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環境刺激に応答する液胞膜タンパク質の構造解析

Research Project

Project/Area Number 17J06203
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Plant molecular biology/Plant physiology
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

加藤 孝郁  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2018: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords構造生物学 / 植物 / 鉄イオンホメオスタシス / 液胞 / 金属イオン輸送体
Outline of Annual Research Achievements

全ての生物において、鉄イオンは様々な生命現象に関わる必須の補因子である。一方で、過剰な鉄イオンは細胞毒性を示すことが知られている。したがって、細胞内の鉄イオン濃度は厳密な制御を受けている。この制御は鉄イオンの空間的な隔離・貯蔵によって実行されている。植物細胞では、細胞小器官の液胞がこの役割を担うことが知られていた。液胞膜局在のトランスポーターVacuolar Iron Transporter 1(VIT1)は液胞内腔へと鉄イオンを輸送する因子として同定されたが、既知のトランスポーターと配列相同性を示さない事ため輸送機構や立体構造などを含む詳細な分子基盤は未知なままであった。本研究はVIT1の立体構造をX線結晶構造解析によって解明し、人工脂質小胞リポソームを用いたアッセイによりその分子基盤の解明を目指した。
幾つかのVIT1相同遺伝子から、ローズガム由来VIT1の全長構造を2つ、細胞質側に存在するドメイン構造を4つ、計6つの結晶構造を決定する事に成功した。VIT1は新規フォールドのトランスポーターであり、その構造は膜貫通ドメインと金属イオンが結合する細胞質ドメインによって構成されていた。膜貫通ドメインは親水性残基によって構成されたポケットがあり、結晶構造解析とリポソーム解析から基質金属イオンの通り道であることや輸送時にH+と共役する機構を解明した。H+との共役は液胞内外の環境に適するものである。また、細胞質ドメインは輸送基質を捕捉し、膜貫通ドメインによる輸送を補助する機構を解明した。
本研究によって、VIT1が植物細胞において効率的に金属イオンを獲得する分子基盤の解明に成功した。本研究はVIT1の詳細を解明した世界初の研究であり、現在この研究を基に更なるVIT1の研究が報告されつつある。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (7 results)

All 2019 2018 2017

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Crystal structure of the Agrobacterium tumefaciens type VI effector-immunity complex.2018

    • Author(s)
      Fukuhara S, Nakane T, Yamashita K, Ishii R, Ishitani R, Nureki O
    • Journal Title

      Acta Crystallogr. F Struct. Biol. Commun.

      Volume: 74 Issue: 3 Pages: 810-816

    • DOI

      10.1038/s41477-019-0367-2

    • Related Report
      2019 Annual Research Report 2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genetic analysis of the regulation of the voltage-gated calcium channel homolog Cch1 by the γ subunit homolog Ecm7 and cortical ER protein Scs2 in yeast2017

    • Author(s)
      Kato Takafumi、Kubo Aya、Nagayama Tatsuya、Kume Shinichiro、Tanaka Chikara、Nakayama Yoshitaka、Iida Kazuko、Iida Hidetoshi
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 12 Issue: 7 Pages: 1-17

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0181436

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT12019

    • Author(s)
      加藤孝郁
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia Membrane Proteins: from Physiology to Pharmacology
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT12019

    • Author(s)
      加藤孝郁
    • Organizer
      Gordon Research Conference  Mechanisms of Membrane Transport
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物の鉄トランスポーターVIT1の結晶構造2018

    • Author(s)
      加藤孝郁
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物の新規鉄イオントランスポーターVIT1の構造解析2018

    • Author(s)
      加藤孝郁
    • Organizer
      平成30年度日本結晶学会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物の鉄トランスポーターの結晶構造解析2017

    • Author(s)
      加藤 孝郁
    • Organizer
      生命科学系学会合同年次大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report

URL: 

Published: 2017-05-25   Modified: 2024-03-26  

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