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Development of a disease risk estimation model with genetic and environmental factors for uric acid level.

Research Project

Project/Area Number 17K08682
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Human genetics
Research InstitutionKansai Medical University (2018-2020)
Tohoku University (2017)

Principal Investigator

MISAWA Kazuharu  関西医科大学, 医学部, 講師 (10525885)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三島 英換  東北大学, 大学病院, 助教 (00706939)
大内 基司  獨協医科大学, 医学部, 准教授 (20409155)
Project Period (FY) 2017-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords尿酸値 / 痛風 / 遺伝率 / 稀な変異 / アフリカツメガエル / HEK293T / 失われた遺伝率 / 東北メディカルメガバンク計画 / 地域住民コホート / 尿酸トランスポーター / 全ゲノム解析 / 高尿酸血症 / 低尿酸血漿 / 多変量解析 / コホート研究 / レアバリアント / 多様性 / 尿酸 / 変異 / 実験 / ゲノム / モデル化 / 生理学 / 循環器・高血圧 / 生体生命情報学
Outline of Final Research Achievements

Gout is a common arthritis caused by monosodium urate crystals. The heritability of serum urate levels is estimated to be 30% - 70%; however, common genetic variants account for only 7.9% of the variance in serum urate levels. This discrepancy is an example of missing heritability. The missing heritability suggests that variants associated with uric acid levels are yet to be found. By using genomic sequences of the ToMMo cohort, we identified rare variants of the SLC22A12 gene which encodes a urate transporter called URAT1. We identified new variants and carried out experiments to examine whether they affect the resulting protein variants. We grouped the participants with variants affecting urate uptake by URAT1 and analyzed the variance of serum urate levels. The results showed that the heritability explained by the SLC22A12 variants of men and women exceeds 10%, suggesting that rare variants underlie a substantial portion of the missing heritability of serum

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究課題の成果により、全ゲノム解析で見つかる稀な変異群が、血清尿酸値の「失われた遺伝率」のかなりの部分の根底にあることが分かりました。今後は、ゲノム上の稀な変異を検出することにより、尿酸値異常によって引き起こされる高尿酸血症や痛風などの病気にかかりやすい人を特定できるようになることが期待されています。
本研究成果は、米国遺伝学会誌「Genetics」2020年4月号に掲載されました。また2020年5月20日の朝日新聞にて記事にされました。

Report

(5 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2020 2019 2018 Other

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Contribution of Rare Variants of the SLC22A12 Gene to the Missing Heritability of Serum Urate Levels2020

    • Author(s)
      Misawa Kazuharu、Hasegawa Takanori、Mishima Eikan、Jutabha Promsuk、Ouchi Motoshi、Kojima Kaname、Kawai Yosuke、Matsuo Masafumi、Anzai Naohiko、Nagasaki Masao
    • Journal Title

      Genetics

      Volume: 214 Issue: 4 Pages: 1079-1090

    • DOI

      10.1534/genetics.119.303006

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Is the population of Sado Island genetically close to the population of western Japan?2019

    • Author(s)
      Misawa Kazuharu、Watanabe Hiroshi、Yokoseki Akio、Wakasugi Minako、Onodera Osamu、Narita Ichiei、Momotsu Takeshi、Sato Kenji、Endo Naoto
    • Journal Title

      Human Genome Variation

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 26-26

    • DOI

      10.1038/s41439-019-0058-6

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      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 尿酸値の失われた遺伝率は、 レアバリアントがかなりの部分を説明する2020

    • Author(s)
      三澤 計治, 長谷川 嵩矩, 三島 英換, Promsuk Jutabha, 大内 基司, 小島 要, 河合 洋介, 松尾 雅文, 安西 尚彦, 長崎 正朗
    • Organizer
      第53回日本痛風・尿酸核酸学会
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  • [Presentation] 佐渡の人たちは西日本から渡ってきたのか?2019

    • Author(s)
      三澤 計治, 渡部 裕, 横関 明男, 若杉 三奈子, 小野寺 理, 成田 一衛, 百都 健, 佐藤 賢治, 遠藤 直人
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第64回大会
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  • [Presentation] Multi-allelic method for genome-wide association studies: The kernel trick2019

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      Kazuharu Misawa
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  • [Presentation] 佐渡の人たちは西日本から渡ってきたのか?2019

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      三澤 計治, 渡部 裕, 横関 明男, 若杉 三奈子, 小野寺 理, 成田 一衛, 百都 健, 佐藤 賢治, 遠藤 直人
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      第一回ヤポネシアゲノムくにうみミーティング
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      三澤 計治, 渡部 裕, 横関 明男, 若杉 三奈子, 小野寺 理, 成田 一衛, 百都 健, 佐藤 賢治, 遠藤 直人
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      日本進化学会第21回大会
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  • [Presentation] 尿酸トランスポーター2019

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      三澤 計治, 長谷川 嵩矩, 三島 英換, Promsuk Jutabha, 大内基司, 小島 要, 河合 洋介, 長崎 正朗, 安西尚彦
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      第14回トランスポーター研究会
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  • [Presentation] レアバリアントが尿酸値の失われた遺伝率のかなりの割合を説明する2018

    • Author(s)
      三澤計治, 三島英換, 大内基司, 長谷川嵩矩, 小島要, 河合洋介, 長崎正朗, 安西尚彦, 阿部高明, 山本雅之
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第63回大会
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  • [Presentation] Rare variants explain a substantial portion of the missing heritability of the uric acid level2018

    • Author(s)
      Kazuharu Misawa, Eikan Mishima, Motoshi Ouchi, Takanori Hasegawa, Kaname Kojima, Yosuke Kawai, Masao Nagasaki, Naohiko Anzai, Takaaki Abe, and Masayuki Yamamoto
    • Organizer
      American Society of Human Genetics 2018 meeting
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      Kazuharu Misawa
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  • [Presentation] 尿酸トランスポーター2018

    • Author(s)
      三澤計治, 三島英換, 大内基司, 長谷川嵩矩, 小島要, 河合洋介, 長崎正朗, 安西尚彦, 阿部高明, 山本雅之
    • Organizer
      第1回トランスポーター研究会北部会
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      http://www.qlifepro.com/news/20200401/rare-variants-of-the-slc22a12-gene.html

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      http://www.kmu.ac.jp/news/laaes7000000b581-att/20200330KMUPress_Release.pdf

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Published: 2017-04-28   Modified: 2022-01-27  

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