Wet-Dry融合アプローチを用いた産業応用酵素の遷移状態制御による新機能創製

• Project/Area Number: 17KT0010
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 特設分野
• Research Field: Transition State Control
• Research Institution: Rikkyo University
• Principal Investigator: 常盤 広明 立教大学, 理学部, 教授 (10221433)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中野 祥吾 静岡県立大学, 食品栄養科学部, 助教 (80748541) ; 石川 岳志 鹿児島大学, 理工学域工学系, 教授 (80505909)
• Project Period (FY): 2017-07-18 – 2020-03-31
• Project Status: Discontinued (Fiscal Year 2019)
• Budget Amount: ¥18,460,000 (Direct Cost: ¥14,200,000、Indirect Cost: ¥4,260,000); Fiscal Year 2019: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000); Fiscal Year 2018: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000); Fiscal Year 2017: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
• Keywords: 産業応用酵素 / 人工酵素 / 第一原理計算 / 分子動力学シミュレーション / 高解像度X線構造解析 / フラグメント分子軌道計算 / 基質特異性 / PyMOL plug-inアプリケーション / Wet-Dry融合 / フラグメント分子軌道法 / 高分解能構造 / 遷移状態制御 / X線結晶構造解析

Outline of Annual Research Achievements

高い選択能を有する酵素の特性を生かした産業応用酵素群の開発は、資源の乏しい我が国において世界を牽引する科学技術革新として極めて重要な課題である。
そこで本研究では、高精度な第一原理計算を用いた『Dry (計算化学、バイオインフォマティクス) 』手法と熱化学測定やX線結晶構造解析などを用いた『wet(酵素化学、構造生物学)』実験とを融合した新たなアプローチにより、高い選択能を有する酵素の特性を生かした産業応用酵素群を合理的に設計・開発することを目的としている。実際の対象としては、血液サンプル中に含まれる特定のアミノ酸、L-Thr濃度の定量計測への応用が期待されている短鎖型L-スレオニン脱水素酵素(TDH)等の標的タンパク質を取り上げた。特に、酵素反応における遷移状態を明らかにするだけでなく、天然型酵素の機能を目的に合わせて改変し、反応そのものを分子レベルで制御することで、天然酵素の活性を凌駕し、適用範囲を拡大した人工タンパク質（人工酵素）の合理的設計開発を目指した。最終的には、各種標的酵素だけに留まらず、創薬標的の中心である核内受容体やウイルスタンパク質に対する理論的解析についても推進した。特に、ＦＭＯ計算に基づいて、標的タンパク質と基質・リガンドとの各種相互作用エネルギーを効率的に３Ｄ表示をする汎用化ツール群の開発に成功した。これらの結果は国内外の学会等で発表するとともに、専門誌（J.Chem.Info.Model）に公表した。このツール群の詳細な解説および酵素系への応用については、Springerより今年度発刊予定の書籍中に掲載することとなった。さらに、これまでの構造を基盤とした解析に加えて、配列解析に基づくバイオインフォマティックスを利用した新たなWet-Dry融合解析により、実際に応用可能なレベルに機能向上した標的タンパク質の合理的な創製への道を開くことができた。

Research Products

• [Int'l Joint Research] Inst. of Chemistry-Centre for Glycomics/Slovak Academy of Sciences(スロバキア)
• [Int'l Joint Research] スロバキア科学アカデミー(スロバキア)
• [Journal Article] Total Synthesis of Termicalcicolanone A via Organocatalysis and Regioselective Claisen Rearrangement (2019)
  • Author(s): Saki Ito, Taiki Kitamura, Sundaram Arulmozhiraja, Kei Manabe, Hiroaki Tokiwa, and Yumiko Suzuki
  • Journal Title: Organic Letters Volume: 21(8) Issue: 8 Pages: 2777-2781
  • DOI: 10.1021/acs.orglett.9b00731
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of analysis toolkit to visualize interaction energies generated by fragment molecular orbital calculations (2018)
  • Author(s): Takaki Tokiwa, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Takeshi Ishikawa, Sohei Ito, Vladimir Sladek, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Hiroaki Tokiwa, Fuminori Misaizu, and Yasuteru Shigeta
  • Journal Title: J. Chem. Info. Model Volume: 59(1) Issue: 1 Pages: 25-30
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00649
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Protein residue networks from energetic and geometric data ? are they identical? (2018)
