Innovative genomics and metagenomics of environmental bacteria able to degrade organic pollutants

• Project/Area Number: 17018003
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: TSUDA Masataka Tohoku University, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90172022)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): FUKUDA Masao 長岡技術科学大学, 工学部, 教授 (20134512) ; FUJII Takeshi 農業環境技術研究所, 生物生態機能研究領域, 領域長 (00354100) ; MINAMISAWA Kiwamu 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (70167667) ; OGAWA Naoto 静岡大学, 農学部, 教授 (60354031) ; MIYAZAKI Kentaro 産業技術総合研究所, 生物機能工学研究部門, グループ長 (60344123)
• Project Period (FY): 2005 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥109,200,000 (Direct Cost: ¥109,200,000); Fiscal Year 2009: ¥20,000,000 (Direct Cost: ¥20,000,000); Fiscal Year 2008: ¥20,000,000 (Direct Cost: ¥20,000,000); Fiscal Year 2007: ¥22,100,000 (Direct Cost: ¥22,100,000); Fiscal Year 2006: ¥22,100,000 (Direct Cost: ¥22,100,000); Fiscal Year 2005: ¥25,000,000 (Direct Cost: ¥25,000,000)
• Keywords: 細菌 / 土壌 / 環境汚染 / 環境修復 / ゲノム / メタゲノム / 発現制御 / 細菌叢 / 環境 / 生態

Research Abstract

Environmental bacteria able to degrade various recalcitrant and xenobiotic compounds play important roles in the removal of organic pollutants. To know the survival and proliferation strategies of such bacteria in their native niche, the genetic loci very important in the survival and specifically induced in the soil environment were identified at the genomic levels using two phylogentically distant strains. Metagenomic analysis was also conducted to clarify the mode how the bacterial population in the soil responded to the exposure of organic pollutants.

Research Products

• [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology. (2010)
  • Author(s): Nishiyama, E., Ohtsubo, Y., Nagata, Y., Tsuda, M
  • Journal Title: Environ. Microbiol (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] メタゲノム解析により明らかにされた環境中の芳香族化合物分解遺伝子の姿 (2010)
  • Author(s): 末永光
  • Journal Title: 化学と生物 48 Pages: 100-106
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functional metagenomics for enzyme discovery : challenges to efficient screening (2010)
  • Author(s): T.Uchiyama
  • Journal Title: Current Opinion in Biotechnology 20 Pages: 616-622
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ゲノム解析ソフトウェア GenomeMatcher の紹介 (2010)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Journal Title: 化学と生物 (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology (2010)
  • Author(s): E.Nishiyama
  • Journal Title: Environ.Microbiol. (印刷中)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mutational analysis of the inducer recognition sites of the LysR-type transcriptional regulator TfdT of Burkholderia sp. NK8. (2009)
  • Author(s): Lang, G., Ogawa, N
  • Journal Title: Appl. Microbiol. Biotechnol 83 Pages: 1085-1094
  • NAID: 120001592171
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Functional metagenomics for enzyme discovery: challenges to efficient screening. (2009)
  • Author(s): Uchiyama, T., Miyazaki, K
  • Journal Title: Curr. Opin. Biotechnol 20 Pages: 616-622
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Novel organization of aromatic degradation pathway genes in a microbial community as revealed by metagenomic analysis (2009)
  • Author(s): Suenaga, H., 6人, Tsuda, M., Miyazaki, K
  • Journal Title: ISME J 3 Pages: 1335-1348
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The molecular basis for adaptive evolution in novel extradiol dioxygenases retrieved from the metagenome (2009)
  • Author(s): Suenaga, H., Mizuta, S., Miyazaki, K
  • Journal Title: FEMS Microbiol. Ecol 69 Pages: 472-480
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] An improved method to extract RNA from soil with efficient removal of humic acids. (2009)
  • Author(s): ang, Y., Morimoto, S., Ogawa, N., Oomori, T., Fujii, T
  • Journal Title: Appl. Microbiol 107 Pages: 1168-1177
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] An improved method to extract RNA from soil with efficient removal of humic acids (2009)
  • Author(s): Y.Wang
  • Journal Title: J.Appl.Microbiol. 107 Pages: 1168-1177
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mutational analysis of the inducer recognition sites of the LysR-type transcriptional regulator TfdT of Burkholderia sp.NK8. (2009)
  • Author(s): G.-H.Lang
  • Journal Title: Appl.Microbiol.Biotechnol. 83 Pages: 1085-1094
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Stable expression of the chlorocatechol dioxygenase gene from Ralstonta eutropha NH9 in hybrid poplar cells (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Journal Title: Biosci.Biotechnol.Biochem. 73 Pages: 1425-1428
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 土壌中の細菌ゲノムの発現をとらえる (2009)
  • Author(s): 小川直人
  • Journal Title: 日本生物工学会誌 87 Pages: 428-430
• [Journal Article] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Journal Title: 日本生物工学会誌 87 Pages: 434-436
• [Journal Article] メタゲノム解析を利用した安水含有フェノール分解関連酵素の解明 (2009)
  • Author(s): 伊藤公夫
  • Journal Title: 用水と廃水 51 Pages: 65-70
• [Journal Article] Directed evolution of the actinomycete cytochrome P450 MoxA(CYP105)for enhanced activity (2009)
  • Author(s): K.Kabumoto
  • Journal Title: Biosci.Biotech.Biochem. 73 Pages: 1922-1927
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Novel organization of aromatic degradation pathway genes in a microbial community as revealed by metagenomic analysis (2009)
  • Author(s): 末永光
  • Journal Title: ISME J. 3 Pages: 1335-1348
