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ヒトゲノムにおけるmiRNA標的遺伝子の網羅的探索および同定

Research Project

Project/Area Number 17651111
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Applied genomics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

福田 陽子  The University of Tokyo, 医学部・附属病院, 特任助教 (60396744)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川崎 広明  東京大学, 大学院・工学系研究科, 助手 (60332623)
Project Period (FY) 2005 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2007: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
KeywordsmiRNA / pri-miRNA / ノックアウトマウス / マイクロアレイ / ゲノム進化 / microRNA / マクロファージ / 発現抑制 / 標的遺伝子 / バイオインフォマティクス / ゲノム
Research Abstract

ヒトに代表される哺乳類におけるmiRNAの発現制御機構を明らかとするために、昨年度までに完全長cDNAデータベースを用いて、miRNAの初期転写産物(Pri-miRNA)の構造を、全ゲノム的に解析し、数百種のマウスmiRNAの前駆体の構造を明らかとした。これをもとに、今年度はいくつかの興味深いmiRNAについてノックアウトマウスの作成を行っており、その表現型の解析を進めている。mRNAマイクロアレイによるトランスクリプトームから、特定のmiRNAをノックアウトした際に、同時にどのようなmRNAが変動するかを組織ごとにしらべ、これをもとに、miRNA標的遺伝子の同定を目指している。またプロテオーム解析およびメタボローム解析も行うことで、miRNAによる高次元の発現調節ネットワークを明らかにしようとしている。
一方で、pri-miRNA-223の構造をマウス・ヒト・ミドリフグゲノム間で比較したところ、その長さやエクソン・イントロン構造は極めて多様なのに対し、miRNA配列及びその転写調節領域は良く保存されていることがわかった。miRNAのこのような情報から、祖先型ゲノムの構造を推測することが可能であると考え、他のmiRNAの構造についても解析を進めている。

Report

(3 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • 2005 Annual Research Report
  • Research Products

    (2 results)

All 2006 2005

All Journal Article (1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Exploration of human miRNA target genes in neuronaL differentiailn2005

    • Author(s)
      Yoko Fukuda
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series 49

      Pages: 341-342

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Book] Construction of microRNA expression vector in mammalian cells in "Methods in Molecular Biology - Gene Mapping, Discovery, and Expression Methods and Protocols"2006

    • Author(s)
      Yoko Fukuda
    • Total Pages
      400
    • Publisher
      HUMANA PRESS
    • Related Report
      2005 Annual Research Report

URL: 

Published: 2005-04-01   Modified: 2016-04-21  

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