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肝胆道系癌細胞に特異的なmicroRNAの同定と発現プロファイル解析

Research Project

Project/Area Number 17790931
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Digestive surgery
Research InstitutionNippon Medical School

Principal Investigator

三嶋 拓也  日本医科大学, 大学院医学系研究科, ポストドクター (00398877)

Project Period (FY) 2005 – 2006
Project Status Completed (Fiscal Year 2006)
Budget Amount *help
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2006: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2005: ¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Keywords癌 / 胆管系悪性腫瘍 / 核酸 / ゲノム / microRNA / 外科 / microRNA cloning / microRNA real time PCR / microRNA microarray / 胆管細胞癌
Research Abstract

研究計画に基づき、胆管系悪性腫瘍由来の培養細胞株である「HuCCT1」「MEC」ならびに正常ヒト胆管上皮培養細胞株「HiBEpic」の計3細胞株よりmicroRNA (miRNA)クローニングを行い、各々より10,000個を超えるmiRNAクローンを取得した。得られたmiRNAクローンは、miRBASEデータベースを始めとした各種核酸データベースでのBLAST検索を行い、各々の細胞株でのmiRNA発現プロファイルを解析した。解析の結果、癌細胞、正常細胞に特異的と判断される約10種類のmiRNAが確認された。クローニング解析の結果から得られた癌・正常培養細胞における発現差を検証するために上記10種類のmiRNAに対し、real-time PCRでの検証を行い、全てにおいて同様な発現差が検証された。さらに得られた計36,000個のsmall RNAクローン中には、miRNAを含む、各種RNAデータベースと一致する配列でなく、genome DNA中には相同配列を持ち、2次構造予測上、miRNAの条件を満たすクローン、つまり新規miRNAが最低10種類は含まれていることが確認された。これらの結果は、投稿準備中である。
また今回の研究の中で、2度のPCRを行うことでmiRNAのクローニング効率を高めることが出来る独自のmiRNAクローニング手法を開発した。得られたsmall RNAクローン中に占めるmiRNAの比率は60〜80%と非常に高率である。我々独自のクローニング手法はBio View (2006)に発表された。また、新規miRNAのreal-time PCRでの発現確認を行うための予備実験として、独自に開発したプライマー、プローブデザイン手法をBrain Res (2006)に発表し、多くの成果を収めることができた。

Report

(2 results)
  • 2006 Annual Research Report
  • 2005 Annual Research Report
  • Research Products

    (2 results)

All 2006

All Journal Article (2 results)

  • [Journal Article] RT-PCR-based analysis of microRNA (miR-1 and -124) expression in mouse CNS2006

    • Author(s)
      Takuya Mishima
    • Journal Title

      Brain Res 1131・1

      Pages: 37-43

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] microRNAのプロファイリングを目的としたmicroRNA cloning2006

    • Author(s)
      Yutaka Kawahigashi
    • Journal Title

      Bio View 51

      Pages: 18-20

    • Related Report
      2006 Annual Research Report

URL: 

Published: 2005-04-01   Modified: 2016-04-21  

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