癌遺伝子発現臨床情報データベースの開発

• Project/Area Number: 17019071
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: Research Institute, Osaka Medical Center for Cancer and Cardiovascular Disaeses
• Principal Investigator: 加藤 菊也 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), 研究所長 (60194809)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 石井 信 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (90294280)
• Project Period (FY): 2005
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2005)
• Budget Amount: ¥4,900,000 (Direct Cost: ¥4,900,000); Fiscal Year 2005: ¥4,900,000 (Direct Cost: ¥4,900,000)
• Keywords: ゲノム / 遺伝子 / マイクロアレイ / 神経科学 / 発生・分化

Research Abstract

研究代表者のグループは大阪大学医学部病態制御外科及び腫瘍外科、京都大学医学部脳神経外科、大阪府立成人病センターのグループと共同で固形癌の遺伝子発現プロファイル解析を行ってきた。対象とした固形癌は乳癌、大腸癌、肝細胞癌、胃癌、食道癌、甲状腺癌、神経膠腫、肺癌である。測定遺伝子数は1500-3500個で、1500症例以上癌組織の解析を行った。本研究ではこのデータベースについて改良と更新を行った。
Cancer Gene Expression Database (CGED, http://cged.hgc.jp)は、検索機能とデータ表示方法に特徴がある。データ検索は、通常の遺伝子名やGenBank accession numberなどのID番号のほか、同一機能グループに属する遺伝子をまとめて検索できるように、Gene Ontology termとSwissProtの機能アノテーション中のキーワードで検索できるようにした。また、遺伝子発現量は赤から緑のグラジエントで、臨床データはそれ以外の色を使ってモザイクプロットで表示した。異なる遺伝子の発現パターンを並べて表示できるだけではなく、発現パターンの類似した遺伝子を検索して表示できるようにもしている。さらに、発現パターンの表示を特定の遺伝子の発現量や臨床パラメータでソートして再表示する機能も備えている。これまでのCGEDには、乳癌(予後関連遺伝子探索用のデータ)、大腸癌、肝細胞癌、食道癌のデータが収納されているが、収録していないデータの標準化を肺癌以外のデータで終了し、データベースに収録した。

Research Products

• [Journal Article] Central genetic alterations common to all HCV-positive, HBV-positive and non-B, non-C hepatocellular carcinoma : A new approach to identify novel tumor markers. (2006)
  • Author(s): Kurokawa, Y., Honma, K., Takemasa, I., Nakamori, S., Kita-Matsuo, H., Motoori, M., Nagano, H., Dono, K., Ochiya, T., Monden, M., Kato, K.
  • Journal Title: Int.J.Ocol. 28 Pages: 383-391
• [Journal Article] Cancer Gene Expression Database (CGED) : a database for gene expression profiling and accompanying clinical information of human cancer tissues. (2005)
  • Author(s): Kato, K., Yamashita, R., Matoba, R., Monden, M., Noguchi, S., Takagi, T., Nakai, K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 33
• [Journal Article] Differentiation of follicular thyroid adenoma from carcinoma by gene expression profiling with adapter-tagged competitive polymerase chain reaction. (2005)
  • Author(s): Taniguchi, K., Takano, T., Miyauchi, A., Koizumi, K., Ito, Y., Takamura, Y., Ishitobi, M., Miyoshi, Y., Taguchi, T., Tamaki, Y., Kato, K., Noguchi, S.
  • Journal Title: Oncology 69 Pages: 428-435