| Project/Area Number |
17700289
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Bioinformatics/Life informatics
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
種田 晃人 弘前大学, 理工学部, 助手 (70332492)
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| Project Period (FY) |
2005 – 2006
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2006)
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| Budget Amount *help |
¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
Fiscal Year 2006: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
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| Keywords | 生体生命情報学 / RNA / ゲノム / 遺伝子 / 遺伝的アルゴリズム / 二次構造 / シュードノット / 二次構造予測 / 自由エネルギー最小化 |
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| Research Abstract |
塩基対生成確率を利用して非翻訳RNA共通二次構造予測をペアワイズな配列比較に基づいて行う新しい独自アルゴリズム(Cofolga 2アルゴリズム)を、既に研究代表者が発表しているCofolgaアルゴリズムをベースに開発し、tRNA,5S rRNA、U5 spliceosomal RNA、グループ2イントロンの4種の非翻訳RNA種におけるペアワイズアライメントおよびマルチプルアライメントに適用した。また、開発したアルゴリズムの性能を従来手法と比較するために、StrAl、Foldalign、PMcomp、Dynaglin、ClustalW等の従来アルゴリズムとの比較を行った。二次構造予測の精度を評価する際に用いられるStructure Conservation Index(SCI)を指標として比較を行った結果、Cofolga 2の性能が従来手法の最高精度のものと同レベルであること、さらには従来手法と比較して高速な計算、少ないメモリ使用量での計算が可能であることが分かった。これらの成果については、第17回ゲノム情報に関する国際会議(2006年12月、パシフィコ横浜)および第5回アジア-環太平洋生命情報学国際会議(2007年1月、香港大学)において発表を行っている。さらに、非翻訳RNA予測に必須と言える「Z値によるRNA遺伝子予測」と「RNA構造クラスタリング」といった新機能のCofolga 2への実装に成功した。これらの新機能に関する成果は、今年7月ウィーンで開催される世界最大の生命情報学に関する国際会議ISMB/ECCB2007で発表する予定である。今回開発したCofolga 2アルゴリズムの詳細は単著論文として英語雑誌への投稿を現在準備中である。また、Cofolga 2による線虫および酵母ゲノムにおける非翻訳RNA予測の計算を現在継続中であり、C.elegansとC.briggsae間での保存配列とホヤ全DNA配列とのFASTAによる配列比較を終了し、Cofolga 2による予測を現在遂行中である。全染色体の予測が終了し次第、英語雑誌論文として発表する予定である。
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