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海洋性ビブリオ菌べん毛モーター回転子の構造変化の解明

Research Project

Project/Area Number 17J11237
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biophysics
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

錦野 達郎  名古屋大学, 理学研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2017-04-26 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2018: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords細菌べん毛モーター / エネルギー変換 / 回転子 / 固定子 / 固定子回転子間相互作用 / 構造解析 / Cryo electron tomography / 核磁気共鳴法 / べん毛モーター / 回転方向制御 / FliG / NMR / クライオトモグラム / 海洋性ビブリオ菌
Outline of Annual Research Achievements

バクテリアの運動器官であるべん毛は時計回り(CW)と反時計回り(CCW)の両方向に回転することができるモーターである。その回転は、回転子中のC-ringと固定子と呼ばれるタンパク質複合体の相互作用により、細胞膜内外の電気化学ポテンシャルを運動エネルギーに変換することで生じる。C-ringは、3種類のタンパク質[FliG, FliM, FliN]からなり、固定子はNa+イオンチャネルとして働き2種類の膜タンパク質「PomA, PomB」からなる。この中で、FliGは、PomAとの相互作用によるエネルギー変換と、自身の構造変化による回転方向の制御を担っている。しかし、この相互作用や構造変化の詳細は明らかとなっていない。申請者は、CWまたはCCW状態での回転子の構造を比較することで、モーターのエネルギー変換の仕組みを解明するべく、これまでに電子線トモグラフィー法(Cryo-ET)と核磁気共鳴法(NMR)による構造解析を進めてきた。
Cryo-ETでは、米国Yale大学所属のLiu博士のグループと共同研究を進め、得られていた構造情報を基にC-ringの密度マップを作製し、FliG, FliM, FliNの構造を当てはめた。CWとCCWでC-ringの傾きや各分子の配置が異なることが示唆された。この内容を論文にまとめ、現在査読中である。
NMRでは、高圧条件下でのFliGmc断片の解析を行った。圧力に依存した構造変化がみられ、その残基の特定を進めている。
最終年度は、固定子の振る舞いを明らかにするべく、解析を行った。機能解析や精製条件の検討からPomAのFliGとの相互作用領域がNa+依存的に構造変化すること、PomBのPlug領域がPomAとPomBの相互作用を変化させることでチャネルの開閉を制御することを明らかにした。各内容は論文にまとめ、J.Biochemに投稿し受理された。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (32 results)

All 2020 2019 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 3 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] Department of Microbial Pathogenesis/Yale University School of Medicine(米国)

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  • [Int'l Joint Research] Yale Univ./West Campus Advanced Biosciences Center(米国)

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  • [Journal Article] Characterization of PomA periplasmic loop and sodium ion entering in stator complex of sodium-driven flagellar motor2019

    • Author(s)
      Nishikino Tatsuro、Iwatsuki Hiroto、Mino Taira、Kojima Seiji、Homma Michio
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 167 Issue: 4 Pages: 389-398

    • DOI

      10.1093/jb/mvz102

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      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In Situ Structure of the Vibrio Polar Flagellum Reveals a Distinct Outer Membrane Complex and Its Specific Interaction with the Stator2019

    • Author(s)
      Zhu Shiwei、Nishikino Tatsuro、Takekawa Norihiro、Terashima Hiroyuki、Kojima Seiji、Imada Katsumi、Homma Michio、Liu Jun
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 202 Issue: 4

    • DOI

      10.1128/jb.00592-19

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      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Effect of sodium ions on conformations of the cytoplasmic loop of the PomA stator protein of Vibrio alginolyticus2019

    • Author(s)
      Mino Taira、Nishikino Tatsuro、Iwatsuki Hiroto、Kojima Seiji、Homma Michio
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 166 Issue: 4 Pages: 331-341

    • DOI

      10.1093/jb/mvz040

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      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rotational direction of flagellar motor from the conformation of FliG middle domain in marine Vibrio.2018

    • Author(s)
      Nishikino T, Hijikata A, Miyanoiri Y, Onoue Y, Kojima S, Shirai T, Homma M.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Issue: 1 Pages: 17793-17793

    • DOI

      10.1038/s41598-018-35902-6

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      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Vibrio H-ring facilitates the outer membrane penetration of polar-sheathed flagellum.2018

    • Author(s)
      Zhu S, Nishikino T, Kojima S, Homma M, Liu J.
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 200 Issue: 21

    • DOI

      10.1128/jb.00387-18

    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The role of conserved charged residues in the bidirectional rotation of the bacterial flagellar motor2018

    • Author(s)
      Yasuhiro Onoue, Norihiro Takekawa, Tatsuro Nishikino, Seiji Kojima, Michio Homma
    • Journal Title

      Microbiologyopen

      Volume: 24 Issue: 4

    • DOI

      10.1002/mbo3.587

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      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular architecture of the sheathed polar flagellum in Vibrio alginolyticus2017

    • Author(s)
      Zhu Shiwei、Nishikino Tatsuro、Hu Bo、Kojima Seiji、Homma Michio、Liu Jun
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 114(41) Issue: 41 Pages: 12489-12489

    • DOI

      10.1073/pnas.1712489114

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural change of PomAB stator complex induced by Na+ flux in Vibrio flagellar motor2020

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Hiroto Iwatsuki, Taira Mino, Seiji Kojima, Michio Homma
    • Organizer
      第93回日本細菌学会総会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 高圧条件下におけるビブリオ菌べん毛モータータンパク質FliGの構造変化の解析2020

    • Author(s)
      錦野達郎、宮ノ入洋平、小嶋誠司、本間道夫
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      第7回将来を見据えた生体分子の構造・機能解析から分子設計に関する研究会
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  • [Presentation] 海洋性ビブリオ菌固定子タンパク質PomBのプラグ領域によるイオン透過と固定子複合体形成の制御2019

