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蛋白質の局所構造比較を起点とした立体構造予測の高度化

Research Project

Project/Area Number 17J06457
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Life / Health / Medical informatics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

中村 司  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2018: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords蛋白質 / 基質結合部位 / 蛋白質立体構造予測 / 多重配列アラインメント
Outline of Annual Research Achievements

本年は,二つの方面で研究の進展が見られた.
1. 2018年に開催された蛋白質立体構造予測実験(13th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction)に参加し,出題されたターゲットに対する立体構造予測を行った.この過程で立体構造予測に関する様々な知見を積み重ね,国際会議に参加し,今回我々が開発し用いた手法についても含め,議論を行った.
2. 蛋白質基質結合ポケットの大規模データを解析するために開発した手法を用いて,これまでに報告されている異なる蛋白質における同一基質結合ポケットの構造多様性と,開発手法での類似性の定義との間の関係について,前年度に引き続き,解析した.また,従来手法では発見困難であった,一部の同一基質結合ポケット間の類似性も同定可能である例について拡充した.加えて,過去の研究で報告されている基質のconformational diversity と,ポケット構造の関係性についても解析を行った.さらに,2018年に発表された新たなデータセットを用いて,既存の他手法との性能比較を行った.これは,全体構造が一定以上類似する蛋白質に由来する推定ポケット形状ペアが混ざらないように,よくキュレーションされたデータセットである.この性能評価を通して,新規手法の有用性を一層明らかにした.こうした成果を二つの国内学会と二つの国際学会で発表した.

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2019 2018 2017

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments2018

    • Author(s)
      Nakamura Tsukasa、Yamada Kazunori D、Tomii Kentaro、Katoh Kazutaka
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 印刷中 Issue: 14 Pages: 2490-2492

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bty121

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Template-based quaternary structure prediction of proteins using enhanced profile-profile alignments2017

    • Author(s)
      Nakamura Tsukasa、Oda Toshiyuki、Fukasawa Yoshinori、Tomii Kentaro
    • Journal Title

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      Volume: 86 Issue: S1 Pages: 274-282

    • DOI

      10.1002/prot.25432

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 蛋白質ポケット部位の大規模比較手法の性能調査2019

    • Author(s)
      中村司,富井健太郎
    • Organizer
      第19 回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] A novel method for large-scale structural comparison of protein pockets based on a reduced vector representation2018

    • Author(s)
      Nakamura T, Tomii K
    • Organizer
      The 13th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Performance improvement of the method for large-scale structural comparison of protein pockets2018

    • Author(s)
      Nakamura T, Tomii K
    • Organizer
      The 56th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Performance improvement of the method for large-scale structural comparison of protein pockets2018

    • Author(s)
      Nakamura T, Tomii K
    • Organizer
      The 17th European Conference on Computational Biology
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 蛋白質ポケット部位の大規模比較手法の性能改善2018

    • Author(s)
      中村司,富井健太郎
    • Organizer
      第18 回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質ポケット部位の大規模比較手法の性能改善2018

    • Author(s)
      中村司,富井健太郎
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質の二次構造予測に基づくMSAの精度評価2017

    • Author(s)
      中村司,山田和範,富井健太郎,加藤和貴
    • Organizer
      生命情報科学若手の会第9回研究会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Large-scale analysis of protein pockets using a fast and efficient comparison method with a reduced vector representation2017

    • Author(s)
      中村司,富井健太郎
    • Organizer
      第6回生命医薬情報学連合大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] A novel method for large-scale structural comparison of protein pockets using a reduced vector representation2017

    • Author(s)
      Nakamura T, Tomii K
    • Organizer
      The 25th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 16th European Conference on Computational Biology
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of protein pockets using a fast and efficient comparison method with a reduced vector representation2017

    • Author(s)
      Nakamura T, Tomii K
    • Organizer
      The 55th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質ポケット部位の大規模構造比較とその解析2017

    • Author(s)
      中村司,富井健太郎
    • Organizer
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report

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Published: 2017-05-25   Modified: 2024-03-26  

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