ゲノム解析技術GP法をもちいた浮遊性原生生物における種概念の構築

• Project/Area Number: 17654100
• Research Category: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Stratigraphy/Paleontology
• Research Institution: Niigata University
• Principal Investigator: 松岡 篤 新潟大学, 自然科学系, 教授 (00183947)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 西垣 功一 埼玉大学, 工学部, 教授 (10107378)
• Project Period (FY): 2005 – 2006
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2006)
• Budget Amount: ¥3,300,000 (Direct Cost: ¥3,300,000); Fiscal Year 2006: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000); Fiscal Year 2005: ¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
• Keywords: 放散中 / 有孔虫 / ゲノム / 種概念 / 原生生物 / 放散虫

Research Abstract

沖縄近海の東シナ海において1回の,佐渡島近海の日本海において3回のプランクトン採取を行った.沖縄の瀬底臨海実験所(琉球大学)および佐渡臨海実験所(新潟大学)において,Didymocyrtis, Dictyocoryne, Euchitonia, Eucyrtidiuum, Spongosphaera, Spongodiscus, Actinosphaera, Acanthodesmia, Pseudocubus, Pterocanium, Eucyrtidium属(放散虫),Globigerinoides属(有孔虫)を主対象とした浮遊性原生生物の生態観察を実施した.
新潟大学大学院自然科学研究科に既設の走査型電子顕微鏡(日本電子 5300LV)を用いて,殻の画像を取得した.詳細な形態解析により,殻形態の種間関係や種内変異を把握した.
埼玉大学でゲノム・プロフィリング(GP)法を実施し,Didymocyrtis, Dictyocoryne, Eucyrtidium属などのPolycystine放散虫とPhaeodaria・Acantharia放散虫との分子生物学的近縁度を求めた.
研究成果を,日本地球惑星連合大会(2006年5月,千葉幕張メッセ),第61回形の科学会(2006年6月,名古屋大学),第2回万国古生物会議(2006年6月北京),日本古生物学会(2006年6月島根大学),第62回形の科学会(2006年11.月,大阪大学),などで発表した.論文としては,GP法の結果をBMC Genomics誌などに発表し,GP法が原生生物の種を識別するのにも有効であることを示した.

Research Products

• [Journal Article] Radiolarian faunas and water properties in surface and subsurface waters of the Japan Sea in September 2005, off Tassha, Sado Island, central Japan (2007)
  • Author(s): Kurihara, T., Shimotani, T., Matsuoka, A.
  • Journal Title: Science Reports of Niigata University (Geology) 21号(印刷中)
  • NAID: 110006782208
• [Journal Article] A Solution for Universal Classification of Species Based on Genomic DNA (2007)
  • Author(s): Kouduka, M., Sato, D., Komori, M., Kikuchi, M., Miyamoto, K., Kosaku, A., Naimuddin, M., Matsuoka, A., Nishigaki,K.
  • Journal Title: International Journal of Plant Genomics 2007 Pages: 1-8
• [Journal Article] Quantitative morphological analyses and evolutionary history of the Middle Jurassic polycystine radiolarian genus Striatojaponocapsa Kozur (2007)
  • Author(s): Hatakeda, K., Suzuki, N., Matsuoka, A.
  • Journal Title: Marine Micropaleontology (印刷中)
• [Journal Article] 飼育実験による浮遊性有孔虫の生態の研究 (2006)
  • Author(s): 木元克典, 松岡篤
  • Journal Title: 化石 79 Pages: 1-2
  • NAID: 110004706111
• [Journal Article] Acquisition of genome information from single-celled unculturable organisms (radiolaria) by exploiting genome profiling (GP). (2006)
  • Author(s): Kouduka, M., Matsuoka, A., Nishigaki, K.
  • Journal Title: BMC Genomics 7巻 Pages: 1-10
• [Journal Article] Catalogue and systematics of Pliensbachian, Toarcian and Aalenian radiolarian genera and species. (2006)
  • Author(s): Gorican, S., Carter, S.E., Dumitrica, P., Hori, S.R., De Wever, P., O'Dogherty, L., Matsuoka, A., Guex, J.
  • Journal Title: Paleontoloski Institut Ivana Rakovca ZRC SAZU Pages: 1-446
• [Journal Article] Water temperature, salinity, algal-chlorophyll profiles and radiolarian fauna in the surface and subsurface waters in early June off Tassha, Sado Island, central Japan (2006)
  • Author(s): Kurihara, T., Shimotani, T., Matsuoka, A.
  • Journal Title: Science reports of Niigata University(Geology) 20号(印刷中)
  • NAID: 110004785985
• [Journal Article] Phylogenetic position of the small solitary phaeodarians (Radiolaria) based on 18S rDNA sequences by single cell PCR analysis (2006)
  • Author(s): T.Yuasa, O.Takahashi, J.K.Dolven, S.Mayama, A.Matsuoka, D.Honda, K.R.Bjorklund
  • Journal Title: Marine Micropaleontology (印刷中)
• [Book] 進化・情報・かたち "生命知"のパースペクティブ (2006)
  • Author(s): 伏見謙, 西垣功一, 松岡篤 ほか
  • Publisher: 培風館