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piRNAシステムズバイオロジー:人工産生系を用いた機械学習的アプローチ

Research Project

Project/Area Number 16KT0064
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section特設分野
Research Field Constructive Systems Biology
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

勝間 進  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 准教授 (20378863)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 鈴木 穣  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
Project Period (FY) 2016-07-19 – 2018-03-31
Project Status Discontinued (Fiscal Year 2017)
Budget Amount *help
¥18,590,000 (Direct Cost: ¥14,300,000、Indirect Cost: ¥4,290,000)
Fiscal Year 2018: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2017: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2016: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
KeywordspiRNA / 小分子RNA / カイコ / BmN-4 / ピンポンサイクル / 機械学習 / 培養細胞 / カイコ培養細胞
Outline of Annual Research Achievements

小分子RNAの一つであるPIWI-interacting RNA (piRNA)は、生殖細胞において利己的な配列から自身を守る役割を果たす。カイコ培養細胞BmN-4はpiRNAの生合成経路の一つであるピンポンサイクルを保持する細胞である。私たちは、前年度にBmN-4を用いた「人工piRNA産生系」を確立し、それを利用してpiRNA-PIWI複合体の認識に必要な塩基数を同定した(Shoji et al., RNA, 2017)。今年度は以下の知見を得た。
1.人工piRNA産生系にランダムなpiRNA前駆体配列を発現するライブラリーを導入し、piRNAの末端付近の規則性について検討した。そこで見出されたルールについて、現在生化学的な検証を行っている。
2.BmN-4細胞に持続感染しているカイコマキュラウイルスの量がRNAi及びpiRNA経路によって抑制されていることが明らかになった。現在、論文投稿中である。

Report

(2 results)
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2017 2016 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Identification of a bipartite nuclear localization signal in the silkworm Masc protein2016

    • Author(s)
      Sugano Y, Kokusho R, Ueda M, Fujimoto M, Tsutsumi N, Shimada T, Kiuchi T, Katsuma S.
    • Journal Title

      FEBS Lett.

      Volume: 590 Issue: 1 Pages: 2256-2261

    • DOI

      10.1261/rna.058875.116

    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] カイコ培養細胞において持続感染している昆虫マキュラウイルスに由来するpiRNA の性状2017

    • Author(s)
      庄司佳祐・泉奈津子・鈴木穣・泊幸秀・岩永将司・勝間進
    • Organizer
      生命科学系学会合同年次大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2017-12-08
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] カイコマキュラウイルスはpiRNA経路およびRNAi経路によってRNAサイレンシグを受ける2017

    • Author(s)
      勝間進・庄司佳祐・川本宗孝・木内隆史・泉奈津子・泊 幸秀・鈴木 穣・岩永将司
    • Organizer
      第76回昆虫病理研究会
    • Place of Presentation
      東京大学農学部(東京都文京区)
    • Year and Date
      2017-09-30
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Artificial “ping-pong” cascade of PIWI-interacting RNA in silkworm cells2017

    • Author(s)
      Keisuke Shoji, Susumu Katsuma
    • Organizer
      APSERI2017
    • Place of Presentation
      Maruay Garden Hotel, Bangkok (Thailand)
    • Year and Date
      2017-03-01
    • Related Report
      2016 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 東京大学昆虫遺伝研究室公式ウェブサイト

    • URL

      http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/igb/

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Remarks] 東京大学昆虫遺伝研究室

    • URL

      http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/igb/

    • Related Report
      2016 Research-status Report

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Published: 2016-07-20   Modified: 2023-03-08  

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