未知ゲノム配列non-codingRNAの機能解析
| Project/Area Number |
17659016
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Biological pharmacy
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
辻本 豪三 京都大学, 薬学研究科, 教授 (80172013)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
奥野 恭史 京都大学, 薬学研究科, 助教授 (20283666)
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| Project Period (FY) |
2005 – 2006
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2006)
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| Budget Amount *help |
¥3,300,000 (Direct Cost: ¥3,300,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2005: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
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| Keywords | Non-coding RNA / マイクロRNA / 遺伝子発現解析 / 遺伝子ネットワーク / 最尤推定法 / microRNA / マイクロアレイ解析 / バイオインフォマティクス |
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| Research Abstract |
近年、細胞の発生・分化や癌の増殖などに強力な影響を及ぼすマイクロRNAの発見やその新規機能同定に関する報告が相次ぎ、マイクロRNAを始めとする短鎖RNAが細胞の運命を左右し得る重要な機能制御因子として大きな注目を浴びている。しかしながら、マイクロRNAの標的遺伝子を予測するこれまでの技術では、1つのマイクロRNAに対しターゲットとなる遺伝子が数千にも及び、その予測精度に大きな課題を有していた。また、ヒトのマイクロRNAの総数は千種類近くもあると言われ、これまでの方法論によって予測される標的遺伝子との組み合せを想定すると膨大なものとなる。そこで、本研究において、細胞ごとの遺伝子とmiRNAの発現プロファイルと既存miRNAターゲット予測プログラムとを組み合わせた新規方法論を確立し、miRNAによって制御される遺伝子のネットワーク化を行った。特に、従来法の配列相補性による標的遺伝子予測に加え、マイクロRNAとmRNAの発現パターンなどの新たな情報を導入することにより、マイクロRNAの標的遺伝子候補の劇的な絞込みとマイクロRNAによって制御される遺伝子発現ネットワークの抽出に成功した。具体的には、従来法では予測される標的遺伝子数が1つのマイクロRNA当たり数千個であるのに対し、本技術では標的遺伝子候補の予測の確からしさを最尤推定法によって数値化し、数十の遺伝子クラスター(ネットワーク)として絞り込み抽出することに成功している。
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Report
(2 results)
Research Products
(37 results)
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[Journal Article] Altered gene expression of transcriptional regulatory factors in tumor marker-positive cells during chemically induced hepatocarcinogenesis.2006
Author(s)
Osada S, Naganawa A, Misonou M, Tsuchiya S, Tamba S, Okuno Y, Nishikawa J, Satoh K, Imagawa M, Tsujimoto G, Sugimoto Y, Nishihara T
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Journal Title
Toxicology Letters. 167
Pages: 106-113
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