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The molecular basis for adaptive evolution in novel extradiol dioxygenases retrieved from the metagenome (2009)
  • Author(s): 末永光
  • Journal Title: FEMS Microbiol.Ecol. 69 Pages: 472-480
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] X-ray structure of a two-domain laccase : A missing link in the evolution of multi-copper proteins (2009)
  • Author(s): H.Komori
  • Journal Title: FEBS Lett. 583 Pages: 1189-1195
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The crystal structure of a xyloglucan-specific endo-β-1,4-glucmase from Geotrichum sp.M128 xyloglucanase reveals a key amino acid residue for substrate specificity (2009)
  • Author(s): K.Yasako
  • Journal Title: FEBS J. 276 Pages: 5094-5100
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Redesigning dehalogenase access tunnels as a strategy for degrading an anthropogenic substrate (2009)
  • Author(s): M.Pavlova
  • Journal Title: Nature Chem.Biol. 5 Pages: 727-733
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性-難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合- (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Journal Title: 化学と生物 47 Pages: 35-42
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of a transcriptional regulatory gene involved in dibenzofuran degradation by Nocardioides so. strain DF412 (2009)
  • Author(s): P. Sukda
  • Journal Title: Biosci. Biotechnol. Biochem 73 Pages: 508-516
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a putative two-domain type laccase from a metagenome (2009)
  • Author(s): H. Komori
  • Journal Title: Acta Crystallographica Section F F65 Pages: 264-266
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Enhanced biofilm formation and 3-chlorobenzoate degrading activity by the bacterial consortium of Burkholderia so. NK8 and Pseudomonas aeruzinosa PAO1 (2009)
  • Author(s): S. Yoshida
  • Journal Title: J. Appl. Microbiol 106 Pages: 790-800
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7: a host-range modifier in conjugative transfer. (2008)
  • Author(s): Miyazaki, R., Ohtsubo, Y., Nagata Y., Tsuda, M
  • Journal Title: J. Bacteriol 190 Pages: 6281-6289
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] GenomeMatcher: a graphical user interface for DNA sequence comparison. (2008)
  • Author(s): Ohtsubo, Y., Ikeda-Ohtsubo, W., Nagata Y., Tsuda, M
  • Journal Title: BMC Bioinformatics 9 Pages: 376-376
  • NAID: 120003728119
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Revised nomenclature for transposable genetic elements. (2008)
  • Author(s): Roberts, A.P., 9人, Tsuda, M., Berg, D. E
  • Journal Title: Plasmid 60 Pages: 167-173
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics. (2008)
  • Author(s): Shimoda, Y., 2人, Minamisawa, K., 3人, Tsuda, M., 5人, Tabata, S., Sato, S
  • Journal Title: DNA Res 15 Pages: 297-308
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans. (2008)
  • Author(s): Yuhara, S., 4人, Tsuda, M
  • Journal Title: Microbiology 154 Pages: 1763-1774
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Detection of bphAa gene expression of Rhodococcus sp. strain RHA1 in soil using a new method for RNA preparation from soil. (2008)
  • Author(s): Wang, Y., 4人, T., Ogawa, N., Fukuda, M., Fujii, T
  • Journal Title: Biosci. Biotechnol. Biochem 72 Pages: 694-701
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Roles of ring-hydroxylating dioxygenases in styrene and benzene catabolism in Rhodococcus jostii RHA1. (2008)
  • Author(s): Patrauchan, M.A., 4人, Fukuda, M., 2人, Eltis, L. D
  • Journal Title: J. Bacteriol 190 Pages: 37-47
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans (2008)
  • Author(s): S. Yuhara
  • Journal Title: Microbiology 154 Pages: 1763-1774
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of γ-hexachlorocyclohexane-degrading genes from soil DNA (2008)
  • Author(s): G. Fuchu
  • Journal Title: Appl. Microbiol. Biotechnol 79 Pages: 627-632
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] GenomeMatcher : A graphical user interface for DNA sequence comparison (2008)
  • Author(s): Y. Ohtsubo
  • Journal Title: BMC Bioinformatics 9 Pages: 376-376
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer (2008)
  • Author(s): R. Miyazaki
  • Journal Title: J. Bacteriol 190 Pages: 6281-6289
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Revised nomenclature for transposable genetic elements (2008)
  • Author(s): A. P. Roberts
  • Journal Title: Plasmid 60 Pages: 167-173
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics (2008)
  • Author(s): Y. Shimoda
  • Journal Title: DNA Research 15 Pages: 297-308
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Isolation of dibenzofuran-degrading bacterium, Nocardioides sp. DF412, and characterization of its dibenzofuran degradation genes (2008)
  • Author(s): K. Miyauchi
  • Journal Title: J. Biosci. Bioeng 105 Pages: 628-635
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] PCB分解菌の全ゲノム解明と環境に応答した遺伝子発現の網羅的解析 (2008)
  • Author(s): 福田雅夫
  • Journal Title: 土と微生物 62 Pages: 84-88
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 多重染色体性のBorrkhotderia morltivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現 (2008)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Journal Title: 土と微生物 62 Pages: 93-97
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] メタゲノムを利用した新規酵素の探索 (2008)
  • Author(s): 宮崎健太郎
  • Journal Title: 酵素工学ニュース 60 Pages: 14-18
• [Journal Article] Metagenomic screening for bleomycin resistance genes (2008)
  • Author(s): T. Mori
  • Journal Title: Appl. Environ. Microbiol 74 Pages: 6803-6805
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] メタゲノムを利用した新規酵素のスクリーニング (2008)
