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非平衡非定常性に駆動される高分子重合過程の数理的研究

Research Project

Project/Area Number 17J07169
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biophysics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

松原 嘉哉  東京大学, 総合文化研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2018: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2017: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywords生命の起源 / 高分子重合 / エラーカタストロフ / 動的校正 / 非平衡駆動 / 複雑性
Outline of Annual Research Achievements

今年度は、昨年度予定していた、高分子重合過程が鋳型配列の進化則や変異に対する頑健性に与える影響について調査した。鋳型高分子の複製におけるエラーカタストロフを防ぐことは、生命の起源研究の最大の問題意識であった。Eigenによって議論されているように、指数関数的に複製する高分子系はエラーカタストロフを避けることができない。そこで、今年度は、重合過程のモデルにおいて、そのエラーカタストロフ問題を考えた。モデルでは、鋳型高分子と基質高分子の複合体形成と乖離を考える。基質高分子は複合体を作っているときに、単量体との重合反応が進行するとする。単量体として2種類を考え、間違った単量体が重合するエラーが起こるとする。ある鋳型配列の情報が正しいマスター配列であると仮定したとき、その配列情報は選択の結果として維持されるか否かがここでの問題である。まず、高分子重合過程のパラメータに依存して、鋳型高分子がsuper-exponentialで成長する場合と、sub-exponentialで成長する領域があることが分かった。また、鋳型分子の配列は長いほど、マスター配列の全配列中の割合が選択の結果として高く保たれ、エラーに対する高い頑健性を示すことが分かった。これは配列が長いほど、エラーカタストロフの起きるエラー率の閾値が小さいEigenのモデルとは対照的である。このように、高分子重合モデルでエラーカタストロフを防げるのは、Hopfieldのモデルに類似した動的校正機構が働くためである。また、鋳型分子複製の正確さと速度にトレードオフ関係があることを明らかにした。上記の結果は現在論文としてまとめている。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2019 2018 2017

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Kinetic selection of template polymer with complex sequences2018

    • Author(s)
      Y. J. Matsubara and K. Kaneko
    • Journal Title

      Phys. Rev. Lett.

      Volume: 121 Issue: 11 Pages: 118101-118101

    • DOI

      10.1103/physrevlett.121.118101

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Kinetic Selection of Template Polymer with Complex Sequences2019

    • Author(s)
      Yoshiya Matsubara, Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      Seventh Annual Winter Q-bio
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 重合過程が鋳型高分子の進化に及ぼす影響2018

    • Author(s)
      松原嘉哉, 竹内信人, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会2018秋季大会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Kinetic Selection of Template Polymer with Complex Sequences2018

    • Author(s)
      Yoshiya Matsubara, Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      International conference on APEF 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Conditions for selecting complex sequences in self-replicating template polymer system2018

    • Author(s)
      Yoshiya Matsubara
    • Organizer
      Les Houches school “Evolution of Diversity”
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 鋳型複製高分子系における機能分化2018

    • Author(s)
      松原嘉哉, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Optimal Size for Emergence of Self-Replicating Polymer System2017

    • Author(s)
      Yoshiya J. Matsubara, Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      The XVIIIth International Conference on the Origin of Life
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 自己複製する鋳型高分子系において複雑な配列が選択される条件2017

    • Author(s)
      松原嘉哉, 金子邦彦
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited

URL: 

Published: 2017-05-25   Modified: 2024-03-26  

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