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反応経路解析を応用した超解像イメージングプローブ開発法の確立

Research Project

Project/Area Number 17J10083
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Physical pharmacy
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

橘 椋  東京大学, 薬学系研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2018: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords超解像イメージング / 量子化学計算 / 蛍光プローブ / 量子計算化学 / 反応速度論 / 反応経路解析 / 計算化学 / 分子設計
Outline of Annual Research Achievements

本年度では、まず初めに昨年度で確立したHMR類の分子内環化反応速度の予測法の適用範囲を広げるべく、さらなる理論的考察を行った。昨年度までに考案していた方法では、スピロ環化反応を担う求核性官能基としてhydroxymethyl基を有するものしか計算を行うことはできなかった。そこで、この方法を元にaminoxymethyl基を有する誘導体群にも適用できるようにモデルの拡張を行い、正確な自由エネルギー計算を実現する溶媒効果の見積もり等の条件を最適化した。さらに昨年度に報告した黄色蛍光を有する新規超解像イメージングプローブについて合成及びタグタンパク質へのラベル化を用いた生細胞超解像イメージングに成功し、タンパク質への結合のさせ方の違い(タグリガンドの伸長方向・位置への依存性など)についても興味深い知見を得た。
これらと並行して、量子化学計算プログラムであるGaussian09を効率的に運用するためのpythonプログラムを開発し、発展的な解析を行った。一つ目に、計算法における水和配置の蓋然性検証のため、色素周辺の溶媒水分子の作用をランダムモンテカルロ法により最大化するプログラムを開発し、これをもって昨年度までに開発してきた方法が計算方法の制約の下で最適な方法であることを示した。二つ目に、算出された自由エネルギーの導出過程を詳しく要素分解し、化合物の誘導体化によるスピロ環化特性への影響が大きい位置を判断するプログラムを開発した。これを用いて、これまで誘導体化の例が少なかった置換位置の効果を見積もり、実際に合成して一致を見ることによってこれまで知られてこなかった分子設計戦略の発見に繋げた。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2019 2018 2017

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Establishment of Molecular Design Strategy To Obtain Activatable Fluorescent Probes for Carboxypeptidases2018

    • Author(s)
      Kuriki Yugo、Kamiya Mako、Kubo Hidemasa、Komatsu Toru、Ueno Tasuku、Tachibana Ryo、Hayashi Kento、Hanaoka Kenjiro、Yamashita Suguru、Ishizawa Takeaki、Kokudo Norihiro、Urano Yasuteru
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 140 Issue: 5 Pages: 1767-1773

    • DOI

      10.1021/jacs.7b11014

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 量子化学計算を応用した超解像イメージングプローブの精密設計法の開発2019

    • Author(s)
      ○橘椋, 神谷真子, 鈴木聡, 諸熊奎治, 吉原利忠, 飛田成史, 浦野泰照
    • Organizer
      科研費新学術Resonance Bio 全体会議2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 計算化学を駆使した蛍光プローブ及び酵素活性の理論的設計法の開発2019

    • Author(s)
      ○橘椋, 神谷真子, 吉原利忠, 飛田成史, 浦野泰照
    • Organizer
      第51回若手ペプチド夏の勉強会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Hydroxymethyl Rhodamine類の分子内反応を応用した非経験的蛍光プローブ設計法の開発2018

    • Author(s)
      ○橘椋, 神谷真子, 鈴木聡, 諸熊奎治, 浦野泰照
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第13回年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 量子化学計算を活用した非経験的分子設計法の開発2018

    • Author(s)
      ○橘椋, 神谷真子, 鈴木聡, 諸熊奎治, 浦野泰照
    • Organizer
      第50回若手ぺプチド夏の勉強会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Non-empirical Design of Spontaneously Blinking Fluorophores for Super-resolution Imaging2018

    • Author(s)
      ○Ryo Tachibana, Mako Kamiya, Toshitada Yoshihara, Seiji Tobita, Yasuteru Urano
    • Organizer
      ”Resonance Bio” International Joint Meeting on Bioimaging for Young Researchers
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 溶媒としての水分子を考慮した量子化学計算に基づく新規蛍光プローブの開発2017

    • Author(s)
      橘椋、神谷真子、鈴木聡、諸熊奎治、浦野泰照
    • Organizer
      第30回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Calculation of intramolecular Reaction of Hydroxymethyl Rhodamine Derivatives for Development of Fluorescent Probes Based on Computational Chemistry2017

    • Author(s)
      橘椋、神谷真子、鈴木聡、諸熊奎治、浦野泰照
    • Organizer
      CBI学会2017年大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] ペプチダーゼ活性検出用赤色蛍光プローブ2018

    • Inventor(s)
      浦野泰照、神谷真子、橘 椋
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人 東京大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2018
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Overseas

URL: 

Published: 2017-05-25   Modified: 2024-03-26  

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