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Development of core collocation in garlic genetic resources through integrated omics analysis and its evaluation for functionality

Research Project

Project/Area Number 17H03766
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Horticultural science
Research InstitutionYamaguchi University

Principal Investigator

SHIGYO MASAYOSHI  山口大学, 大学院創成科学研究科, 教授 (40314827)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 澤田 有司  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 客員研究員 (00415176)
山田 朋宏  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 野菜花き研究部門, ユニット長 (50391412)
佐藤 修正  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (70370921)
小林 誠  山口大学, 大学院医学系研究科, 教授 (80225515)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥18,460,000 (Direct Cost: ¥14,200,000、Indirect Cost: ¥4,260,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2018: ¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2017: ¥7,150,000 (Direct Cost: ¥5,500,000、Indirect Cost: ¥1,650,000)
Keywordsニンニク / オミクス統合解析 / 遺伝資源 / コアコレクション / SNP / 園芸学 / 育種学 / ゲノム / 植物 / 農林水産物
Outline of Final Research Achievements

Our research via the use of unique genetic resources was carried out enable a holistic approach to profile the phytochemical composition as well as its related gene expression of alliums for functional material studies, through collaborative development of resources for metabolomics-high throughput chemical profiling by mass spectrometry, together with transcriptomics assay metadata by RNA-Seq. The metabolomics analysis of worldwide germplasm collection in garlic (Allium sativum L.) proved to be effective in evaluating its genetic diversity. Our main focus was to select useful food and/or medical materials amongst the mapping various genotypes and phenotypes. An omics approach could be utilized to characterize variation in these genetic stocks, developing capability and plant materials to support metabolomics-informed plant breeding studies.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

中央アジアに由来する稔性系統を含む,我々の研究グループが保有するニンニク遺伝資源は世界各地から収集した変異に富むものである.本研究の成果により,これらの遺伝資源は数々の有用変異を有するバイオリソースとしてニンニクの遺伝学や育種に広く利用でき,重要な研究用リソースと成り得ることが証明された.特に,メタボローム解析を通じて,将来的に健康食材や医薬原料となる系統が見出されており,農業生産分野に止まらず広くライフサイエンス分野への科学的貢献が見込める成果として今後の研究の進展が期待される.

Report

(4 results)
  • 2019 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2020 2019

All Presentation (6 results)

  • [Presentation] 抗酸化・抗炎症・自然免疫賦 活同時評価細胞試験によるネギ類野菜の機能性評価2020

    • Author(s)
      平田翔・吉岡恵理・ 牧野日名子・數村公子・ 執行正義
    • Organizer
      園芸学会令和2年度春季大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] オミクス統合解析によるニンニク遺伝資源・コアコレクシ ョンの構築とその機能性評価2019

    • Author(s)
      執行正義・平田翔・山田朋宏・佐藤修正・澤田有司・數村公子・小林誠
    • Organizer
      園芸学会令和元年度秋季大会テーマセッション 「オミクス統合解析によ るニンニク遺伝資源・ コアコレクションの構 築とその機能性評価」
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ニンニク遺伝資源における農業生産関連特性の評価2019

    • Author(s)
      平田翔・山田朋宏・藤戸聡史・執行正義
    • Organizer
      園芸学会令和元年度秋季大会テーマセッション 「オミクス統合解析によ るニンニク遺伝資源・ コアコレクションの構 築とその機能性評価」
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] トランスクリプトーム解析によるニンニク遺伝資源のSNP情報の収集・整理2019

    • Author(s)
      佐藤修正・平田翔・平川英樹・山田朋宏・執行正義
    • Organizer
      園芸学会令和元年度秋季大会テーマセッション 「オミクス統合解析によ るニンニク遺伝資源・ コアコレクションの構 築とその機能性評価」
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 超高感度メタボローム解析によるニンニク代謝物の網羅解析2019

    • Author(s)
      澤田有司・佐藤心郎・平田翔・向江拓也・山田 朋宏・平井優美・執行正義
    • Organizer
      園芸学会令和元年度秋季大会テーマセッション 「オミクス統合解析によ るニンニク遺伝資源・ コアコレクションの構 築とその機能性評価」
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 血管の異常収縮に対するニンニクの新規機能の発見2019

    • Author(s)
      小林誠・呂博超・張敏・路倩・李楠・平田翔・執行正義・張影・岸博子・森田知佳
    • Organizer
      園芸学会令和元年度秋季大会テーマセッション 「オミクス統合解析によ るニンニク遺伝資源・ コアコレクションの構 築とその機能性評価」
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2021-02-19  

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