  • Author(s): 内山拓
  • Journal Title: バイオサイエンスとバイオインダストリー 66 Pages: 234-239
• [Journal Article] Isolation of effective 3-chlorobenzoate-degraders in soil using community analyses by PCR-DGGE (2008)
  • Author(s): S. Morimoto
  • Journal Title: Microbes Environ 23 Pages: 285-292
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 土壌抽出RNAを用いた土壌微生物の遺伝子発現解析 (2008)
  • Author(s): 藤井毅
  • Journal Title: 植物防疫 62 Pages: 607-610
  • NAID: 40016318073
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Roles of ring-hydroxylating dioxygenases in styrene and benzene catabolism in Rhodococcus jostii RHA1 (2008)
  • Author(s): M. A. Patrauchan
  • Journal Title: J. Bacteriol 190 Pages: 37-47
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Detection of bphAα gene expression of Rhodococcus sp. strain RHA1 in soil using a new method for RNA preparation from soil (2008)
  • Author(s): Y. Wang
  • Journal Title: Biosci. Biotechnol. Biochem. 72 Pages: 694-701
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Isolation and characterization of naphthalene-catabolic genes and plasmids from oil-contaminated soil by using two cultivation-independent approaches. (2007)
  • Author(s): Ono, A., 4人, Tsuda, M
  • Journal Title: App. Microbiol. Biotechnol 74 Pages: 501-510
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of two biphenyl dioxygenases for biphenyl/PCB degradation in a PCB degrader, Rhodococcus sp. strain RHA1. (2007)
  • Author(s): Iwasaki, T., 4人, Fukuda, M
  • Journal Title: Biosci. Biotechnol. Biochem 71 Pages: 993-1002
  • NAID: 10027513713
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of two biphenyl dioxygenases for biphenyl/PCB degradation in a PCB degrader, Rhodococcus sp. strain RHA1 (2007)
  • Author(s): T. Iwasaki
  • Journal Title: Biosci. Biotechnol. Biochem. 71 Pages: 993-1002
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Region-specific insertion of transposons in combination with selection for high plasmid transferability and stability accounts for the structural similarity of IncP-1 plasmids (2007)
  • Author(s): M. Sota
  • Journal Title: J. Bacteriol. 189 Pages: 3091-3098
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Microbial community analysis of the phytosphere using culture-independent methodologies (2007)
  • Author(s): A. Sato
  • Journal Title: Microbes Environ. 22 Pages: 93-105
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 2,4-Dichrolophenoxyacetic acid-degrading genes from bacteria isolated from soil in Japan: spread of Burkholderia cepacia RASC-type degrading genes harbored on large plasmids (2007)
  • Author(s): Y. Sakai
  • Journal Title: Microbes Environ. 22 Pages: 145-156
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A Mesorhizobium loti mutant with reduced glucan content shows defective invasion of its host plant Lotus japonicus (2007)
  • Author(s): Y. Kawaharada
  • Journal Title: Microbiology 153 Pages: 3983-3993
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Complete sequence determination combined with analysis of transposition/site-specific recombination events to explain genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and related mobile genetic elements (2007)
  • Author(s): H. Yano
  • Journal Title: J. Mol. Biol. 369 Pages: 11-26
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification and characterization of genes encoding a putative ABC-type transporter essential for the utilization of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26 (2007)
  • Author(s): R. Endo
  • Journal Title: J. Bacteriol. 189 Pages: 3712-3720
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Degradation of β-hexachlorocyclohexane by haloalkane dehalogenase LinB from γ-hexachlorocyclohexane-utilizing bacterium Sphingobium sp. MI1205 (2007)
  • Author(s): M. Ito
  • Journal Title: Arch. Microbiol. 188 Pages: 313-325
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Aerobic degradation of lindane(γ-hexachlorocyclohexane) in bacteria and its biochemical and molecular basis (2007)
  • Author(s): Y. Nagata
  • Journal Title: Appl. Microbiol. Biotechnol. 76 Pages: 741-752
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 自然環境で実際に機能する微生物遺伝子の遺伝学的手法による検索と解析 (2007)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Journal Title: 化学と生物 45 Pages: 557-563
  • NAID: 10019578182
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 環境での遺伝子発現ネットワークを探る (2007)
  • Author(s): 福田雅夫
  • Journal Title: 化学と生物 45 Pages: 792-797
  • NAID: 10019767862
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析 (2007)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Journal Title: J. Environ. Biotechol. 7 Pages: 75-78
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Global gene expression in Bradyrhizobium japonicum cultured with vanillin, vanillate, 4-hydroxybenzoate, and protocatechuate. (2006)
  • Author(s): Ito, N., 10人, Tsuda, M., Mitsui, M., Minamisawa, K
  • Journal Title: Microbes Environ 21 Pages: 240-250
  • NAID: 110006151689
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Multiple-subunit genes of the aromatic-ring hydroxylating dioxygenase play an active role in biphenyl and polychlorinated biphenyl degradation in Rhodococcus sp. strain RHA1. (2006)
  • Author(s): Iwasaki, T, Miyauchi, K, Masai, E, Fukuda, M
  • Journal Title: Appl. Environ. Microbiol 72 Pages: 5396-5402
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The complete genome of Rhodococcus sp. RHA1 provides insights into a catabolic powerhouse. (2006)
  • Author(s): McLeod, M.P., 24人, Fukuda, M., 2人, Eltis, L. D
