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電子顕微鏡像の単粒子解析での構造分類と3次元再構成法の開発

Research Project

Project/Area Number 17053021
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKyushu Institute of Technology

Principal Investigator

安永 卓生  九州工業大学, 情報工学部, 助教授 (60251394)

Project Period (FY) 2005
Project Status Completed (Fiscal Year 2005)
Budget Amount *help
¥2,900,000 (Direct Cost: ¥2,900,000)
Fiscal Year 2005: ¥2,900,000 (Direct Cost: ¥2,900,000)
Keywords生物物理 / 構造生物学 / 電子顕微鏡法 / 画像処理 / 分子モーター / ミオシン / ダイニン / 筋肉
Research Abstract

安永は、電子顕微鏡像の単粒子解析方法の開発を進めた。まず、電子顕微鏡像の自動抽出のために、SVM(support Vector machine)を用いた新規のアルゴリズムを開発し、Wseas Trans.Biol.Biomed.に報告した。さらに、電子顕微鏡像のデフォーカスによる像の歪みを高速に補正するためのプログラムを開発した。次に、単粒子解析三次元再構成法のための新規の角度決定法として特徴量抽出法をもちいた角度決定法を開発し、この手法は従来の共相関法に比べ雑音に強いということがわかった。傾斜シリーズを用いた三次元再構成法に関して、迅速かつ高精度の解析システムを構築し、インテグリンに適用し、有効であることを示した。構造分類に関しては、主成分分析とクラスター解析を組み合わせた手法を開発してきた。ミオシンII/VI/IX,ダイニンなどの分子モーターに開発した手法を適用し、現在、三次元像を確度の高いものとしているところである。さらに、筋肉の細いフィラメント内部のトロポニンIのC末端サブドメインの位置を電子顕微鏡法で同定し、NMR観察の情報を統合化することにより、J.Mol.Biol.に報告した。また、鞭毛内部での軸糸内椀ダイニンcの配置をクラスター分類、精密化による画像処理法を用いて同定し、J.Biol.Chem.に報告した。電子顕微鏡法により得られた三次元構造の原子モデリングのための新しいアルゴリズムを開発し、J.Plasma.Phys.に印刷中である。

Report

(1 results)
  • 2005 Annual Research Report
  • Research Products

    (4 results)

All 2005 Other

All Journal Article (4 results)

  • [Journal Article] An axonemal dynein particularly important for flagellar movement at high viscosity : Implications from a new chlamydomonas mutant deficient in the dynein heavy chain gene DHC92005

    • Author(s)
      Yagi, T.
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. 280

      Pages: 41412-41420

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Structural basis for Ca2+-regulated muscle relaxation at interaction sites of troponin with actin and tropomyosin2005

    • Author(s)
      Murakami, K
    • Journal Title

      J.Mol.Biol. 352

      Pages: 178-201

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Automatic Detecting Particles Approach Using Adaboost-SVM2005

    • Author(s)
      Yang, J.
    • Journal Title

      Wseas Transactinns on Biology and Biomedicine 2

      Pages: 163-168

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Atomic model construction of protein complexes from electron micrographs and visualization of their 3D structure using VR system

    • Author(s)
      Noda, K.
    • Journal Title

      J.Plasma Physics In press

    • Related Report
      2005 Annual Research Report

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Published: 2005-04-01   Modified: 2018-03-28  

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