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特異点を考慮した高精度リサンプリング法の開発とその応用

Research Project

Project/Area Number 17700276
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Statistical science
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

下平 英寿  Tokyo Institute of Technology, 大学院・情報理工学研究科, 准教授 (00290867)

Project Period (FY) 2005 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2005: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywordsブートストラップ / アルゴリズム / 系統進化 / マイクロアレイ / 特異点 / 統計的仮説検 / バイオインフォマティクス / スケール変換 / 統計的仮設検定 / 統計的仮説検定
Research Abstract

データから得られる推定値の信頼性を確率値として計算するために,仮説の不偏な確率値を高精度で計算するリサンプリング法の開発を目的とする.このために,(i)マルチスケール・ブートストラップ法をすでに提案している.そこでは確率分布の空間における仮説領域の境界が滑らかな曲面であることを仮定して,その曲率やデータ点までの距離といった幾何学的な議論が理論的な導出の基礎になっているので,もし境界が滑らかでない場合には特異点付近で精度が下がる.一方,(ii)多重比較法を利用した手法も以前に提案している.そこでは仮説領域が凸多面錐であることを仮定して,その頂点(特異点)における精度を保証しているが,これから離れると精度が下がることが知られている.したがって本研究では,(i)(ii)の両手法の長所を取り入れる新たな手法の開発及びその応用を目指している.
本年度は以下の点について研究を行った.1.マルチスケール・ブートストラップ法を発展させるアルゴリズムを考案するにあたり,その基礎となる近似的に不偏な検定の理論の構築をさらに進めた.曲面のフーリエ変換に基づく理論的枠組みを発展させた.2.構築した理論とアルゴリズムに基づき,ソフトウェアを作成した.Rの公式ライブラリscalebootとして公開した.3.アルゴリズムをバイオインフォマティクス(系統進化,マイクロアレイ)の応用へ実践し,実用性について検証した.

Report

(3 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • 2005 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2008 2007 2006 2005 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (1 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Testing Regions with Nonsmooth Boundaries via Multiscale Bootstrap2008

    • Author(s)
      Hidetoshi Shimodaira
    • Journal Title

      Journal of Statistical Planning and Inference 138

      Pages: 1227-1241

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative transcriptional control of ERBB receptor signaling undergoes graded to biphasic response for cell differentiation2007

    • Author(s)
      T.Nagashima, H.Shimodaira, K.Ide, T.Nakakuki, Y.Tani, K.Takahashi, N.Yumoto, M.Hatakeyama
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry 282

      Pages: 4045-4056

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] pvclust : an R package for assessing the uncertainty in hierarchical clustering2006

    • Author(s)
      R.Suzuki, H.Shimodaira
    • Journal Title

      Bioinformatics 22

      Pages: 1540-1542

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Asessing the uncertainty in phylogenetic inference2005

    • Author(s)
      Shimodaira, H., Hasegawa, M.
    • Journal Title

      Statistical Methods in Molecular Evolution, Statistics for Biology and Health (Springer-Verlag)

      Pages: 463-492

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] Multiplicative Decomposition of Time- and Dose-Dependent Gene Expression Changes2005

    • Author(s)
      Tani, Y., Kamimura, T., Nagashima, T., Ide, K., Hatakeyama, M., Shimodaira, H.
    • Journal Title

      The 16th International Conference on Genome Informatics 2005

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Journal Article] A Scale-Free Prior over Graph Structures for Bayesian Inference of Gene Networks2005

    • Author(s)
      Kamimura, T., Shimodaira, H.
    • Journal Title

      The 16th International Conference on Genome Informatics 2005

    • Related Report
      2005 Annual Research Report
  • [Presentation] マルチスケール・ブートストラップ法による有界な深さをもつ領域の検定2007

    • Author(s)
      下平英寿
    • Organizer
      統計関連学会連合大会
    • Place of Presentation
      神戸大学
    • Year and Date
      2007-09-07
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Book] 赤池情報量規準AIC-モデリング・予測・知識発見2007

    • Author(s)
      赤池 弘次, 甘利俊一, 北川源四郎, 樺島祥介, 下平英寿
    • Total Pages
      160
    • Publisher
      共立出版
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.is.titech.ac.jp/~shimo/prog/scaleboot/index.html

    • Related Report
      2007 Annual Research Report

URL: 

Published: 2005-04-01   Modified: 2016-04-21  

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