  • Journal Title: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103 Pages: 15582-15587
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of a response regulator gene for catabolite control from a PCB-degrading β-proteobacteria. (2006)
  • Author(s): Ohtsubo, Y., Goto, H., Nagata, Y., Kudo, T., Tsuda, M
  • Journal Title: Acidovorax sp. KKS102. Mol. Microbiol 60 Pages: 1563-1575
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genomic and functional analysis of the IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and its transposon Tn4655 suggests catabolic gene spread by a tyrosine recombinase. (2006)
  • Author(s): Sota, M., 6人, Tsuda, M
  • Journal Title: J. Bacteriol 188 Pages: 4057-4067
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genomic and functional analysis of the IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and its transposon Tn4655 suggests catabolic gene spread by a tyrosine recombinase (2006)
  • Author(s): Masahiro Sota
  • Journal Title: Journal of Bacteriology 188 Pages: 4057-4067
• [Journal Article] Identification of a response regulator gene for catabolite control from a PCB-degrading β-proteobacteria, Acidovorax sp. KKS102 (2006)
  • Author(s): Yoshiyuki Ohtsubo
  • Journal Title: Molecular Microbiology 60 Pages: 1563-1575
• [Journal Article] The complete genome of Rhodococcus sp. RHA1 provides insights into a catabolic powerhouse (2006)
  • Author(s): Michael P. Mcleod
  • Journal Title: Proceedings National Academy of Sciences USA 103 Pages: 15582-15587
• [Journal Article] Multiple-subunit genes of the aromatic-ring hydroxylating dioxygenase play an active role in biphenyl and polychlorinated biphenyl degradation in Rhodococcus sp. Strain RHA1 (2006)
  • Author(s): Takumi Iwasaki
  • Journal Title: Applied and Environmental Microbiology 72 Pages: 5396-5402
• [Journal Article] A milestone for endophyte biotechnology (2006)
  • Author(s): Kiwamu Minamisawa
  • Journal Title: Nature Biotechnology 24 Pages: 1357-1358
• [Journal Article] Global gene expression in Bradyrhizobium japonicum cultured with vanillin, vanillate, 4-hydroxybenzoate, and protocatechuate (2006)
  • Author(s): Naofumi Ito
  • Journal Title: Microbes and Environments 21 Pages: 240-250
• [Journal Article] Functional analysis of unique class II insertion sequence IS 1071 (2006)
  • Author(s): Masahiro Sota
  • Journal Title: Applied and Environmental Microbiology 72 Pages: 291-297
• [Journal Article] Organization and localization of the dnaA and dnaK gene regions on the multichromosomal genome of Burkholderia multivorans ATCC 17616. (2005)
  • Author(s): Nagata, Y., 5人, Tsuda, M
  • Journal Title: J. Biosci. Bioeng 99 Pages: 603-610
  • NAID: 110002695708
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High-temperature-induced transposition of IS elements in Burkholderia multivorans ATCC 17616. (2005)
  • Author(s): Ohtsubo, Y., Genka, H., Komatsu, H., Nagata, Y., Tsuda, M
  • Journal Title: Appl. Environ. Microbiol 71 Pages: 1822-1828
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Two kinds of chlorochatechol 1, 2-dioxygenase from 2, 4-dichlorophenoxyacetate-degrading Sphingomonas sp. strain TFD44. (2005)
  • Author(s): Lang, G., Ogawa, N., Tanaka, Y, Fujii, T., Fulthope, R.R., Fukuda, M., Miyashita, K
  • Journal Title: Biochem. Biophysi. Res. Comm 332 Pages: 941-948
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of a bacterial community in 3-chlorobenzoate-contaminated soil by PCR-DGGE targeting 16S rDNA and the benzoate 1, 2-dioxygenase gene (benA). (2005)
  • Author(s): Morimoto. S., Togami, K., Ogawa, N., Hasebe, A., Fujii, T
  • Journal Title: Microbes Environ 20 Pages: 151-159
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High-temperature-induced transposition of IS elements in Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2005)
  • Author(s): Yoshiyuki Ohtsubo
  • Journal Title: Applied and Environmental Microbiology 71 Pages: 1822-1828
• [Journal Article] Two rhizobial strains, Mesorhizobium loti MAFF303099 and Bradyrhizobium japonicum USDA110, encode haloalkane dehalogenases with novel structures and substrate specificities (2005)
  • Author(s): Yukari Sato
  • Journal Title: Applied and Environmental Microbiology 71 Pages: 4372-4379
• [Journal Article] Analysis of a bacterial community in 3-chlorobenzoate-contaminated soil by PCR-DGGE targeting 16S rDNA and the benzoate 1,2-dioxygenase gene (benA) (2005)
  • Author(s): Sho Morimoto
  • Journal Title: Microbes and Environments 20 Pages: 151-159
• [Journal Article] Organization and localization of the dnaA and dnaK gene regions on the multichromosomal genome of Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2005)
  • Author(s): Yuji Nagata
  • Journal Title: Journal of Bioscience and Bioengineering 99 Pages: 603-610
• [Journal Article] Characterization of the gallate dioxygenase gene : three distinct ring cleavage dioxygenases are involved in syringate degradation by Sphingomonas paucimobilis SYK-6 (2005)
  • Author(s): Daisuke Kasai
  • Journal Title: Journal of Bacteriology 187 Pages: 5067-5074
• [Presentation] 環境汚染土壌における微生物集団のメタゲノム解析 (2010)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 第57回日本生態学会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2010-03-15
• [Presentation] 土壌での微生物の生きざまをゲノムから見る (2010)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 特定領域「ゲノム」4領域成果公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Solexa を用いた土壌メタゲノム解析における情報解析 (2010)
  • Author(s): 森宙史
  • Organizer: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 自己伝達性プラスミドの接合伝達過程において転写活性化されるプロモーターの解析 (2010)
  • Author(s): 宮腰昌利
  • Organizer: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Solexa を用いた土壌メタゲノム解析における情報解析～汚染化に伴う菌叢と代謝遺伝子の変動を追う～ (2010)
  • Author(s): 加藤広海
  • Organizer: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] IncP-9プラスミドNAH7の接合伝達を制御する受容菌染色体支配因子の解析 (2010)
  • Author(s): 井上慧
  • Organizer: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] GenomeMatcher の新機能 ContigAligner:第二世代シーケンスによって得られたコンティグを参照ゲノムに沿って表示する機能 (2010)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Organizer: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Macintosh 及び Windows パソコンで使える微生物ゲノム配列解析システムの開発 (2010)
  • Author(s): 小山芳典
  • Organizer: 第4回日本ゲノム微物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] From Soil to Transcriptome-the Soil RNA-Centered Study (2010)
  • Author(s): Yong Wang
  • Organizer: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] メタゲノム由来ラッカーゼの電極反応に与える酵素表面特性の影響 (2010)
  • Author(s): 朝日将史
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] メタゲノムライブラリーからの転写制御因子の獲得 (2010)
  • Author(s): 内山拓
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1における芳香族化合物分解遺伝子群転写制御機構の解明 (2010)
  • Author(s): 下平潤
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1における土壌特異的発現遺伝子の同定 (2010)
  • Author(s): 飯野藤樹
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 細菌機能を利用した難分解性環境汚染物質分解へのアプローチ (2010)
  • Author(s): 永田裕二
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 第二世代シークエンサーを用いた土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析、および汚染物質分解酵素遺伝子の取得 (2010)
  • Author(s): 加藤広海
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] ゲノミックアイランド由来ParAホモログによるプラスミド分配阻害 (2010)
  • Author(s): 宮腰昌利
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 有機塩素系殺虫剤 gamma-hexachlorocyclohexane 分解細菌 Sphingomonas sp. MM-1株の分解関連プラスミドの解析 (2010)
  • Author(s): 田端理朗
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] IncP-9プラスミドNAH7の接合伝達を制御する受容菌のリン酸基転移 (2010)
  • Author(s): 井上慧
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 多重汚染土壌メタゲノムライブラリーから取得した芳香族化合物初発酸化酵素遺伝子の解析 (2010)
  • Author(s): 菅原智詞
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] アントラニル酸ジオキシゲナーゼ遺伝子の土壌中での機能に関する解析 (2010)
  • Author(s): 西山依里
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 土壌細菌 Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと酸化ストレス応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性 (2010)
  • Author(s): 木村明音
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制とPTS (2010)
  • Author(s): 鈴木信太郎
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 土壌細菌 Burkholderia multivoans ATCC17616株の土壌環境下で生育に必須な遺伝子の同定 (2010)
  • Author(s): 千本木淳子
  • Organizer: 日本農芸化学会2010年大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 環境汚染物質分解能を担うプラスミド (2009)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 2009年度東京大学生物生産工学研究センターシンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-12-11
• [Presentation] メタゲノム由来ラッカーゼの結晶構造 (2009)
  • Author(s): 小森博文
  • Organizer: 平成21年度日本結晶学会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2009-12-05
• [Presentation] メタゲノム機能解析とその応用研究 (2009)
  • Author(s): 宮崎健太郎
  • Organizer: 糸状菌分子生物学研究会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-11-19
• [Presentation] メタゲノム解析とその応用研究 (2009)
  • Author(s): 宮崎健太郎
  • Organizer: 糸状菌分子生物学コンファレンス・シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-11-19
• [Presentation] Bacterial genes specifically induced in soil environment. (2009)
  • Author(s): M. Tsuda, E. Nishiyama, Y. Nagata, Y. Ohtsubo
  • Organizer: NIAES International Symposium: "Challenges for Agro-Environmental Research in Monsoon Asia"
  • Place of Presentation: Tsukuba
  • Year and Date: 2009-10-05
• [Presentation] メタゲノム由来ラッカーゼのX線結晶構造解析 (2009)
  • Author(s): 小森博文
  • Organizer: 第36回生体分子科学討論会
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 2009-07-10
• [Presentation] メタゲノム由来ラッカーゼの電気化学的特性評価 (2009)
  • Author(s): 朝目将史
  • Organizer: 電気化学会第76回大会
  • Place of Presentation: 京都・京都大学
  • Year and Date: 2009-03-29
• [Presentation] 土壌細菌の遺伝子発現解析のための模擬土壌実験系の構築 (2009)
  • Author(s): 高田香織
  • Organizer: 日本土壌微生物学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] クロロ安息香酸分解遺伝子群のLysRタイプ転写調節因子CbeRの誘導物質認識部位の解析 (2009)
  • Author(s): 野口(辻本)雅子
  • Organizer: 日本土壌微生物学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] An improved method to extract RNA from soil with efficient removal of humic acids (2009)
  • Author(s): Y.Wang
  • Organizer: The 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology
  • Place of Presentation: Uppsala, Sweden
• [Presentation] Analysis of plasmids for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomomas sp.MM-1 (2009)
  • Author(s): 田端理朗
  • Organizer: The 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology
  • Place of Presentation: Uppsala, Sweden
• [Presentation] ロドコッカスPCB分解菌のPCB分解能におけるグルコース抑制に関わる遺伝子の探索と解析 (2009)
  • Author(s): 荒木直人
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1のスチレン分解における芳香族化合物分解遺伝子の制御 (2009)
  • Author(s): 星あゆみ
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1株における滅菌土壌環境での挙動 (2009)
  • Author(s): 飯野藤樹
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 土壌細菌の遺伝子発現解析のための模擬土壌実験系の構築 (2009)
  • Author(s): 高林正恵
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Interference with partitioning system of IncP-7 plasmids by ParA-like protein from Pseudomonas putida KT2440 genomic island (2009)
  • Author(s): 宮腰昌利
  • Organizer: "Pseudomonas 2009" The 12th International Conference
  • Place of Presentation: Hannover, Germany
• [Presentation] Detection of genome-wide gene expression in Pseudomonas putida KT2440 growing in soil by microarray analysis (2009)
  • Author(s): Y.Wang
  • Organizer: 13th International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Seattle, U.S.A.
• [Presentation] Burkholderia multivorans genes induced in soil environment (2009)
  • Author(s): 西山依里
  • Organizer: Society for General Microbiology Autumn Meeting
  • Place of Presentation: Edinburgh, United Kingdom
• [Presentation] Gene expression of a PCB degrading bacterium in soi (2009)
  • Author(s): M.Fukuda
  • Organizer: NIAES International Symposium : "Challenges for Agro-Environmental Research in Monsoon Asia"
  • Place of Presentation: Tsukuba Japan
• [Presentation] Bacterial genes specifically induced in soil environment (2009)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: NIAES International Symposium : "Challenges for Agro-Environmental Research in Monsoon Asia"
  • Place of Presentation: Tsukuba Japan
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株におけるカタボライト抑制メカニズムの解明 (2009)
  • Author(s): 鈴木信太郎
  • Organizer: 第82回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 神戸
• [Presentation] PCB分解菌におけるグルコースの取込みおよび代謝に関わる遺伝子の探索と解析 (2009)
  • Author(s): 荒木直人
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1株の環境応答遺伝子発現機構の解析 (2009)
  • Author(s): 飯野藤樹
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
• [Presentation] PCB分解菌のスチレン生育時における芳香族化合物分解遺伝子群転写制御の解明 (2009)
  • Author(s): 下平潤
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
• [Presentation] 機能性メタゲノム解析により明らかにされた環境中の芳香環分解遺伝子の実態 (2009)
  • Author(s): 末永光
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
• [Presentation] Detection of substrate-induced gene expression in Pseudomonas pulida KT2440 growing in soil by microarray analysis (2009)
  • Author(s): Y. Wang
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
• [Presentation] GenomeMatcher : 比較ゲノムソフトウエアとその付属機能 (2009)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
• [Presentation] 原核生物由来の可動性遺伝因子の命名法 (2009)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
• [Presentation] Burkhoideria miultivorans ATCC 17616株のFurを介した一酸化窒素(NO) ストレス適応機構 (2009)
  • Author(s): 湯原悟志
  • Organizer: 第82回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 名古屋
• [Presentation] Rhodococcus jostiiRHA1における土壌特異的発現造伝子の同定 (2009)
  • Author(s): 飯野藤樹
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1における芳香族化合物分解遺伝子群転写制御機構の解明 (2009)
  • Author(s): 下平潤
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 微生物センサーを利用した酵素活性スクリーニング法の開発 (2009)
  • Author(s): 内山拓
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の芳香族化合物トランスポーター様遺伝子破壊株の作製 (2009)
  • Author(s): 石塚結実子
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Burkholderia multivorans Arcc 17616の愛媛土壌特異的発現遺伝子の鹿島台土壌における発現誘導性の検討 (2009)
  • Author(s): 山本泰弘
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 芳香族化合物による土壌の汚染化に対する土壌細菌集団の応答 (2009)
  • Author(s): 遠藤諒
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Burkhoideria multivorans Arcc 17616株のカタボライト調節における抑制基質認識メカニズムの解明 (2009)
  • Author(s): 鈴木信太郎
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil. (2008)
  • Author(s): Y. Nagata, Y. Ohtsubo, M. Tsuda
  • Organizer: ISSM satellite symposium "Environmental genomics"
  • Place of Presentation: Tokyo
  • Year and Date: 2008-11-15
• [Presentation] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil (2008)
  • Author(s): Y. Nagata
  • Organizer: ISSM satellite symposium "Environmental genomics"
  • Place of Presentation: 東京・中央大学
  • Year and Date: 2008-11-15
• [Presentation] メタゲノム由来ブレオマイシン耐性遺伝子のThermusにおける発現 (2008)
  • Author(s): 小山芳典
  • Organizer: 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第7回連携研究会
  • Place of Presentation: 兵庫・理化学研究所
  • Year and Date: 2008-09-14
• [Presentation] 土壌からのRNA抽出と細菌の遺伝子発現解析 (2008)
  • Author(s): 小川直人, 福田雅夫
  • Organizer: 第60回日本生物工学会大会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2008-08-29
• [Presentation] Development of degradation pathways for chlorinated organic pollutants. (2008)
  • Author(s): M. Fukuda
  • Organizer: The 4th International Symposium of Environmental Biotechnology
  • Place of Presentation: Tainan, Taiwan
  • Year and Date: 2008-08-13
• [Presentation] PCB分解菌の全ゲノム解明と環境に応答した遺伝子発現の網羅的解析 (2008)
  • Author(s): 福田雅夫
  • Organizer: 日本土壌微生物学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 静岡
  • Year and Date: 2008-06-13
• [Presentation] ゲノム情報に基づいた植物共生細菌の環境応答と物質循環機能の解明 (2008)
  • Author(s): 南澤究
  • Organizer: 日本土壌微生物学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 静岡
  • Year and Date: 2008-06-13
• [Presentation] 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現 (2008)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 日本土壌微生物学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 静岡
  • Year and Date: 2008-06-13
• [Presentation] メタゲノムを利用したプレタンパク質工学 (2008)
  • Author(s): 宮崎健太郎
  • Organizer: 日本蛋白質科学会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-06-12
• [Presentation] メタゲノムを利用した"プレ"蛋白質工学 (2008)
  • Author(s): 宮崎健太郎
  • Organizer: 第9回日本蛋白質科学会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-06-12
• [Presentation] A versatile metabolic system in a Rhodococcus PCB degrader. (2008)
  • Author(s): M. Fukuda
  • Organizer: The 24th International Symposium on the Frontier of Microbiology: Resources, Environment, and Genome
  • Place of Presentation: Okayama
  • Year and Date: 2008-01-25
• [Presentation] Rhodococcus属細菌の物質代謝の多様性 (2008)
  • Author(s): 福田雅夫
  • Organizer: 生物資源科学国際シンポジウム「微生物研究の新展開-資源・環境・ゲノム-」
  • Place of Presentation: 岡山・岡山大学
  • Year and Date: 2008-01-25
• [Presentation] 土壌に接種したPseudomonas putidaからのRNA抽出と腐植物質除去の検討 (2008)
  • Author(s): 王勇
  • Organizer: 日本土壌微生物学会2008年度犬会
  • Place of Presentation: 静岡・静岡大学
• [Presentation] 日本土壌微生物学会2008年度大会 (2008)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現
  • Place of Presentation: 静岡・静岡大学
• [Presentation] PCB分解系のカタボライト抑制に関わる糖取り込み因子の検索 (2008)
  • Author(s): 荒木直人
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2008年度大会
  • Place of Presentation: つくば
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1株における土壌環境特異的発現遺伝子の同定 (2008)
  • Author(s): 飯野藤樹
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2008年度大会
  • Place of Presentation: つくば
• [Presentation] PCB分解菌Rhodococcus jostii RHA1のBphST転写制御機構の解明 (2008)
  • Author(s): 下平潤
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2008年度大会
  • Place of Presentation: つくば
• [Presentation] Rhodoeoccus属細菌アルカン代謝系の解析 (2008)
  • Author(s): 秋山絵弥子
  • Organizer: 環境バイオテクノロジー学会2008年度大会
  • Place of Presentation: つくば
• [Presentation] 生態系での細菌ゲノム情報発現-遺伝学的手法を用いた発現遺伝子群の探索- (2008)
  • Author(s): T. Uchiyama
  • Organizer: The 12th International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Caims, Australia
• [Presentation] Adaptive evolution of manganese(II)-dependent extradiol dioxygenases as revealed by metagenomic approach (2008)
  • Author(s): H. Suenaga
  • Organizer: The 12th International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Cairns, Australia
• [Presentation] Specific gene expression of Rhodococcus jostii RHA1 in the sterile soil (2008)
  • Author(s): T. Iino
  • Organizer: The 12th International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Cairns, Australia
• [Presentation] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明 (2008)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Organizer: 第60回日本生物工学会大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 土壌からのRNA抽出と細菌の遺伝子発現解析 (2008)
  • Author(s): 小川直人
  • Organizer: 第60回日本生物工学会大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] メタゲノムアプローチにより明らかになったextradiol dioxygenase遺伝子の適応進化 (2008)
  • Author(s): 末永光
  • Organizer: 第60回日本生物工学会大会
  • Place of Presentation: 仙台・東北学院大学
• [Presentation] 土壌に接種した細菌からのRNA抽出と遺伝子発現の解析 (2008)
  • Author(s): 王勇
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2008年大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名古屋市立大学
• [Presentation] Burkholderia属細菌の3-クロロ安息香酸消費におけるカタボライト抑制 (2008)
  • Author(s): 小川直人
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2008年大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名古屋市立大学
• [Presentation] Genome-wide gene expression profile of Pseudomonas putida incubated in soil (2008)
  • Author(s): Y. Wang
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド
• [Presentation] Pseudomonas putida KT2440株のゲノミックアイランドに存在するparAホモログのIncP-7群プラスミドによる転写誘導 (2008)
  • Author(s): 宮腰昌利
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 吹田・大阪大学
• [Presentation] スフィンゴモナス属類縁細菌群の多彩な難分解性物質分解能を支えるゲノム的基盤 (2008)
  • Author(s): 永田裕二
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 吹田・大阪大学
• [Presentation] Detection of bphAa gene expression of Rhodococcus sp. strain RHA1 in soil using anew method for RNA preparation from soil (2008)
  • Author(s): Y. Wang
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 吹田・大阪大学
• [Presentation] プラスミドの接合伝達に関与する受容菌側因子の同定 (2008)
  • Author(s): 宮崎亮
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 吹田・大阪大学
• [Presentation] 環境細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株における活性窒素(NO)代謝に関する研究 (2008)
  • Author(s): 湯原悟志
  • Organizer: 第80回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 京都・京都国際会議場
• [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株でのIVET系の構築と土譲生態系への適用 (2008)
  • Author(s): 西山依里
  • Organizer: 第80回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: 京都・京都国際会議場
• [Presentation] 滅菌土壌におけるRhodococcus jostii RHA1の発現機構 (2008)
  • Author(s): 飯野藤樹
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名城大学
• [Presentation] ポリ塩化ビフェニル(PCB)分解菌Rhodococcus jostii RHA1におけるビフェニル(BP)/PCB分解遺伝子群転写制御機構の解明 (2008)
  • Author(s): 下平潤
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名城大学
• [Presentation] Rhodococcus jostii RHA1における安息香酸存在下でのPCB分解遺伝子群転写抑制機構の解析 (2008)
  • Author(s): 伊藤拓
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名城大学
• [Presentation] PCB分解遺伝子の転写抑制に関与する糖取り込み因子の探索と解析 (2008)
  • Author(s): 荒木直人
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名城大学
• [Presentation] Signature-tagged mutagenesisによるBurkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境生残必須遺伝子の同定 (2008)
  • Author(s): 宮腰昌利
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名城大学
• [Presentation] 2種の土壌細菌においてカタボライト調節をおこす抑制基質の解析 (2008)
  • Author(s): 石塚真祐子
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名城大学
• [Presentation] 比較ゲノム解析用ソフトウエアGenomeMatcherの開発 (2008)
  • Author(s): 大坪嘉行
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋・名城大学
• [Presentation] 土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得-機能発現を指標にした直接的取得- (2007)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: ジオバィオテクノロジー振興会議第7回研究会
  • Place of Presentation: 大阪・大阪科学技術センター
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析 (2007)
  • Author(s): 津田雅孝, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 永田裕二
  • Organizer: 第59回日本生物工学会大会
  • Place of Presentation: 東広島
  • Year and Date: 2007-09-25
• [Presentation] PCB分解菌の芳香族分解遺伝子発現制御と環境応答 (2007)
  • Author(s): 福田雅夫
  • Organizer: 極限環境微生物学会第8回シンポジウム
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-07-03
• [Presentation] 生態系での細菌ゲノム情報発現 (2007)
  • Author(s): 津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 永田裕二, 大坪嘉行
  • Organizer: 極限環境微生物学会第8回シンポジウム
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-07-03
• [Presentation] 生態系での細菌ゲノム情報発現-遺伝学的手法を用いた発現遺伝子群の探索- (2007)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 極限環境微生物学会第8回シンポジウム
  • Place of Presentation: 横浜・東京工業大学
  • Year and Date: 2007-07-03
• [Presentation] PCB分解菌の芳香族分解遺伝子発現制御と環境応答 (2007)
  • Author(s): 福田雅夫
  • Organizer: 極限環境微生物学会第8回シンポジウム
  • Place of Presentation: 横浜・東京工業大学
  • Year and Date: 2007-07-03
• [Presentation] 植物共生細菌の微生物資源とゲノム解析 (2007)
  • Author(s): 南澤究
  • Organizer: 日本微生物資源学会第14回大会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] Functional screening of genes for aromatic ring-hydroxylating oxygenases from soil metagenomic libraries (2007)
  • Author(s): A. Ono
  • Organizer: Metagenomics 2007
  • Place of Presentation: San Diego,USA
• [Presentation] 野生イネ、栽培イネに内生する細菌エンドファイトのゲノム解析 (2007)
  • Author(s): 南澤究
  • Organizer: 日本土壌肥料学会2007年度大会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Ethylene-mediated interactions between plants and bacteria by rhizobitoxine and 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase (2007)
  • Author(s): K. Minamisawa
  • Organizer: International Conference Rhizosphere-2
  • Place of Presentation: Montpellier, France
• [Presentation] 環境での微生物ゲノム情報発現 (2007)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 2007年度日本農芸化学会中四国・西日本支部合同大会
  • Place of Presentation: 山口・山口大学
• [Presentation] 培養非依存的手法による土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得 (2007)
  • Author(s): 永田裕二
  • Organizer: 日本微生物生態学会第23回大会
  • Place of Presentation: 松山・愛媛大学
• [Presentation] 微生物生態学における環境ゲノミクス (2007)
  • Author(s): 南澤究
  • Organizer: 日本微生物生態学会第23回大会
  • Place of Presentation: 松山・愛媛大学
• [Presentation] STM(signature-tagged mutagenesis)法によるダイズ根粒菌の競合的根粒形成を決定している遺伝子の探索 (2007)
  • Author(s): 大久保卓
  • Organizer: 植物微生物研究会第17回研究交流会
  • Place of Presentation: 鹿児島
• [Presentation] PCB分解菌Rhodococcus sp.RHA1株のビフェニル下流代謝系酵素の解析 (2007)
  • Author(s): 黒田直子
  • Organizer: 第59回日本生物工学会大会
  • Place of Presentation: 東広島・広島大学
• [Presentation] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析 (2007)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 第59回日本生物工学会大会
  • Place of Presentation: 東広島・広島大学
• [Presentation] 改良RNA抽出法による土壌中での細菌遺伝子発現の検出 (2007)
  • Author(s): Y.Wang
  • Organizer: 第30回分子生物学会年会・第80回生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 横浜・パシフィコ横浜
• [Presentation] Rhodococcus catabolic genes and enzymes. (2006)
  • Author(s): M. Fukuda
  • Organizer: BBSRC International Workshop: Developing a Scientific Strategy for Investigating and Exploiting the Biology of Rhodococcus
  • Place of Presentation: Belfast, UK
  • Year and Date: 2006-09-19
• [Presentation] 多重染色体をもつ環境細菌のゲノム (2005)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Organizer: 第7回日本進化学会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2005-08-26
• [Presentation] Function of duplicated degradation genes in a rhodococcal PCB degrader. (2005)
  • Author(s): M. Fukuda
  • Organizer: Industrial Microbiology and Biotechnology Meeting 2005
  • Place of Presentation: Chicago, USA
  • Year and Date: 2005-08-25
• [Book] 環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス. 「難培養微生物研究の最新技術II」 (2010)
  • Author(s): 永田裕二, 津田雅孝
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Book] 難培養微生物研究の最新技術II (2010)
  • Author(s): 永田裕二
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Book] 酵素利用技術大系 (2010)
  • Author(s): 永田裕二
  • Publisher: 株)エヌ・ティー・エス
• [Book] カイメン共在細菌メタゲノム中の環境汚染物質分解酵素遺伝子相同配列の解析. 「マリンメタゲノムの有効利用」 (2009)
  • Author(s): 永田裕二, 津田雅孝
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Book] 新規酵素取得のためのメタゲノム利用技術開発. 「マリンメタゲノムの有効利用」 (2009)
  • Author(s): 宮崎健太郎
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Book] Sludge : Types, Treatment Processes and Disposal (2009)
  • Author(s): H.Suenaga
  • Total Pages: 15
  • Publisher: Nova Science Publishers, Inc.
• [Book] マリンメタゲノムの有効利用 (2009)
  • Author(s): 宮崎健太郎
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Book] マリンメタゲノムの有効利用 (2009)
  • Author(s): 永田裕二
  • Publisher: シーエムシー出版
• [Book] Bacterial class II catabolic transposons. In "DNA Transposable Elements Research" (2008)
  • Author(s): Sota, M., Yano, H., Tsuda, M
  • Publisher: Nova Science Publishers
• [Book] 微生物の事典(メタゲノム) (2008)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Publisher: 朝倉書店
• [Book] バイオフィルムの基礎と制御(難培養性細菌も研究対象とするメタゲノム解析) (2008)
  • Author(s): 永田裕二, 津田雅孝
  • Publisher: エヌ・ティー・エス社
• [Book] DNA Transposable Elements Research (2008)
  • Author(s): M. Sota
  • Publisher: Nova Science Publishers, Inc., New York, U.S.A
• [Book] 微生物の事典 (2008)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Publisher: 朝倉書店
• [Book] バイオフィルムの基礎と制御:特性・解析事例から形成防止・有効利用まで (2008)
  • Author(s): 永田裕二
  • Publisher: エヌ・ティー・エス
• [Book] 比較ゲノム学から読み解く生命システム(土壌環境細菌の比較ゲノム) (2007)
  • Author(s): 津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行
  • Publisher: 秀潤社
• [Book] 比較ゲノム学から読み解く生命システム-基本概念から最新ゲノム情報まで- (2007)
  • Author(s): 津田雅孝
  • Publisher: 秀潤社
• [Remarks] 比較ゲノム解析ツール: GenomeMatcher
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gm/gmhome.html
• [Remarks] Rhodococcusゲノムデータベース: Rhodococcus Genome Project
  • URL: http://www.rhodococcus.ca/index.jsp
• [Remarks] Macroarray analysis page of Bradyrhizobium japonicum
• [Remarks] 比較ゲノム用ソフトウェアGenorneMatcher
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gm.html
• [Patent(Industrial Property Rights)] 新規な芳香環水酸化酵素及びその遺伝子 (2008)
  • Inventor(s): 末永光, 宮崎健太郎
  • Industrial Property Rights Holder: 末永光, 宮崎健太郎
  • Industrial Property Number: 2008-214862
  • Filing Date: 2008-08-25
• [Patent(Industrial Property Rights)] 酵素遺伝子スクリーニング法 (2008)
  • Inventor(s): 内山拓, 宮崎健太郎
  • Industrial Property Rights Holder: 内山拓, 宮崎健太郎
  • Industrial Property Number: 2008-200172
  • Filing Date: 2008-08-01
• [Patent(Industrial Property Rights)] 酵素遺伝子スクリーニング法 (2008)
  • Inventor(s): 内山拓
  • Industrial Property Rights Holder: 内山拓
  • Filing Date: 2008-08-01