ヒトゲノムにおけるmiRNA標的遺伝子の網羅的探索および同定
| Project/Area Number |
17651111
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Applied genomics
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
福田 陽子 The University of Tokyo, 医学部・附属病院, 特任助教 (60396744)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川崎 広明 東京大学, 大学院・工学系研究科, 助手 (60332623)
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| Project Period (FY) |
2005 – 2007
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2007)
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| Budget Amount *help |
¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2007: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
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| Keywords | miRNA / pri-miRNA / ノックアウトマウス / マイクロアレイ / ゲノム進化 / microRNA / マクロファージ / 発現抑制 / 標的遺伝子 / バイオインフォマティクス / ゲノム |
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| Research Abstract |
ヒトに代表される哺乳類におけるmiRNAの発現制御機構を明らかとするために、昨年度までに完全長cDNAデータベースを用いて、miRNAの初期転写産物(Pri-miRNA)の構造を、全ゲノム的に解析し、数百種のマウスmiRNAの前駆体の構造を明らかとした。これをもとに、今年度はいくつかの興味深いmiRNAについてノックアウトマウスの作成を行っており、その表現型の解析を進めている。mRNAマイクロアレイによるトランスクリプトームから、特定のmiRNAをノックアウトした際に、同時にどのようなmRNAが変動するかを組織ごとにしらべ、これをもとに、miRNA標的遺伝子の同定を目指している。またプロテオーム解析およびメタボローム解析も行うことで、miRNAによる高次元の発現調節ネットワークを明らかにしようとしている。
一方で、pri-miRNA-223の構造をマウス・ヒト・ミドリフグゲノム間で比較したところ、その長さやエクソン・イントロン構造は極めて多様なのに対し、miRNA配列及びその転写調節領域は良く保存されていることがわかった。miRNAのこのような情報から、祖先型ゲノムの構造を推測することが可能であると考え、他のmiRNAの構造についても解析を進めている。
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Report
(3 results)
Research Products
(2 results)
