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Study of the origin and evolutionary principle of the symbiotic nitrogen fixation system by comprehensive genomic comparative analysis

Research Project

Project/Area Number 17K07509
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Evolutionary biology
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Aoki Seishiro  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 客員共同研究員 (10334301)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊藤 元己  東京大学, 大学院総合文化研究科, 特任研究員 (00193524)
岩崎 渉  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (50545019)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Keywords共生 / 根粒菌 / 根粒形成遺伝子 / 遺伝子水平移行 / 分子進化 / 系統解析 / Azorhizobium / 根粒形成 / 共生窒素固定 / 遺伝子水平伝播 / 協力の進化 / 協力 / 遺伝子機能の起源 / 根粒共生 / 収斂進化 / ectopic gene conversion / 適応的分子進化 / 収斂 / 根粒 / 窒素固定 / 進化 / 遺伝子 / ゲノム / 微生物 / 植物
Outline of Final Research Achievements

Nodule symbiosis is an interaction between plants and bacteria that involves nitrogen fixation. In order to elucidate the conditions and principles of this symbiotic system, we carried out molecular evolutionary analyses of the origin of nodulation. We developed a method to investigate the origin of the function of symbiotic genes from the phylogenetic tree of nodulation genes. As a result of this analysis, we revealed the possibility that the gene cluster of common nodulation genes was horizontally transferred from Frankia to β-Proteobacteria, and that some of the β-Proteobacteria evolved into β-rhizobia. It was also shown that the gene cluster of β-rhizobia may have been transferred to α-rhizobia. Parallel evolution of some nodulation genes was found, suggesting strong natural selection for this symbiosis. We also analyzed the genome of new strains of understudied rhizobial taxa and revealed the accelerated molecular evolution of some nodulation genes.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究の分子進化・系統解析により、マメ科と共生できる根粒菌の起源が、フランキア由来の主要な根粒形成遺伝子群が水平移行した、βプロテオバクテリアである可能性が高いことが明らかになった。さらに、一部の根粒形成遺伝子群は、異なる分類群で複数回独立に平行進化することで生まれた可能性が示された。根粒共生系はタンパク質の生産に必要な窒素固定を伴う、生物にとって重要な生物間相互作用であり、その起源を明らかにすることは、根粒共生の進化的な条件や原理を理解する上での第一歩となると考えられる。今後は、共生を利用していなかった農作物などへの窒素固定の能力の付与など、応用研究への展開が期待される。

Report

(7 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021 2020 2019 2018 2017

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Massive rhizobial genomic variations associated with partner quality in Lotus-Mesorhizobium symbiosis2020

    • Author(s)
      Masaru Bamba, Seishiro Aoki, Tadashi Kajita, Hiroaki Setoguchi, Yasuyuki Watano, Shusei Sato, Takashi Tsuchimatsu
    • Journal Title

      FEMS Microbiology Ecology

      Volume: 96 Issue: 12

    • DOI

      10.1093/femsec/fiaa202

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exploring genetic diversity and signatures of horizontal gene transfer in nodule bacteria associated with Lotus japonicus in natural environments2019

    • Author(s)
      Bamba, M., Aoki, S., Kajita, T., Setoguchi H., Watano, Y., Sato, S., and Tsuchimatsu, T.
    • Journal Title

      Molecular Plant-Microbe Interactions

      Volume: 印刷中 Issue: 9 Pages: 1110-1120

    • DOI

      10.1094/mpmi-02-19-0039-r

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Function and evolution of a Lotus japonicas AP2/ERF family transcription factor that is required for development of infection threads2017

    • Author(s)
      Yano K, Aoki S, Liu M, Umehara Y, Suganuma N, Iwasaki W, Sato S, Soyano T, Kouchi H, Kawaguchi M
    • Journal Title

      DNA Research

      Volume: 印刷中 Pages: 193-203

    • DOI

      10.1093/dnares/dsw052

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ミヤコグサ-根粒菌共生関係における宿主選好性に対するゲノムワイド関連解析2022

