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乳酸菌とビフィズス菌の基準ゲノム作成と公開

Research Project

Project/Area Number 17K19248
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Agricultural chemistry and related fields
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

有田 正規  国立遺伝学研究所, 情報研究系, 教授 (10356389)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川島 武士  国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教 (10378531)
Project Period (FY) 2017-06-30 – 2020-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2017: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Keywordsビフィズス菌 / 乳酸菌 / 全ゲノム解析 / ゲノム / データベース / オープンデータ
Outline of Annual Research Achievements

前年に見出したLactobacillus paragasseriは新種であることが国際的に認められた。当該種にはガセリシンTおよびアシルホモセリンラクトン分解酵素の遺伝子配列が高い頻度で保存されている。抗菌スペクトルを調べたがL. delbrueckii subsp. bulgaricusやL. dextrinicus、Ruminococcus gnavus程度にしか活性がみられなかった。そのため後者のラクトン分解酵素に注目して解析を継続している。また、ボローニャ大学(イタリア)と共同でコウモリの糞便由来のビフィズス菌8株を全ゲノム解析し、ゲノム全体の類似指標であるANIやハウスキーピング遺伝子を用いて系統関係を明らかにした。うち2株が新種とみなせるため、論文を準備中である。また複数種の猿の糞便由来のビフィズス菌ゲノムも解析している。そのうちゲラダヒヒ(草食)については新種提案の論文を投稿した。雑食のサルの場合、ゲノムに特徴を見つけることが難しいと思われる。糖鎖の分解酵素に注目して解析を継続している。高等動物にはそれぞれの種に特化したビフィズス菌が存在すると考えられるが、糖鎖関連の酵素にホストを決定するメカニズムが見いだせるかどうか検討している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

ボローニャ大学とはMOUを締結し、密に連携して論文を共同執筆している。
そのほか東京農業大学、NARO畜産草地研究所など多くの研究者と共同研究が進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

引き続き多くの研究機関と共同研究を進める。新種提案の論文は多く出せると思われるが、そうした発見をルーチーンにできる計算基盤や進化的な意義といったメタレベルの解析を中心に進めたい。

Report

(2 results)
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report

Research Products

(9 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research Journal Article Presentation

  • [Int'l Joint Research] ボローニャ大学(イタリア)

    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] University of Bologna(Italy)

    • Related Report
      2017 Research-status Report
  • [Journal Article] Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples2018

    • Author(s)
      Endo A, Tanizawa Y, Arita M
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 1887 Pages: 3-13

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-8907-2_1

    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses2018

    • Author(s)
      Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 68 Pages: 3512-3517

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.003020

    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes2018

    • Author(s)
      Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S
    • Journal Title

      Appl Environ Microbiol

      Volume: 84

    • DOI

      10.1128/aem.01290-18

    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Comparative Analysis of Probiotic Bacteria Based on a new Definition of core Genome2018

    • Author(s)
      Satti Maria、Tanizawa Yasuhiro、Endo Akihito、Arita Masanori
    • Journal Title

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      Volume: 印刷中

    • DOI

      10.1142/s0219720018400127

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage2017

    • Author(s)
      Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H
    • Journal Title

      International journal of systematic and evolutionary microbiology

      Volume: 67 Pages: 3639-3644

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.002196

    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Revealing the genomic differences between two subgroups in <i>Lactobacillus gasseri</i>2017

    • Author(s)
      Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M
    • Journal Title

      Bioscience of Microbiota, Food and Health

      Volume: 36 Issue: 4 Pages: 155-159

    • DOI

      10.12938/bmfh.17-006

    • NAID

      130006132734

    • ISSN
      2186-3342
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Comparative Analysis of probiotic genus Bifidobacterium and Lactobacillus based on a new definition of core genome2017

    • Author(s)
      Maria Satti
    • Organizer
      GIW/BIOINFO2017
    • Related Report
      2017 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2017-07-21   Modified: 2019-12-27  

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