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Elucidation of the Mechanism of a Ciliate Swimming: Near a Wall and Under Shear Flow

Research Project

Project/Area Number 17J10331
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Fluid engineering
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

大村 拓也  京都大学, 理学研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Fiscal Year 2018: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords生物流体力学 / 微生物遊泳 / 繊毛虫 / せん断流れ / 走流性 / 数値計算 / メカノセンシング / 低レイノルズ / 動物行動学 / 固液境界
Outline of Annual Research Achievements

本年度はまず、前年度に報告者らが明らかにした繊毛虫のスライド運動モデルの一般性を検証した。繊毛虫テトラヒメナ(Tetrahymena pyriformis)の場合、スライド運動は繊毛打による推進力の非対称性、細胞形状の楕円体アスペクト比から説明可能であった。そこで、テトラヒメナよりもアスペクト比の大きい繊毛虫ゾウリムシ(Paramecium caudatum)のスライド運動を観測し、細胞周りの流れ場計測から推進力の非対称性を確認した。さらに数値計算で推進力非対称性と形状アスペクト比を軸としたスライド運動の相図を作成したところ、ゾウリムシのスライド運動のパラメータも本モデルの適用範囲内であることが明らかになった。
次に、せん断流れ下における繊毛虫遊泳運動を調べた。繊毛虫は自然界で安定した生活環境に留まって生存効率を上げるため、外部流れに逆らって泳ぐ性質、正の走流性を持つが、そのメカニズムは明らかになっていない。報告者らはT. pyriformisの走流性に対し、マイクロ流路内と圧力制御ポンプを用いてせん断流れを制御した実験を実施した。結果、細胞はあるせん断力以下で正の走流性を示し、壁面付近を流れに逆らってスライド運動していることを確認した。前述の繊毛虫スライド運動モデルにせん断流れを与えて遊泳運動を計算したところ、実験結果と同様の壁面上を流れに逆らうスライド運動を再現できた。走流性を示すせん断力の閾値も実験と計算でよく一致し、繊毛虫の正の走流性もスライド運動に必要な推進力非対称性、細胞の形状だけで説明可能であることを示した。
また、本年度はドイツのマックスプランク陸生微生物学研究所に長期滞在し、研究活動を行った。本研究計画を実施することで身に着けた流体工学の知見と微生物を扱う実験・画像解析技術を生かし、せん断流れ下におけるバクテリアの定量実験を実施した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2019 2018 2017 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] 博士論文紹介「実験と数値計算からアプローチする遊泳微生物の行動」2019

    • Author(s)
      大村拓也
    • Journal Title

      会誌 "アンサンブル"

      Volume: 21.1 Pages: 67-71

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Journal Article] Influence of cellular shape on sliding behavior of ciliates2018

    • Author(s)
      Nishigami Yukinori、Ohmura Takuya、Taniguchi Atsushi、Nonaka Shigenori、Manabe Junichi、Ishikawa Takuji、Ichikawa Masatoshi
    • Journal Title

      Communicative & Integrative Biology

      Volume: 11 Issue: 4 Pages: e1506666-e1506666

    • DOI

      10.1080/19420889.2018.1506666

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Simple mechanosense and response of cilia motion reveal the intrinsic habits of ciliates2018

    • Author(s)
      Ohmura Takuya, Nishigami Yukinori, Taniguchi Atsushi, Nonaka Shigenori, Manabe Junichi, Ishikawa Takuji, Ichikawa Masatoshi
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 115 Issue: 13 Pages: 3231-3236

    • DOI

      10.1073/pnas.1718294115

    • NAID

      120006416185

    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 遊泳繊毛虫の走流性2019

    • Author(s)
      大村拓也, 西上幸範, 市川正敏
    • Organizer
      日本物理学会 第74回年次大会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 物理理論からアプローチする微生物の行動メカニズム2018

    • Author(s)
      大村拓也
    • Organizer
      第6回ヨーロッパ若手日本人研究者交流会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Physical Mechanism behind Sliding Behavior of the Ciliate2018

    • Author(s)
      Takuya Ohmura, Yukinori Nishigami, Masatoshi Ichikawa
    • Organizer
      Physical approaches to understanding microbial life
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Swimming behavior of ciliates in microfluidic flow2018

    • Author(s)
      T. Ohmura
    • Organizer
      アクティブマター研究会2018
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Simple Mechano-Sense and Response of Cilia Motion Reveal the Intrinsic Habits of Ciliates2018

    • Author(s)
      大村拓也
    • Organizer
      若手研究会「統計物理学とその周辺」
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Anomalous swimming of a ciliary microorganism adjacent to a wall2018

    • Author(s)
      T. Ohmura, Y. Nishigami, J. Manabe, T. Ishikawa, M. Ichikawa
    • Organizer
      APS March Meeting 2018
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 実験結果を導入した境界面付近における微生物遊泳への解析的アプローチ2018

    • Author(s)
      大村拓也
    • Organizer
      日本物理学会 第73回年次大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] A ciliate swimming near a wall2017

    • Author(s)
      T. Ohmura, Y. Nishigami, J. Manabe, T. Ishikawa, M. Ichikawa
    • Organizer
      第4回領域研究会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 壁面付近における繊毛虫遊泳の実験と境界要素法を用いた数値計算2017

    • Author(s)
      大村拓也, 西上幸範, 眞鍋準一, 石川拓司, 市川正敏
    • Organizer
      日本流体力学会 年会2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Swimming behavior of a ciliate near a wall2017

    • Author(s)
      大村拓也, 市川正敏
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] せん断流れ下における繊毛虫遊泳運動2017

    • Author(s)
      大村拓也, 西上幸範, 市川正敏
    • Organizer
      日本物理学会 2017年秋季大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 流体力学から迫る繊毛虫遊泳運動2017

    • Author(s)
      大村拓也
    • Organizer
      時空間秩序・生命物理研究会2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 微生物の行動に対する力学的アプローチ:壁面付近における繊毛虫遊泳2017

    • Author(s)
      大村拓也, 西上幸範, 市川正敏, 眞鍋準一, 石川拓司
    • Organizer
      第7回ソフトマター研究会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 流体力学から解き明かす微生物のふるまい:繊毛虫遊泳運動2017

    • Author(s)
      大村拓也, 西上幸範, 市川正敏, 眞鍋準一, 石川拓司
    • Organizer
      生物流体力学における基礎問題と応用問題
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] Swimming Behavior of Neutral Squirmer against Non-Slip Boundary2017

    • Author(s)
      T. Ohmura, Y. Nishigami, J. Manabe, T. Ishikawa, M. Ichikawa
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2017
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] Simple Organisms. Complex Behaviors.

    • URL

      https://www.youtube.com/watch?v=TfPRf_zdctw&t=16s

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Remarks] プレスリリース:簡単な物理モデルで解き明かす微生物の生存戦略

    • URL

      http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/180312_1.html

    • Related Report
      2017 Annual Research Report

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Published: 2017-05-25   Modified: 2024-03-26  

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