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ハードウェア化に適した文字列処理アルゴリズムの開発

Research Project

Project/Area Number 17700020
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Fundamental theory of informatics
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

馬場 謙介  Kyushu University, 大学院・システム情報科学研究院, 助教 (70380681)

Project Period (FY) 2005 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2005: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywords近似文字列照合 / アルブリズム / 編集距離 / 並列処理 / 高速化 / 文字列処理 / 相同性検索 / アルゴリズム / ハードウェア化 / ビットパラレル
Research Abstract

ソフトウェアアルコリスムの分野で研究されている文字列処理の高速化手法を専用ハードウェアとして実装することを目標とし,ハードウェア化に適したアルゴリズムの開発を行った.具体的には,近似文字列照合アルゴリズムの高速化について,ハードウェアの実現可能性を考慮した手法の開発を行った.単位計算で処理できるデータサイズを「ワード長」,単位計算を同時に実行できる数を「コア数」とすると,近似文字列照合の単純な解法では,計算の並列化の困難さから,ワード長やコア数が大きくなっても計算時間を短縮できない.これに対し,本研究では以下の3つの高速化手法を提案した.
まず,近似文字列照合のための計算のうち,ワード長増大による高速化が可能なものを事前に計算する手法を提案した.近似文字列照合で用いる「編集距離」は,文字の挿入,削除,および置換によって定義され,このうち挿入と削除を考慮することが計算の並列化を困難にしている.置換のみを考えた場合の距離は,2つの文字列の文字一致の数える「マッチカウント問題」の解であり,ワード長の増大による高速化が可能である.本研究では,マッチカウント問題の解と近似文字列照合問題の解関係を明らかにし,マッチカウント問題の解により近似文字列照合問題の解の探索範囲の削減する手法を提案した.
次に,マッチカウント問題を解くアルゴリズムとして,コア数増大により高速化を提案した.ワード長の増大による高速化の適用が可能なアルゴリズムは既存手法として既に提案されている.本研究では,文字列をアルファベットについてビット列に変換することで計算の並列化を実現し,既存手法をコア数についての高速化も適用可能になるよう拡張した.
最後に,近似文字列照合問題を解くアルゴリズムとして,ワード長の増大による高速化を提案した.コア数の増大による高速化の適用が可能なアルゴリズム既存手法として既に手案されている.本研究では,既存手法で並列に行われる計算の入出力の関係を明らかにし,複数の計算を一度の計算で行う手法を提案した.一度に行うことのできる計算の数はワード長に依存する.

Report

(3 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • 2005 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2008 2007 2006 2005

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 3 results)

  • [Journal Article] A Note on Approximate String Matching Based on Bit Operations2008

    • Author(s)
      Hanmei, E・Yunqing, Yu・Kensuke, Baba・Kazuaki, Murakami
    • Journal Title

      Computing Letters (掲載決定)

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An Optimal Mapping for Score of String Matching with FFT2007

    • Author(s)
      Tetsuya, Nakatoh・Kensuke, Baba・Masao, Mori・Sachio, Hirokawa
    • Journal Title

      DBSJ Letters 6(3)

      Pages: 25-28

    • NAID

      40015793309

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Door Access Control System with Mobile Phones2007

    • Author(s)
      Tomomi, Yamasaki・Toru, Nakamura・Kensuke, Baba・Hiroto, Yasunra
    • Journal Title

      Proc. The 12th IFIP International Conference on Personal Wireless Communications 245

      Pages: 230-240

    • NAID

      120006655420

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bit-parallel Computation for wavefront Algorithm2007

    • Author(s)
      Hanmei E, Kensuke Baba, Yunqing Yu, Kazuaki Murakami
    • Journal Title

      Research Reports on ISEE, Faculty of Information Science and Electrical Engineering, Kyushu University vol. 12 (1)(印刷中)

    • NAID

      120005749511

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Bit-parallel Computation for String Alignment2006

    • Author(s)
      Yunqing Yu, Kensuke Baba, Hanmei E, Kazuaki Murakami
    • Journal Title

      Lecture Series on Computer and Computational Sciences, VSP/Brill vol. 7 (A)

      Pages: 195-198

    • NAID

      120006654562

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Approximate String Matching Based on Bit Operations2006

    • Author(s)
      Hanmei E, Yunqing Yu, Kensuke Baba, Kazuaki Murakami
    • Journal Title

      Lecture Series on Computer and Computational Sciences, VSP/Brill vol. 7 (A)

      Pages: 589-593

    • NAID

      120006654561

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Quantitative Evaluation of Unlinkable ID Matching Scheme2005

    • Author(s)
      Yasunobu Nohara, Sozo Inoue, Kensuke Baba, Hiroto Yasuura
    • Journal Title

      Proc.the 2005 ACM Workshop on Privacy in the Electronic Society (WPES'05)

      Pages: 55-60

    • NAID

      120006655341

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] ビットパラレル手法によるアライメントアルゴリズム2005

    • Author(s)
      馬場謙介, 子雲青, 村上和彰
    • Journal Title

      情報処理学会論文誌:数理モデル化と応用 Vol.46

      Pages: 80-87

    • NAID

      110002950934

    • Related Report
      2005 Annual Research Report

URL: 

Published: 2005-04-01   Modified: 2016-04-21  

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