空間配置とその応用2017

    • Author(s)
      中野 秀雄, 秦 純平, 林 健太, 兒島 孝明
    • Organizer
      化学工学会第82年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Related Report
      2016 Research-status Report

URL: 

Published: 2016-04-21   Modified: 2020-03-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi