可変型遺伝子トラップクローンデータベース;EGTC
| Project/Area Number |
17017031
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Kumamoto University |
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Principal Investigator |
荒木 正健 熊本大学, 生命資源研究・支援センター, 助教授 (80271609)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
荒木 喜美 熊本大学, 発生医学研究センター, 助教授 (90211705)
吉信 公美子 熊本大学, 生命資源研究・支援センター, 助手 (20274730)
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| Project Period (FY) |
2005
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2005)
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| Budget Amount *help |
¥4,900,000 (Direct Cost: ¥4,900,000)
Fiscal Year 2005: ¥4,900,000 (Direct Cost: ¥4,900,000)
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| Keywords | 遺伝子トラップ / バイオデータベース / 5' -RACE / EGTC / IGTC / 遺伝子改変マウス / GSS |
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| Research Abstract |
本研究は、平成16年8月に公開を開始した可変型遺伝子トラップクローンのデータベース; EGTC (Database for the Exchangeable Gene Trap clones) [http://egtc.jp/]を充実させ、さらにバージョンアップさせることを目的とする。以下に、平成17年度の成果を列記する。
1.トラップベクターの改良・・・pU-21のlox71の位置をよりスプライスアクセプターに接近させたpU-21Bを構築した。このベクターの使用により、染色体にインテグレートする際にlox71まで欠損する確立が低くなった。
2.フィーダーフリーES細胞株の検討・・・TT2ES細胞株のフィーダーフリー化において、最初に樹立したKTPU10と異なり、KTPU8由来キメラマウスの繁殖能力に問題は無かった。多くの子孫のGermline Transmissionも確認されており、KTPU8は遺伝子トラップだけではなく通常のノックアウトマウス作製にも有用である。
3.EGTCデータベースのバージョンアップ・・・サーバーマシンを上位機種に変えるなどハード面の整備と、トラップされた遺伝子に関する情報を充実させるなどソフト面のリニューアルを並行して行った。特に、UCSC BLAT Search Genomeを用いて、5'-RACE配列のマウスゲノムへのマッピングを行い、トラップベクターが遺伝子のどの部分に挿入されたかが一目で判るような図を添付することにした。
4.登録件数の増加・・・平成18年2月末時点で、EGTC登録件数は79まで増加した。そのほとんどをCARDR-BASEに寄託しているので、マウスまたは凍結胚の供給が可能である。
5.IGTCとの連携強化・・・2005年4月14〜15日にUCSF, San Franciscoで開催された第1回IGTC (International Gene Trap Consortiam) Informatics Workshopに参力した。また、IGTC membersのメーリングリストに参加し、リアルタイムで協議しながら、IGTCのNew Website構築に貢献した。IGTCのWebsite [http://www.genetrap.org/]は、2005年8月に公開され、それまで6センターだったIGTC MembersにEGTCとTIGEM(イタリア)が追加された。
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Report
(1 results)
Research Products
(6 results)