  • Author(s): Vladimir Sladek, Hiroaki Tokiwa, Hitoshi Shimano, Yasuteru Shigeta
  • Journal Title: J. Chem. Theor. Comp. Volume: 14(12) Issue: 12 Pages: 6623-6631
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00733
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Dual conformation of the ligand induces the partial agonistic activity of retinoid X receptor α (RXRα) (2018)
  • Author(s): Yurina Miyashita, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Nakano, Naoya Matsuo, Kanade Shimizu, Osamu Shibahara, Michiko Fujiwara, Hiroki Kakuta, Sohei Ito, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Hiroaki Tokiwa
  • Journal Title: FEBS Letters Volume: 593(2) Issue: 15 Pages: 242-250
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.8b00427
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Benchmark analysis of native and artificial NAD+-dependent enzymes generated by a sequence based design method with or without phylogenetic data (2018)
  • Author(s): Shogo Nakano, Tomoharu Motoyama, Yurina Miyashita, Yuki Ishizuka, Naoya Matsuo, Hiroaki Tokiwa, Suguru Shinoda, Yasuhisa Asano, and Sohei Ito
  • Journal Title: Biochemistry Volume: 57(26) Issue: 26 Pages: 3722-3732
  • DOI: 10.1021/acs.biochem.8b00339
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Molecular association model of PPARα and its new specific and efficient ligand, pemafibrate: Structural basis for SPPARMα (2018)
  • Author(s): Yamamoto Yuta、Takei Kenta、Arulmozhiraja Sundaram、Sladek Vladimir、Matsuo Naoya、Han Song-iee、Matsuzaka Takashi、Sekiya Motohiro、Tokiwa Takaki、Shoji Mitsuo、Shigeta Yasuteru、Nakagawa Yoshimi、Tokiwa Hiroaki、Shimano Hitoshi
  • Journal Title: Biochemical and Biophysical Research Communications Volume: 499 Issue: 2 Pages: 239-245
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.03.135
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] 3-(Triflyloxy)benzynes Enable the Regiocontrolled Cycloaddition of Cyclic Ureas to Synthesize 1,4-Benzodiazepine Derivatives (2018)
  • Author(s): Ikawa Takashi、Akai Shuji、Kaneko Hideki、Yamamoto Yuta、Arulmozhiraja Sundaram、Tokiwa Hiroaki
  • Journal Title: Synlett Volume: 29 Issue: 07 Pages: 943-948
  • DOI: 10.1055/s-0036-1591924
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Alkanoylation of quinazoline by nucleophilic aromatic substitution: Combined experimental and computational study (2018)
  • Author(s): Suzuki Yumiko、Iwata Naoto、Dobashi Kohei、Takashima Ryo、Arulmozhiraja Sundaram、Ishitsubo Erika、Matsuo Naoya、Tokiwa Hiroaki
  • Journal Title: Tetrahedron Volume: 74 Issue: 3 Pages: 392-400
  • DOI: 10.1016/j.tet.2017.11.071
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Product Release Mechanism Associated with Structural Changes in Monomeric l-Threonine 3-Dehydrogenase (2017)
  • Author(s): Motoyama Tomoharu、Nakano Shogo、Yamamoto Yuta、Tokiwa Hiroaki、Asano Yasuhisa、Ito Sohei
  • Journal Title: Biochemistry Volume: 56 Issue: 43 Pages: 5758-5770
  • DOI: 10.1021/acs.biochem.7b00832
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mechanistic Insight into Weak Base-Catalyzed Generation of Carbon Monoxide from Phenyl Formate and Its Application to Catalytic Carbonylation at Room Temperature without Use of External Carbon Monoxide Gas (2017)
  • Author(s): Konishi Hideyuki、Matsubara Mika、Mori Keisuke、Tokiwa Takaki、Arulmozhiraja Sundaram、Yamamoto Yuta、Ishikawa Yoshinobu、Hashimoto Hiroshi、Shigeta Yasuteru、Tokiwa Hiroaki、Manabe Kei
  • Journal Title: Advanced Synthesis & Catalysis Volume: 359 Issue: 20 Pages: 3592-3601
  • DOI: 10.1002/adsc.201700751
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Elucidation of product release mechanism associated with structural changes in L-threonine 3-dehydrogenase (2019)
  • Author(s): Tomoharu Motoyama, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Hiroaki Tokiwa, Yasuhisa Asano, Sohei Ito
  • Organizer: ACS Fall 2019 National Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Molecular origin of dual functionalities of fluorescent RXR agonists, CU-6PMN, which would be a key element for a high-throughput screening system of RXR ligands based on fluorescent intensity assay (2019)
  • Author(s): Mayu Kawasaki, Shogo Nakano, Tomoharu Motoyama, Shoya Yamada, Masaki Watanabe, Michiko Fujihara, Hiroaki Tokiwa, Hiroki Kakuta, Sohei Ito
  • Organizer: ACS Fall 2019 National Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] In silico analysis on structure and function of lipid-metabolism related proteins based on the first-principles calculation (2019)
  • Author(s): Hiroaki Tokiwa, Sundaram Arulmozhiraja, Vladimir Sladek, Yuta Yamamoto, Kanade Shimizu, Ryuhei Harada, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta, Yoshimi Nakagawa, Takeshi Matsuzaka, and Hitoshi Shimano
  • Organizer: 11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences, CCS International Symposium
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] アダマンチル基及びキ導入型新規ビタミンD誘導体の生物活性と骨芽細胞分化能の解析」 骨芽細胞分化能の解析 (2019)
  • Author(s): 石澤通康、Rocio Otero, 沼本修孝, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 常盤広明, Antonio Mourino, 槇島誠, 山田幸子
  • Organizer: 第５回Neo Vitamin D Workshop学術集会
• [Presentation] アダマンチル基及びアルキル基導入型新規ビタミンD誘導体のユニークな生物活性 (2019)
  • Author(s): 石澤 通康, 前川 和樹, 常盤 広明, 風間 智彦, 松本 太郎, 槇島 誠, 山田 幸子
  • Organizer: 第30回日本レチノイド研究会学術集会
• [Presentation] 高精度分子シミュレーションに基づくSyringolin A誘導体の脂質二重膜透過解析 (2019)
  • Author(s): 清水奏、原田隆平、Sundaram Arulmozhiraja、市川聡、前仲勝実、常盤広明、重田育照
  • Organizer: 日本コンピュータ化学会2019秋季年会 in 広島
• [Presentation] ヒトSLAMのアミノ最末端領域は麻疹ウイルスの受容体として機能するために重要である (2019)
  • Author(s): 關 文緒、福原 秀雄、山本 雄大、Arulmozhiraja Sundaram、大石 和恵、丸山 正、常盤 広明、前仲 勝実、竹田 誠
  • Organizer: 第67回日本ウイルス学会学術集会
• [Presentation] アダマンチル基及びアルキル基を付加した新規ビタミンD誘導体の細胞選択的活性 (2019)
  • Author(s): 石澤 通康、前川 和樹、常盤広明、Antonio Mourino、風間 智彦、松本太郎、槇島 誠、山田 幸子
  • Organizer: 日本大学医学部医学会例会
• [Presentation] 新規ビタミンD誘導体の細胞選択的活性及び治療効果の検討 (2019)
  • Author(s): 石澤 通康、前川 和樹、常盤広明、Antonio Mourino、風間 智彦、松本太郎、槇島 誠、山田 幸子
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 種差の解消を指向したGPR35 アゴニストの合成研究 (2019)
  • Author(s): 永沼 美弥子, 渡邊 智博, 橋本知子、小出拓人、手塚一燈、橋本直季、赤木荘太、古田 和幸、山本雄大、長島颯太、常盤広明、田中智之、大野修、松野研司
  • Organizer: 日本薬学会第139年会、千葉
• [Presentation] 第四次革新的手法に基づくインフルエンザHA の変異予測からユニバーサルワクチン開発は可能となるか？ (2019)
  • Author(s): 山本雄大、Arulmozhiraja SUNDARAM、畑田 崚、中野 祥吾、伊藤創平、竹田誠、常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第139年会、千葉
• [Presentation] インフルエンザA 型ウイルスとスルファチドの結合分子機構の解析 (2019)
  • Author(s): 内野峻介、紅林 佑希、高橋忠伸、林野乃香、大石健太、常盤広明、鈴木 隆
  • Organizer: 日本薬学会第139年会、千葉
• [Presentation] Can novel sequence alignment method by 4th revolution predict critial mutational points in flu HAs? (2018)
  • Author(s): Hiroaki Tokiwa
  • Organizer: Asian-Pacific Centenary Spanish 1918-flu Symposium, Shenzen, China
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Molecular Simulation on Permeability of Middle-Sized Molecules across Lipid Bilayer Membrane (2018)
  • Author(s): Kanade Shimizu, Sundaram Arulmozhiraja, Yuta Yamamoto, Katsumi Maenaka, Satoshi Ichikawa, and Hiroaki Tokiwa
  • Organizer: 10th Peptide International Symposium, Kyoto, Japan
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Theoretical interaction analysis between nobiletin and muscarinic acetylcholine receptors using fragment molecular orbital (FMO) calculations (2018)
  • Author(s): Kanade Shimizu, Sundaram Arulmozhiraja, Yuta Yamamoto, WOO Je-Tae, Yasuo Watanabe, Shizuo Yamada, Hiroaki Tokiwa
  • Organizer: The 4th International Conference on Pharma-Food (ICPF 2018) , Shizuoka Japan
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Data Analysis Toolkits of Fragment Molecular Orbital Calculations to Visualize Interaction Energies Using the GUI Plugin for PyMOL (2018)
  • Author(s): Takaki Tokiwa, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Takeshi Ishikawa, Sohei Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Hiroaki Tokiwa, Yasuteru Shigeta
  • Organizer: Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2018, Funabori, Japan
• [Presentation] The extreme N-terminus of SLAM determines the fate of humans and monkeys against canine distemper virus infection (2018)
  • Author(s): Fumio Seki, Hideo Fukuhara, Yuta Yamamoto, Sundaram Alulmozhiraja, Shogo Nakano, Sohei Ito, Kazue Ohishi, Tadashi Maruyama, Shigeru Morikawa, Ryoji Yamaguchi, Hiroaki Tokiwa, Katsumi Maenaka, Makoto Takeda
  • Organizer: The 17th Awaji International Forum on Infection and Immunity, Awajishima, Japan
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] How to design artificial protein surpassing native enzyme function similar to Design and multidisciplinary analysis of artificial L-threonine 3-dehydrogenase (2018)
  • Author(s): Shogo Nakano, Tomoharu Motoyama, Yurina Miyashita, Yuki Ishizuka, Naoya Matsuo, Hiroaki Tokiwa, Suguru Shinoda, Yasuhisa Asano, Sohei Ito
  • Organizer: ASBMB Experimental Biology 2018 (San Diego, California), USA
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Discovery of novel monomeric L-threonine 3-dehydrogenase and elucidation of product release mechanism (2018)
  • Author(s): Tomoharu Motoyama, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Hiroaki Tokiwa, Yasuhisa Asano, Sohei Ito
  • Organizer: ASBMB Experimental Biology 2018 (San Diego, California), USA
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] What is the origin of partial agonist activity of CBt-PMN for hRXRα? (2018)
  • Author(s): Kanade Shimizu, Yurina Miyashita, Yuta Yamamoto, Naoya Matsuo, Shogo Nakano, Sohei Ito, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Hiroki Kakuta, Hiroaki Tokiwa
  • Organizer: ASBMB Experimental Biology 2018 (San Diego, California), USA
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Computational design and molecular mechanism in oligomerization of C-terminal binding protein 2 (2018)
  • Author(s): Yurina Miyashita, Naoya Matsuo, Yuta Yamamoto, Shogo Nakano, Sohei Ito, Nobutaka Numoto, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Motohiro Sekiya, Hitoshi Shimano, and Hiroaki Tokiwa
  • Organizer: ASBMB Experimental Biology 2018 (San Diego, California), USA
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Crystal structure of the tetrameric ligand binding domain of RXRalpha complexed with a novel synthetic partial agonist. (2018)
  • Author(s): Yurina Miyashita, Nobutaka Numoto, Sundaram Arulmozhiraja, Shogo Nakano, Naoya Matsuo, Kanade Shimizu, Osamu Shibahara, Michiko Fujiwara, Hiroki Kakuta, Sohei Ito, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito, Hiroaki Tokiwa
  • Organizer: The 56th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan (Okayama, Japan)
• [Presentation] Role for the extreme N-terminus of SLAM in determination of the moribillivirus host range (2018)
  • Author(s): Fumio Seki, Hideo Fukuhara, Yuta Yamamoto, Sundaram Alulmozhiraja, Shogo Nakano, Sohei Ito, Kazue Ohishi, Tadashi Maruyama, Shigeru Morikawa, Ryoji Yamaguchi, Hiroaki Tokiwa, Katsumi Maenaka, Makoto Takeda
  • Organizer: The 66th Annual Meeting of the Japansese Society of Viroglogy, Kyoto, Japan
• [Presentation] インフルエンザウイルスにおけるスルファチド結合部位の解析 (2018)
  • Author(s): 高橋忠伸、林野乃香、紅林佑希、大石健太、益田碧、川岸佐和子、藤田侑、常盤広明、鈴木隆
  • Organizer: 第60回脂質生化学会
• [Presentation] アミノ酸の配列データみを用いた高機能化酵素人工設計 (2018)
  • Author(s): 本山智晴、中野祥吾、宮下由里奈、石塚由貴、松尾直也、常盤広明、浅野泰久、伊藤創平
  • Organizer: 第19回ライフサイエンスシンポジウム、静岡
• [Presentation] 新規単量体型L-スレオニン脱水素酵素の発見と生成物脱離機構の解明 (2018)
  • Author(s): 本山智晴、中野祥吾、山本雄大、常盤広明、浅野泰久、伊藤創平
  • Organizer: 日本農芸化学会2018年度大会、名古屋
• [Presentation] 面糖タンパク質HN を標的とした抗ムンプスウイルス薬の合理的設計開発 (2018)
  • Author(s): 石川雄規、山本雄大、Sundaram Arulmozhiraja、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] 高精度分子シミュレーションに基づく中分子化合物の脂質二重膜透過解析 (2018)
  • Author(s): 清水奏、Sundaram Arulmozhiraja、山本雄大、前仲勝実、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] 第四次革新的手法を用いたモルビリウイルスと感染哺乳動物との共進化に関する理論的研究 (2018)
  • Author(s): 樋口玲爾、關文緒、中野祥吾、伊藤創平、丸山正、大石和恵、竹田誠、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] アミ配列を基盤としたNAD 依存型代謝センサー分子の解析 (2018)
