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鋳型非依存性RNA合成酵素の分子機構、進化の分子的基盤研究

Research Project

Project/Area Number 17687010
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Structural biochemistry
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

富田 耕造  National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 生物機能工学研究部門, 研究グループ長 (00345274)

Project Period (FY) 2005 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥30,420,000 (Direct Cost: ¥23,400,000、Indirect Cost: ¥7,020,000)
Fiscal Year 2007: ¥7,930,000 (Direct Cost: ¥6,100,000、Indirect Cost: ¥1,830,000)
Fiscal Year 2006: ¥9,620,000 (Direct Cost: ¥7,400,000、Indirect Cost: ¥2,220,000)
Fiscal Year 2005: ¥12,870,000 (Direct Cost: ¥9,900,000、Indirect Cost: ¥2,970,000)
KeywordsRNA / 構造解析 / 反応機構 / 鋳型非依存的 / 複合体 / 酵素反応 / 合成 / RNA合成 / 鋳型非依存性 / ダイナミックス
Research Abstract

鋳型非依存的RNA合成酵素であるCCA付加酵素は核酸性の鋳型を用いることなく,定まった配列を定まったRNAプライマーに付加/合成するという点で非常にユニークな酵素である。我々は,昨年度,古細菌由来のCCA付加酵素がCCA配列を合成する過程,すなはち,合成開始,伸長,終結にいたるすべての状態のスナップショットのX線結晶構造解析,生化学的解析を行ない,世界に先駆けてCCA付加酵素によるCCA付加反応の動画の作製に成功し,30年来の謎を解明した。今年度は,さらに古細菌由来のCCA付加酵素が正しい配列が合成されたか,否かを確認するProofreadingの機構の解析を行なった。3'末端に変異を導入したRNAとCCA付加酵素の複合体,合計11種類のX線結晶構造解析,さらに変異体RNAを用いた生化学的解析をとおして,ユニークなProofreadingの分子機構が明らかになった。CCA付加酵素は,最初のヌクレオチドが間違って付加されても,そのヌクレオチドの確認を行なわず,次の2番目のヌクレオチド付加の反応を行なってしまう。しかしながら,2番目の付加反応が進行し,最後のヌクレオチドの付加を行なう時に,最初と2番目に付加されたヌクレオチドの配列を確認し,3'末端領域配列がCCA以外のものを合成できないにしていることが明らかになった。この最後の段階での"Proofreading"機構は,酵素が活性型の閉じた構造をとっており,RNAの最初のヌクレオチドが酵素のべーターターンとWatson-Crick用水素結合をし,かつ2番目のヌクレオチドの大きさと,02の有無によって行なわれていることが明らかになった。

Report

(3 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • 2005 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2008 2007 2006 2005

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] tRNAを使うリボソームによらないアミノ酸付加反応2008

    • Author(s)
      渡辺 和則 富田 耕造, 他
    • Journal Title

      蛋白質核酸酵素 (共立出版) (掲載決定;平成20年6月22日号)

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] Protein-based peptide-bond formation by amhloacyl-tRNA protein transferase2007

    • Author(s)
      Watanabe, K. Tomita, K., et. al.
    • Journal Title

      Nature 449

      Pages: 867-871

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Animated crystallography of genetic code translation2007

    • Author(s)
      Tomita, K., et. al.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series 51

      Pages: 101-102

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] 鋳型を用いないRNA合成おける動的分子基盤の解明2007

    • Author(s)
      富田 耕造, 他
    • Journal Title

      蛋白質核酸酵素 (共立出版) 52

      Pages: 784-794

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] タンパク質合成を支えるtRNAの成熟化2007

    • Author(s)
      富田 耕造
    • Journal Title

      生化学 (日本生化学会) 79

      Pages: 222-228

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] RNAの3'末端修復の分子メカニズム2007

    • Author(s)
      富田耕造
    • Journal Title

      実験医学 (羊土社) 25

      Pages: 13-18

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      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] タンパク質合成を支えるtRNAの成熟化2007

    • Author(s)
      富田耕造
    • Journal Title

      生化学 (日本生化学会) 79

      Pages: 222-228

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      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Complete crystallographic analysis of the dynamics of CCA sequence addition.2006

    • Author(s)
      Tomita K, Ishitani R, Fukai S, Nureki O.
    • Journal Title

      Nature 443

      Pages: 700-7004

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Crystal structures of leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase and its complex with an aminoacyl-tRNA analog.2006

    • Author(s)
      Suto K, Shimizu Y, Watanabe K, Ueda T, Fukai S, Nureki O, Tomita K.
    • Journal Title

      EMBO J. 25

      Pages: 5942-5950

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] 転移RNA成熟化プロセス tRNAの末端へのヌクレオチド付加とエディティングの分子機構の類似性2005

    • Author(s)
      富田 耕造
    • Journal Title

      実験医学 月刊(羊土社) Vol.23

      Pages: 1875-1875

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Presentation] 鋳型を用いないRNA合成の動的反応分子基盤2008

    • Author(s)
      富田 耕造
    • Organizer
      千里ライフサイエンス振興財団
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2008-02-28
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular basis for peptide-bond formation by an aminoacyl-tRNA protein transferase2007

    • Author(s)
      渡辺 和則, 富田 耕造, 他
    • Organizer
      国際tRNAワークショップ
    • Place of Presentation
      スウェーデン
    • Year and Date
      2007-11-01
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] アミノナシルtRNA蛋白質転移酵素によるペプチド結合機構の解明2007

    • Author(s)
      渡辺 和則, 富田 耕造, 他
    • Organizer
      日本RNA学会-若手の会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2007-09-10
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular basis for peptide-bond formation by an aminoacy-tRNA protein transferase2007

    • Author(s)
      渡辺 和則, 富田 耕造, 他
    • Organizer
      曰本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2007-07-28
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2005-04-01   Modified: 2016-04-21  

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