    • Author(s)
      番場大, 青木誠志郎, 梶田忠, 瀬戸口浩彰, 綿野泰行, 佐藤修正, 土松 隆志
    • Organizer
      日本植物生理学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 菌の植物ホルモン合成クラスターの活性化が植物共生糸状菌Colletotrichum tofieldiaeの寄生化を促す.2021

    • Author(s)
      晝間敬,青木誠志郎,川邑菜々美,内山朱美,岩崎渉,西條雄介.
    • Organizer
      日本植物病理学会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 真核生物におけるアミノアシルtRNA合成酵素(ARS)レパートリーの推定による翻訳系の進化過程の解明へ.2020

    • Author(s)
      浜口悠貴,松井求,青木誠志郎,岩崎渉.
    • Organizer
      Tokyo Bioinformatics Meeting
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 真核生物アミノアシルtRNA合成酵素(ARS)の局在予測ツールの開発.2020

    • Author(s)
      浜口悠貴,松井求,青木誠志郎,岩崎渉.
    • Organizer
      生命情報科学若手の会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 遺伝子水平伝播による根粒菌Partner quality variationの創出2020

    • Author(s)
      番場大・青木誠志郎・梶田忠・瀬戸口博明・綿野泰行・佐藤修正・土松隆志
    • Organizer
      日本植物分類学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] ミヤコグサ野生系統の生育と共生根粒菌ゲノムの関連2019

    • Author(s)
      番場大・青木誠志郎・梶田忠・瀬戸口博明・綿野泰行・佐藤修正・土松隆志
    • Organizer
      日本植物学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] From Beta- to Alpha-proteobacteria: The origin and evolution of rhizobial nodulation genes nodIJ2018

    • Author(s)
      Seishiro Aoki, Motomi Ito, Wataru Iwasaki
    • Organizer
      7th International Legume Conference
    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Lotus species in Canary Islands and noduling bacterial communities in their habitats2018

    • Author(s)
      Masaru Bamba, Milagros Leon-Barrios, Marcelino del Arco-Aguilar, Seishiro Aoki, Koji Takayama, Tadashi Kajita
    • Organizer
      7th International Legume Conference
    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ミヤコグサ野生系統の生育に対する根粒菌遺伝子型の影響2018

    • Author(s)
      番場大,青木誠志郎,梶田忠,瀬戸口浩彰,綿野泰行,佐藤修正,土松隆志
    • Organizer
      日本植物分類学会
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Presentation] ミヤコグサ根粒菌の全ゲノム配列解析と交互接種実験から探るマメ科植物-ミヤコグサ根粒菌の共生特異性の進化2018

    • Author(s)
      番場大,青木誠志郎,梶田忠,瀬戸口浩彰,綿野泰行,佐藤修正,土松隆志
    • Organizer
      植物微生物研究会
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Presentation] 日本各地の野生ミヤコグサに共生する根粒菌の単離と系統解析2017

    • Author(s)
      番場 大、青木 誠志郎、梶田 忠、瀬戸口 浩彰、綿野 泰行、佐藤 修正、土松 隆志
    • Organizer
      日本進化学会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 日本各地の野生ミヤコグサ(Lotus japonicus)に共生している根粒菌の系統解析2017

    • Author(s)
      番場 大、青木 誠志郎、梶田 忠、瀬戸口 浩彰、綿野 泰行、佐藤 修正、土松 隆志
    • Organizer
      日本植物学会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] ヒメハギ科カスミヒメハギ(Polygala paniculata L.)の根粒共生進化研究に向けた種特性の解析.2017

    • Author(s)
      徳本雄史、征矢野敬、青木誠志郎、福原舞、中川知己、横山潤、藤田浩徳、川口正代司
    • Organizer
      日本植物学会
    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Presentation] 日本各地より採集された野生ミヤコグサに共生する根粒菌の系統解析2017

    • Author(s)
      番場 大、青木 誠志郎、梶田 忠、瀬戸口 浩彰、綿野 泰行、佐藤 修正、土松 隆志
    • Organizer
      植物微生物研究会
    • Related Report
      2017 Research-status Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2024-01-30  

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