  • Author(s): 宮下由里奈、中野祥吾、伊藤創平、沼本修孝、伊倉貞吉、伊藤暢聡、関谷元博、島野仁、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] 新規アミノ酸配列解析手法による脂肪酸伸長酵素の構造および機能解析 (2018)
  • Author(s): 松田留理子、宮下由里奈、中野祥吾、伊藤創平、竹田浩之、松坂賢、島野仁、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] 第一原理計算に基づく糖鎖－レクチン複合体の高精度相互作用解析 (2018)
  • Author(s): 増田匠吾、Sundaram Arulmozhiraja、隅田泰生、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] フェニルプロピオルアミド誘導体を用いたシス選択的なジアザジロ骨格の合成法の開発研究 (2018)
  • Author(s): 田口りか、神作美保子、橋爪優奈、横江弘雅、常盤広明、津吹政可
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] 高精度第一原理計算を利用した GPR35 アゴニストの理論的相互作用解析 (2018)
  • Author(s): 長島颯汰、山本雄大、渡邊智博、 古田和幸、橋本知子、大野修、田中智之、松野研司、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] 第一原理計算による脂質二重膜モデルの計算化学的解析 (2018)
  • Author(s): 畑田崚、山本雄大、松田留理子、清水奏、松坂賢、島野仁、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] レチノイドX 受容体(RXR)アゴニストの分子内回転による柔軟性に基づくRXR 誘導適合能に関する理論的解析 (2018)
  • Author(s): 伊藤匡史、今井大輔、宮下由里奈、加来田博貴、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] レチノイドX 受容体のパーシャルアゴニストCBTF-PMN の活性発現機構の解明に向けた構造学的研究 (2018)
  • Author(s): 今井大輔、清水奏、宮下由里奈、Sundaram Arulmozhiraja、中野祥吾、伊藤創平、沼本修孝、伊倉貞吉、伊藤暢聡、加来田博貴、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] シークヮーサー由来ノビレチンはなぜムスカリンM1 受容体選択的に結合するのか？ (2018)
  • Author(s): 山本雄大、清水奏、Sundarama Arulmozhiraja、杉山菜月、井出葵、禹済泰、渡邉泰雄、山田静雄、常盤広明
  • Organizer: 第62回日本薬学会関東支部大会、東京
• [Presentation] 核内受容体転写因子複合体におけるRXRαパーシャルアゴニストのPPI制御能に関する構造生物学,熱化学,および理論化学的解 (2018)
  • Author(s): 清水奏、宮下由里奈、中野祥吾、伊藤創平、沼本修孝、伊倉貞吉、伊藤暢聡、加来田博貴、常盤広明
  • Organizer: 創薬懇話会 in 志賀島、福岡
• [Presentation] サルならびにヒトのイヌジステンパーウイルスに対する感受性を決めるSLAM遺伝子変異 (2018)
  • Author(s): 關文緒、福原秀樹、山本雄大、Sundaram Alulmozhiraja、中野祥吾、伊藤創平、大石和恵、丸山正、森川茂、山口良二、常盤広明、前仲勝実、竹田誠
  • Organizer: 第90回日本遺伝学会、奈良
• [Presentation] 含窒素ヘテロ環式化合物の酵素法による合成への展開 (2018)
  • Author(s): 本山智晴、中野祥吾、山本雄大、常盤広明、浅野泰久、伊藤創平
  • Organizer: 日本生物工学会中部支部例会
• [Presentation] X 線結晶構造及び相互作用解析に基づく蛍光性 RXRα アゴニスト作用機序の解明 (2018)
  • Author(s): 川﨑真由, 中野祥吾, 本山智晴, 山田翔也, 渡邉将貴, 藤原美智子, 常盤広明, 加来田博貴, 伊藤創平
  • Organizer: 第36回メディシナルケミストリーシンポジウム、京都
• [Presentation] 新規代謝センサー分子CtBP2のアミノ酸配列に基づく分子設計と構造・物性評価 (2018)
  • Author(s): 宮下 由里奈, 山本 雄大, 中野 祥吾, 伊藤 創平, 沼本 修孝, 伊倉 貞吉, 伊藤 暢聡, 関谷 元博, 島野 仁, 常盤 広明
  • Organizer: 第36回メディシナルケミストリーシンポジウム、京都
• [Presentation] 配列を基盤としたバイオインフォマティックスによるモルビリウイルスと感染哺乳動物との共進化に関する理論的研究 (2018)
  • Author(s): 樋口 玲爾、關 文緒、中野 祥吾、伊藤 創平、丸山 正、大石 和恵、竹田 誠、常盤 広明
  • Organizer: 第41回日本分子生物学会年会、横浜
• [Presentation] レクチン－糖鎖複合体に対する高精度第一原理計算の適用 (2018)
  • Author(s): 増田 匠吾, Sundaram Arulmozhiraja, 隅田 泰生, 常盤 広明
  • Organizer: 第37回日本糖質学会年会、仙台
• [Presentation] 多環式ベンザインによる付加環化反応の理論的反応解析 (2018)
  • Author(s): 山本雄大，井川貴詞，Arulmozhiraja Sundaram，Sladek Vladimir，松尾直也，村上智成，福元 豊，高木 晃，青山 浩，赤井周司，常盤広明
  • Organizer: 第16回次世代を担う有機化学シンポジウム、大阪
• [Presentation] 第一原理計算を利用した臨床治療薬の効能解析 (2018)
  • Author(s): 常盤広明
  • Organizer: ＣＢＩ学会２０１８年大会
  • Invited
• [Presentation] Computational design and molecular mechanism in oligomerization of C-terminal binding protein 2 (2018)
  • Author(s): Miyashita, Y., Yamamoto, Y., Nakano, S., Ito, S., Numoto, N., Ikura, T., Ito, N., Sekiya, M., Shimano, H., Tokiwa, H.
