• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

組織特異性を決める遺伝子発現調節領域の進化メカニズム解析と人工合成による検証

Research Project

Project/Area Number 17657079
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Evolutionary biology
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

斎藤 成也  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 隅山 健太  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助手 (00370114)
Project Period (FY) 2005 – 2006
Project Status Completed (Fiscal Year 2006)
Budget Amount *help
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2005: ¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Keywordscis-element / 発現制御 / 進化 / Ultra conserved element / ゲノム / トランスジェニックマウス / evo-devo / 超低頻度モチーフ / Ultra conserve delement / エンハンサー
Research Abstract

これまでにコンピュータ解析によるゲノム中の新規機能モチーフの探索を行った。従来の方法論とはまったく異なる方法でモチーフを探索し、その結果を、進化的保存領域や機能既知の非コードゲノム領域などに基づく従来の結果と組み合わせることで新しい機能モヂュールの推定を行うことを目標としてきた。具体的には、まず最初に全ゲノム配列がわかっている生物種において、ゲノム全体を特定の長さのモチーフに切断し、そのモチーフの出現頻度を調べた。高度反復配列に含まれるモチーフや、機能の無いモチーフはゲノム中に多く見出されることが期待されるが、特定の重要な機能に結びつく配列の出現頻度は厳しく制限を受けている可能性が高い。解析の結果、期待値よりもはるかに少ないモチーフ(超低頻度モチーフ)が多数見出された。このようなゲノムの多様性は、進化的に高度な種ほど大きい傾向が見いだされた。体制の単純な生物のゲノムは超低頻度モチーフの多様性が少ない。また、超低頻度モチーフがUltra Conserved Element中に有意に高い頻度で見いだされることが判明した。このことは機能的に重要な非コード領域中の機能モチーフがゲノムの中で他にはない独自の機能を持っていることを示す。このような例に、HOXクラスター中のエンハンサーエレメントなどが見いだされ、現在この機能をトランスジェニックマウスで解析中である。また他のUltra Conserved Elementで超低頻度モチーフを持つものをリスト化し、順次機能解析を行っているところである。

Report

(2 results)
  • 2006 Annual Research Report
  • 2005 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2007 2006 2005

All Journal Article (6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Genomewide search of gene conversions in duplicated genes of mouse and rat2006

    • Author(s)
      Ezawa K.
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution 23 (5)

      Pages: 927-940

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] A wide-range phylogenetic analysis of Zic proteins : Implications for correlations between protein structure conservation and body plan complexity2006

    • Author(s)
      Aruga J.
    • Journal Title

      Genomics 87 (6)

      Pages: 783-792

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Human Endogenous Retrovirus (HERV)-R family in primates : Chromosomal location, gene expression, and evolution2006

    • Author(s)
      Kim H. S.
    • Journal Title

      Gene 370

      Pages: 34-42

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Genomewide search of gene conversions in duplicated genes of mouse and rat.2006

    • Author(s)
      Ezawa K.
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution Jan11(On line)

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] 脊椎動物の比較ゲノム:遺伝子間領域の比較解析2005

    • Author(s)
      隅山健太
    • Journal Title

      細胞工学 24

      Pages: 1108-1111

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Evolutionary conservation of 5' upstream sequence of nine genes between human and great apes2005

    • Author(s)
      Kitano T.
    • Journal Title

      Genes and Genetic Systems 80

      Pages: 225-232

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Book] ゲノム進化を考える-系統樹の数理から脳神経系の進化まで2007

    • Author(s)
      斎藤 成也
    • Total Pages
      120
    • Publisher
      サイエンス社
    • Related Report
      2006 Annual Research Report

URL: 

Published: 2005-04-01   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi