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ペプチドループ配座と配位結合を利用したウイルス状巨大有限集合体の構築

Research Project

Project/Area Number 17J07449
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Functional solid state chemistry
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

山上 樹也  東京大学, 工学系研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2019: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2018: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2017: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywordsペプチド / βシート / βバレル / 自己組織化 / 自己集合 / フォールディング / X線回折 / 配位結合
Outline of Annual Research Achievements

平成31年度には人工βバレル構造の構築を単結晶X線構造解析によって明らかにしたが、種々の溶媒への溶解性が著しく低く、その溶液構造の解析には至らなかった。これは、細胞膜中に存在する天然のβバレルタンパク質と同様の挙動であった。そこで、令和元年度は、人口βバレル構造の有機溶媒への可溶化を目指した。
まずは、前年度から引き続き、核磁気共鳴分光法(NMR)によって溶液構造を検証することとした。人工βバレル構造を構成するオクタペプチド配位子にジエチレングリコール鎖を1あるいは2つ導入することで、バレル構造を可溶化できることを見出した。このβバレル構造は、クロロホルム/アルコールという比較的低極性の有機溶媒に可溶であり、溶液中でのNMR測定によって構造解析を行うことができた。
NMR測定の結果、可溶化したβバレル構造は、溶液中で2種類の構造の混合物として存在していることが明らかとなった。また、これら2つの構造間で、可逆的に構造変換していることも明らかとなった。さらに、2つのバレル構造の組成は、それぞれ6本及び8本のペプチド配位子から構成されるβバレル構造であることを単結晶X線構造解析によって明らかにした。
一般にβバレルタンパク質の溶液構造をNMR及び単結晶X線構造解析法を用いて解明することは困難であり、今回、2つのバレル構造間での構造変換という動的挙動を解明することは、化学的のみならず、生物学的にも極めて重要な知見といえる。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2020 2019 2018 2017

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results)

  • [Journal Article] Synthetic β-Barrel by Metal-Induced Folding and Assembly2018

    • Author(s)
      Yamagami Motoya、Sawada Tomohisa、Fujita Makoto
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 140 Issue: 28 Pages: 8644-8647

    • DOI

      10.1021/jacs.8b04284

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Porous Peptide Complexes by a Folding-and-Assembly Strategy2017

    • Author(s)
      Tomohisa Sawada, Motoya Yamagami, Shuji Akinaga, Tatsuki Miyaji, Makoto Fujita
    • Journal Title

      Chem. Asian J.

      Volume: 12 Issue: 14 Pages: 1715-1718

    • DOI

      10.1002/asia.201700458

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Self-Assembly of a Peptide [2]Catenane through Ω-Loop Folding2017

    • Author(s)
      Tomohisa Sawada, Yuuki Inomata, Motoya Yamagami, Makoto Fujita
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 46 Issue: 8 Pages: 1119-1121

    • DOI

      10.1246/cl.170438

    • NAID

      130005906942

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 短鎖ペプチドの配位駆動自己集合による動的βバレル構造2020

    • Author(s)
      山上 樹也・澤田 知久・藤田 誠
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 配位結合を用いた人工βバレルの構築と機能化2019

    • Author(s)
      山上 樹也・澤田 知久・藤田 誠
    • Organizer
      第13 回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工βバレル構造の機能化とその構造解析2019

    • Author(s)
      山上 樹也、澤田 知久、藤田 誠
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] A synthetic β-barrel made of zinc and a short peptide2018

    • Author(s)
      Motoya Yamagami, Tomohisa Sawada, Makoto Fujita
    • Organizer
      43rd International Conference on Coordination Chemistry (ICCC 2018)
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] β-Barrel construction by metal-directed folding and assembly2018

    • Author(s)
      Motoya Yamagami, Tomohisa Sawada, Makoto Fujita
    • Organizer
      6th Symposium on Foldamers 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A Synthetic β-barrel through metal-directed folding-and-assembly2018

    • Author(s)
      Motoya Yamagami, Tomohisa Sawada, Makoto Fujita
    • Organizer
      The 6th International Symposium on Dynamic Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 配位駆動自己集合による人工βバレル構造の構築2018

    • Author(s)
      山上 樹也・澤田 知久・藤田 誠
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] きわめて複雑な絡まりをもつペプチド[4]カテナンの合成2017

    • Author(s)
      山上 樹也・猪俣祐貴・澤田 知久・藤田 誠
    • Organizer
      第15回ホスト-ゲスト・超分子化学シンポジウム
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Porous peptide coordination networks through folding and assembly2017

    • Author(s)
      Motoya Yamagami, Tomohisa Sawada, Shuji Akinaga, Tatsuki Miyaji, Makoto Fujita,
    • Organizer
      12th International Symposium on Macrocyclic and Supramolecular Chemistry (ISMSC) in conjunction with ISACS: Challenges in Organic Materials & Supramolecular Chemistry
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2017-05-25   Modified: 2024-03-26  

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