The conservation and landscape genetics of tidal marshes after the Great Tohoku Earthquake

• Project/Area Number: 17K00644
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Environmental and ecological symbiosis
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 大林 夏湖 東京大学, 大学院総合文化研究科, 特任研究員 (20448202)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 程木 義邦 京都大学, 生態学研究センター, 特定准教授 (60632122)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2019-03-31
• Project Status: Discontinued (Fiscal Year 2018)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2019: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000); Fiscal Year 2018: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2017: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
• Keywords: 保全遺伝学 / 東日本大震災 / 塩生湿地植物 / オオクグ / SSR解析 / 集団遺伝構造

Outline of Annual Research Achievements

平成30年度は昨年度採集した標本サンプル整理、DNA抽出のための下処理を行った。またOhbayashi et al (2008, 2017)のオオクグ7遺伝子座の核マイクロサテライトマーカーについてMultiplex PCRの検討を行い、より簡便で安価なPCRを行うための手法改良を行った。さらに、福島大学資料研究所所蔵のオオクグの貴重な東日本大震災津波前の標本をご提供いただけることとなり、これらからのDNA抽出の検討を行った。
Ohbayashi et al (2008)のマイクロサテライトマーカーでは、遺伝的多様性解析に使用する複数の遺伝子で断片長の長短の差異が存在している。これらのことから１回のPCRで複数の遺伝子座を同時に増やすことが可能かどうか手法検討を行った。その結果、3遺伝子座についてはMultiplexが可能であったため、今後の解析ではこの手法を取り入れることとした。また、新手法を使用することによる断片長の変化の補正は、2008年に採取した島根県・大橋川個体群の遺伝子型が異なる旧手法での既知の断片長を用いて補正を行い、今後のStructure解析に使用する予定である。
福島大学資料研究所所蔵の津波前の貴重な標本については、通常のCTAB法でのDNA抽出を行い、MigSeq解析で使用する1st PCRプライマーでの増幅を試みたが、長い増幅DNAを得ることが難しかった。これは乾燥標本であること、また古い標本は50年以上前のものであることに起因すると考えられ、別手法の適用が必要であることが明らかになった。また、これらの標本抽出DNAについて上記MultiplexでのSSRマーカーによる増幅を試みる予定である。

Research Products

• [Journal Article] A massive tsunami promoted gene flow and increased genetic diversity in a near threatened plant species (2017)
  • Author(s): Kako Ohbayashi, Yoshikuni Hodoki, Natsuko Kondo, Hidenobu Kunii, Masakazu Shimada
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 7 Issue: 1 Pages: 10933-10933
  • DOI: 10.1038/s41598-017-11270-5
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research