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Exhaustive analysis for substrate recognition mechanisms of the carbohydrate binding module proteins

Research Project

Project/Area Number 17K00409
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Life / Health / Medical informatics
Research InstitutionUniversity of Miyazaki

Principal Investigator

Yui Toshifumi  宮崎大学, 工学部, 教授 (50230610)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宇都 卓也  宮崎大学, キャリアマネジメント推進機構, 助教 (60749084)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2019: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2018: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywordsセルロース / キチン / セルラーゼ / キチナーゼ / ドッキングシミュレーション / 分子シミュレーション / 糖結合モジュール(CBM) / 糖結合モジュール / 操舵分子動力学法 / 糖鎖基質認識 / 糖結合モジュールタンパク質
Outline of Final Research Achievements

Cellulose and chitin, a primary components of plant cell walls and the exoskeletons of arthropods, respectively, are the most abundant biomass present on Earth. The present study has focused on carbohydrate biding module proteins which bind to and recognize specifically the biomass materials, and has aimed to reveal the mechanisms of the substrate recognition with atomistic details by using molecular simulation method. It was suggested that the CBM of cellobiohydrolase recognizes the specific positions of the cellulose crystal surface. The CBM of chitinase, also recognizing the topology of chitin chain, binds the chain to its surface with the specific direction. Similar biding feature is observed in the chitin biding peptide, Hevein.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

セルラーゼによる不溶性セルロース基質の酵素分解は、Michaelis-Mente理論モデルが適用できない不均一系の反応であり、酵素反応速度論的に多くの点で不明である。CBMによる基質認識が酵素反応の律速段階であるならば、本研究成果が、新たな酵素反応速度理論の構築に貢献する点できわめて学術性が高い。応用面からの社会的な意義として、セルロースに代表されるバイオマス資源を有効利用するうえでCBMに対する理解は、高効率酵素的分解技術を改良・向上させるための基盤知識を提供しうる。

Report

(4 results)
  • 2019 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2020 2019 2018 2017

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Docking and Molecular Dynamics Study of the Carbohydrate Binding Module from Trichoderma reesei Cel7A on the Surfaces of the Cellulose III1 Crystal2020

    • Author(s)
      Toshifumi Yui, Takuya Uto
    • Journal Title

      Journal of Renewable Materials

      Volume: - Issue: 8 Pages: 863-878

    • DOI

      10.32604/jrm.2020.010830

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] キチン結合性タンパク質ヘベインによる糖鎖認識2019

    • Author(s)
      岡田 美沙希、高橋 さくら、宇都卓也、湯井 敏文
    • Organizer
      第56回化学関連支部合同九州大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ニワトリ卵白リゾチームの糖加水分解反応シミュレーション2019

    • Author(s)
      三谷 亮樹、宇都 卓也、湯井 敏文
    • Organizer
      第56回化学関連支部合同九州大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] キチン結合性タンパク質ヘベインによる糖鎖認識2019

    • Author(s)
      岡田 美沙希、高橋さくら、宇都卓也、湯井 敏文
    • Organizer
      セルロース学会第26回年次大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Carbohydrate recognition by chitin binding proteins: a molecular dynamics study2018

    • Author(s)
      T. Yui, R. Otoshi, T. Uto
    • Organizer
      14th International Chitin and Chitosan Conference
    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細菌由来キチナーゼのキチン結合モジュール表面における糖鎖吸着2017

    • Author(s)
      落 亮太、湯井 敏文
    • Organizer
      セルロース学会第24回年次大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 微生物由来エクスパンシンによる基質認識2017

    • Author(s)
      大西 孝尚、湯井 敏文
    • Organizer
      第54回化学関連支部合同九州大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 細菌由来キチナーゼのキチン結合モジュール表面における糖鎖ドッキング解析2017

    • Author(s)
      落 亮太、湯井 敏文
    • Organizer
      第54回化学関連支部合同九州大会
    • Related Report
      2017 Research-status Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2021-02-19  

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