A signal assignment method for protein NMR using amino-acid and structural information
| Project/Area Number |
16K18508
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Research Field |
Structural biochemistry
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
Kasai Takuma 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員 (70446516)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2018)
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| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2016: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
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| Keywords | 蛋白質 / NMR / アミノ酸選択的安定同位体標識 / 符号化標識法 / シグナル帰属 / 側鎖シグナル帰属 / 大域的最適化 |
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| Outline of Final Research Achievements |
Nuclear magnetic resonance (NMR) is a useful method for structural and functional analysis of proteins. A signal assignment process is a major bottleneck for analysis of difficult targets such as large proteins. In this project, based on our previously reported amino-acid selective isotope labeling method, SiCode (Stable isotope encoding), I developed (1) a signal assignment method using known three-dimensional structures, (2) a signal assignment method using two sets of SiCode samples, and (3) some methods helpful for analysis of difficult target proteins.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
生命の様々な機能にとって重要な役割をもつタンパク質を解析することは、生命を理解しようとする基礎科学から、創薬などの応用まで、幅広い研究分野にとって重要である。本研究は、従来はNMR法による解析が困難であったり、不可能であったりしたタンパク質についても、迅速・簡便にシグナル帰属がおこなえる方法を提供することで、スピードアップをしたり、あるいは可能にしたりすることを目指すものである。
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Report
(4 results)
Research Products
(18 results)
