Comprehensive analysis of characteristic sequence patterns among protein-coding regions

• Project/Area Number: 17310116
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: 基礎ゲノム科学
• Research Institution: Kazusa DNA Research Institute
• Principal Investigator: NAKAMURA Yasukazu Kazusa DNA Research Institute, 植物ゲノム研究部・植物ゲノム情報研究室, 特別客員研究員 (60370920)
• Project Period (FY): 2005 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥4,700,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2008: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2007: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2006: ¥500,000 (Direct Cost: ¥500,000); Fiscal Year 2005: ¥2,900,000 (Direct Cost: ¥2,900,000)
• Keywords: タンパク質遺伝子コード領域 / 遺伝子発見 / 配列パターン解析 / コドン使用傾向 / ゲノム塩基配列解析

Research Abstract

DNA 塩基配列データベースに登録された生物種のタンパク質遺伝子の配列を網羅的かつなるべく重複を省き集計するシステムを作成し運用した。
このシステムにより集計した塩基配列の特徴を示す短い配列パターンを抽出し、配列の類似比較からだけでは見いだすことのできない、完全に未知なタンパク質遺伝子を発見するための基盤となる情報を集積すると同時に、タンパク質遺伝子発見に応用するための方法を検討した。