| Project/Area Number |
17710167
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
基礎ゲノム科学
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
加藤 護 独立行政法人理化学研究所, 遺伝子多型情報解析研究チーム, 研究員 (40391916)
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| Project Period (FY) |
2005 – 2006
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2006)
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| Budget Amount *help |
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2005: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 転写制御 / マイクロアレイ / ウェブツール / 遺伝子ネットワーク / ゲノム |
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| Research Abstract |
本年度の目的は、DNA-タンパク相互作用データにタンパク-タンパク相互作用データを組合せ、転写上流の遺伝子ネットワークを解明するウェブツールの開発であり、今期、これを達成した。本ツールは以下の特徴を持つ。1.転写におけるシス遺伝子をネットワーク図のキーとし、それとつながる転写因子をDNA-タンパク相互作用データから得、さらにそれとつながる転写上流のタンパク質をタンパク-タンパク相互作用データから得、そのネットワークを図示する。2。転写上流のタンパク質に関し、タンパク複合体データも処理及び可視化が可能。3.マイクロアレイデータの結果と組合せ、遺伝子の絞り込みが可能。4.コンピュータに詳しくないユーザーでも扱えるグラフィカルなウェブツールであり、ステップ・バイ・ステップ方式で解析が可能。5.昨年度開発されたツールの出力結果を使い、シス遺伝子の上流配列における転写因子モチーフスコアを可視化する機能も備え、昨年度のツールと統合化。本ツールが持つこれらの特徴は、転写制御における遺伝子ネットワークを効率的に分析する事を可能にすると考えられる。
昨年度のツールと併せ、本プロジェクトで開発されたツールはhttp://emu.src.riken.jp/において、インターネットを通じて世界中に公開されており、誰でも無償で利用できる。また本年度、研究成果は国際学会The Biology of Genomes(Cold Spring Harbor, NY, USA), 20^<th>IUBMB and 11l^<th> FAOBMB Congress(Kyoto, Japan), GIW2006(Yokohama, Japan),APBC2007(Hong Kong, China)、及び国内学会日本分子生物学会2006において発表された。(開発されたツールに関する論文は投稿され、現在改訂中である。)
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