Application of whole genome sequence analysis for the risk assessment of Shiga Toxin producing Escherichia coli derived from deer
| Project/Area Number |
17K08087
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Veterinary medical science
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| Research Institution | Nihon University |
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Principal Investigator |
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
横山 栄二 千葉県衛生研究所, 細菌研究室, 室長 (40370895)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2019)
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| Budget Amount *help |
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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| Keywords | 志賀毒素産生大腸菌 / O157 / 鹿 / 猪 / 全ゲノム解析 / 病原遺伝子 / ジビエ / 食品衛生 / PFGE / 野生動物 / 次世代シーケンサー / 食中毒 |
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| Outline of Final Research Achievements |
We examined the prevalence of Shiga toxin producing Escherichia coli (STEC) among wild deer and wild boar in Japan and evaluated the pathogenicity of the isolates by whole genome sequence analysis.
STEC was isolated from 11.0% of deer (70/639) and 3.3% (16/487) of the wild boars. Of them, O157 STEC was isolated from 1.1% (7) of deer and 0.6% (3) of wild boars. Whole genome sequence analysis determined the nucleotide sequences of 5,294,527bp - 5,498,450bp of the O157 strains and 3,769,174 - 4,961,358bp of the non-O157 STEC strains, and detected 20-22, 21, 5 and 13 pathogenecity-related genes from the O157, O5 and O83 and O104 STEC strains, respectively. These results indicate the possibility of the strains to show pathogenicity to humans.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究により、我が国の野生鹿、猪においても、比較的高率にSTECが、低率ながらO157 STECも分布することが明らかとなった。従来の一義的なSTEC病原性評価に対し、全ゲノム解析による網羅的なゲノム解析法を用いた総合的解析法を応用することにより、鹿、猪由来STECは人の患者由来株同様に、強い病原性を示す可能性が示唆された。また、マイナーな血清型のSTEC においても全ゲノム解析を実施し、一部は人に病原性を示す可能性が明らかとなった。本研究成果は、鹿肉の食用利用において貴重な基礎データとして活用でき、将来的には普段の一般的な食卓においても、安全・安心な鹿肉の活用に貢献できると考えられる。
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Report
(4 results)
Research Products
(6 results)