    • Author(s)
      錦野達郎、岩月啓人、小嶋誠司、本間道夫
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第45回討論会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Tatsuro Nishikino, Hiroto Iwatsuki, Taira Mino, Destabilization of the complex formation allows high Na+ conduction in the PomAB flagellar stator complex2019

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Hiroto Iwatsuki, Taira Mino, Seiji Kojima, Michio Homma
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] べん毛の回転が時計回りに偏るビブリオFliG-G215A変異で生じる構造変化の高圧NMRによる解析2019

    • Author(s)
      錦野達郎、宮ノ入洋平、小嶋誠司、本間道夫
    • Organizer
      第20回若手NMR研究会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 海洋性ビブリオ菌固定子複合体の Na+イオン透過における PomAと PomBの相互作用の変化の役割2019

    • Author(s)
      錦野達郎、岩月啓人、三野平、小嶋誠司、本間道夫
    • Organizer
      日本生化学会中部支部第83回例会・シンポジウム
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural analysis of the switching mutants in FliG of marine Vibrio by NMR and Cryo-ET2019

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Yohei Miyanoiri, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Jun Liu, Michio Homma
    • Organizer
      第92回細菌学会総会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] tructural analysis of the switching mutants in FliG of marine Vibrio by NMR and Cryo-ET,2019

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Yohei Miyanoiri, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Jun Liu
    • Organizer
      第92回日本細菌学会総会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] プラグを欠失した海洋性ビブリオ菌固定子PomAB複合体の精製条件の検討と解析2019

    • Author(s)
      錦野達郎、岩月啓人、三野平、小嶋誠司、本間道夫
    • Organizer
      H30日本生物物理学会中部支部講演会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 電子顕微鏡クライオトモグラム法と核磁気共鳴法によるべん毛回転子FliGの回転方向変異の構造解析2019

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Yohei Miyanoiri, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Jun Liu, Michio Homma
    • Organizer
      第6回将来を見据えた生体分子の構造・機能解析から分子設計に関する研究会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] H-ring, external flagellar component in marine ring, Vibrio helps penetration of sheathed flagella to outer-membrane.2018

    • Author(s)
      atsuro Nishikino, Shiwei Zhu, Seiji Kojima, Michio Homma, Jun Liu
    • Organizer
      The 11th K. H. Kuo Summer Scholl of Electron Microscopy & Crystallography 2018 Kuo Symposium on 3D-EM of Macromolecules and Cells,
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      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] NMR法とCryo-ET法を用いたビブリオ菌べん毛モーター回転子FliGのGly-Glyリンカー回転方向変異体の構造解析2018

    • Author(s)
      錦野達郎, 宮ノ入洋平, Zhu Shiwei, 小嶋誠司, Liu Jun, 本間道夫
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第44回討論会
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 海洋性ビブリオ菌べん毛モーター回転方向制御におけるFliG Gly-Glyf lexible linkerの役割2018

    • Author(s)
      錦野達郎, 宮ノ入洋平, 小嶋誠司, 本間道夫
    • Organizer
      第82回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
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      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural insights into the middle domain of rotor protein FliG that regulates rotational direction of Vibrio flagellar motor2018

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yohei Miyanoiri, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, Michio Homma
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      Sensory Transduction in Microorganisms Gordon Research Conference Sensing and Signaling: From Single Molecules to Host-Microbe Interactions
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      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ビブリオ菌べん毛モータータンパク質FliG変異が回転方向制御に与える構造的影響2018

    • Author(s)
      錦野達郎, 土方敦司, 宮ノ入洋平, 尾上靖宏, 小嶋誠司, 白井剛, 本間道夫
    • Organizer
      平成29年度 生物物理学会中部支部 講演会
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      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] NMR and MD simulation analysis for switching mutants of flagellar rotor protein FliG in Vibrio2018

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yohei Miyanoiri, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, Michio Homma
    • Organizer
      第91回日本細菌学会総会
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      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] 海洋性ビブリオ菌べん毛モーター回転方向制御におけるFliG変異E144Dの解析2017

    • Author(s)
      錦野達郎,土方敦司,尾上靖宏, 小嶋誠司, 白井剛, 本間道夫
    • Organizer
      第81回 日本生化学会 中部支部例会
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      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] E144D mutation on the rotor protein FliG affects the frequency of rotational switching in the flagellar motor of marine Vibrio2017

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, and Michio Homma
    • Organizer
      運動超分子が織りなす調和と多様性
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      2017 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 海洋性ビブリオ菌回転子タンパク質FliGのMiddle-domain変異が 回転方向制御に与える影響の解析2017

    • Author(s)
      錦野達郎, 土方敦司, 尾上靖宏, 小嶋誠司, 宮ノ入洋平,白井剛, 本間道夫
    • Organizer
      第54回 日本細菌学会中部支部総会
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  • [Presentation] Mutations in M-domain of rotor protein FliG affects the determination of the rotational direction of flagellar motor in marine Vibrio2017

    • Author(s)
      Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Yohei Miyanoiri, Yasuhiro Onoue, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, and Michio Homma
    • Organizer
      ASM Conference on Vibrio2017: The Biology of Vibrios
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  • [Remarks] 海洋性ビブリオ菌固定子PomAの細胞質領域におけるナトリウム依存的構造動態解析

    • URL

      http://www.bio.nagoya-u.ac.jp/paper/2019-34/04.html

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  • [Remarks] 鞘に囲まれたビブリオ菌極べん毛の外膜貫通を促進するHリングの役割

    • URL

      http://www.bio.nagoya-u.ac.jp/paper/2018-32/12.html

    • Related Report
      2018 Annual Research Report

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Published: 2017-05-25   Modified: 2024-03-26  

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