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Application of whole genome sequence analysis for the risk assessment of Shiga Toxin producing Escherichia coli derived from deer

Research Project

Project/Area Number 17K08087
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Veterinary medical science
Research InstitutionNihon University

Principal Investigator

KABEYA Hidenori  日本大学, 生物資源科学部, 教授 (10318389)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横山 栄二  千葉県衛生研究所, 細菌研究室, 室長 (40370895)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords志賀毒素産生大腸菌 / O157 / 鹿 / 猪 / 全ゲノム解析 / 病原遺伝子 / ジビエ / 食品衛生 / PFGE / 野生動物 / 次世代シーケンサー / 食中毒
Outline of Final Research Achievements

We examined the prevalence of Shiga toxin producing Escherichia coli (STEC) among wild deer and wild boar in Japan and evaluated the pathogenicity of the isolates by whole genome sequence analysis.
STEC was isolated from 11.0% of deer (70/639) and 3.3% (16/487) of the wild boars. Of them, O157 STEC was isolated from 1.1% (7) of deer and 0.6% (3) of wild boars. Whole genome sequence analysis determined the nucleotide sequences of 5,294,527bp - 5,498,450bp of the O157 strains and 3,769,174 - 4,961,358bp of the non-O157 STEC strains, and detected 20-22, 21, 5 and 13 pathogenecity-related genes from the O157, O5 and O83 and O104 STEC strains, respectively. These results indicate the possibility of the strains to show pathogenicity to humans.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究により、我が国の野生鹿、猪においても、比較的高率にSTECが、低率ながらO157 STECも分布することが明らかとなった。従来の一義的なSTEC病原性評価に対し、全ゲノム解析による網羅的なゲノム解析法を用いた総合的解析法を応用することにより、鹿、猪由来STECは人の患者由来株同様に、強い病原性を示す可能性が示唆された。また、マイナーな血清型のSTEC においても全ゲノム解析を実施し、一部は人に病原性を示す可能性が明らかとなった。本研究成果は、鹿肉の食用利用において貴重な基礎データとして活用でき、将来的には普段の一般的な食卓においても、安全・安心な鹿肉の活用に貢献できると考えられる。

Report

(4 results)
  • 2019 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2020 2019 2018

All Presentation (6 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Presentation] 野生動物の有効利用と注意すべき感染症-細菌性感染症-2020

    • Author(s)
      壁谷英則
    • Organizer
      令和元年度 日本獣医師会獣医学術学会年次大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] わが国の鹿・猪におけるCampylobacterおよびArcobacterの保菌状況と分離株の病原性2020

    • Author(s)
      森田聡志、宮川明日香、佐藤真伍、丸山総一、奈良崎孝一郎、奈良崎和孝、壁谷英則
    • Organizer
      令和元年度 日本獣医師会獣医学術学会年次大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] わが国の鹿・猪におけるCampylobacterおよびArcobacterの保菌状況と分離株の病原性解析2019

    • Author(s)
      森田聡志、宮川明日香、佐藤真伍、丸山総一、奈良崎孝一郎、奈良崎和孝、壁谷英則
    • Organizer
      第162回日本獣医学会学術集会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 野生動物が原因となる細菌性人獣共通感染症2019

    • Author(s)
      壁谷英則
    • Organizer
      日本防菌防黴学会 第46回年次大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] わが国の鹿・猪における志賀毒素産生大腸菌O157の保菌状況と分離株の全ゲノム解析2019

    • Author(s)
      森田聡志,内海優子,藤本 翼,佐藤真伍,丸山総一,奈良崎孝一郎,奈良崎和孝,鶴田 忠,高井伸二,壁谷英則
    • Organizer
      平成30年度日本獣医師会獣医学術学会年次大会
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Presentation] わが国の鹿・猪における志賀毒素産生大腸菌の保菌状況およびO157分離株の全ゲノム解析2018

    • Author(s)
      内海優子,藤本 翼,佐藤真伍,丸山総一,奈良崎孝一郎,奈良崎和孝,鶴田 忠,横山栄二,朝倉 宏,杉山 広,高井伸二,壁谷英則
    • Organizer
      第161回日本獣医学会学術集会
    • Related Report
      2018 Research-status Report

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Published: 2017-04-28   Modified: 2021-02-19  

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