  • Organizer: ASBMB2018
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] How to design artificial protein surpassing native enzyme function ~Design and multidisciplinary analysis of artificial L-threonine 3-dehydrogenase~ (2018)
  • Author(s): Nakano, S., Motoyama, T., Miyashita, Y., Ishizuka, Y., Matsuo, N., Tokiwa, H., Shinoda, S., Asano, Y., Ito, S.
  • Organizer: ASBMB2018
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Discovery of novel monomeric L-threonine 3-dehydrogenase and elucidation of product release mechanism (2018)
  • Author(s): Motoyama, T., Nakano, S., Yamamoto, Y., Tokiwa, H., Asano, Y., Ito, S.
  • Organizer: ASBMB2018
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] What is the origin of partial agonist activity of CBt-PMN for hRXRα? (2018)
  • Author(s): Shimizu, K., Miyashita, Y., Matsuo, N., Yamamoto, Y., Nakano, S., Ito, S., Numoto, N., Ikura, T., Ito, N., Kakuta, H., Tokiwa, H.
  • Organizer: ASBMB2018
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ウイルスタンパク質を指向したタンパク質の効率的構造変化経路探索法の開発とその応用 (2018)
  • Author(s): 常盤広明
  • Organizer: 7th Negative Strand Virus-Japan Symposium
• [Presentation] イヌジステンパーウイルスの株間の感染性の違いに着目した新規in silico手法によるウイルスHと動物SLAMの相互作用解析 (2018)
  • Author(s): 松尾直也・關文緒・前仲勝実・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 7th Negative Strand Virus-Japan Symposium
• [Presentation] 第四次革新的手法と最新の計算化学を基盤とする計算皮膚科学の可能性 (2018)
  • Author(s): 松田留理子・常盤広明
  • Organizer: 第8回化粧品開発展
• [Presentation] イヌジステンパーウイルスの株間の感染性の違いに着目したウイルスタンパク質と受容体の相互作用解析 (2018)
  • Author(s): 松尾直也・關文緒・前仲勝実・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 高精度第一原理計算を用いた新規SPPARMα (K-877) のin silico解析 (2018)
  • Author(s): 山本雄大・松尾直也・Sundaram Arulmozhiraja・Vladimir Sladek・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] hRXRαリガンドCBt-PMNのパーシャルアゴニスト活性の起源は何か？ (2018)
  • Author(s): 清水奏・宮下由里奈・松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・加来田博貴・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 構造および配列を基盤とした遊離脂肪酸受容体 (FFAR1/FFAR4) とPUFAとの相互作用解析 (2018)
  • Author(s): 山本雄大・Sundaram Arulmozhiraja・Vladimir Sladek・速水耕介・韓力・辻智子・中野祥吾・伊藤創平・渡邊康雄・山田静雄・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] NADH依存型脂質代謝関連蛋白質の新規分子設計に基づく分子基盤 (2018)
  • Author(s): 宮下由里奈・山本雄大・中野祥吾・伊藤創平・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・関谷元博・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 第四次革新的手法による難解析性タンパク質の構造および機能解析 (2018)
  • Author(s): 松田留理子・宮下由里奈・中野祥吾・伊藤創平・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第138年会
• [Presentation] 25-Adamantyl-1α,25-dihydroxyvitamin D3誘導体の組織選択的活性 (2018)
  • Author(s): 石澤通康・Rocio Otero・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・常盤広明・Antonio Maurino・槇島誠・山田幸子
  • Organizer: 日本ビタミン学会第70回大会
• [Presentation] Molecular association model of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor α and its new specific and efficient ligand, K-877 (2017)
  • Author(s): Miyashita, Y., Takei, K., Sladek, V., Nakano S., Ito, S., Matsuzaka, T., Sekiya, M., Nakagawa, Y., Tokiwa, H., Shimano, H.
  • Organizer: 6th FIP Pharmaceutical Sciences World Congress 2017
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Rational drug design of antiviral compounds using a novel in silico approach combining quantum chemistry and bioinformatics (2017)
  • Author(s): Matsuo, N., Miyashita, Y., Nakano, S., Ito S., von Itzstein, M., Tokiwa, H.
  • Organizer: 6th FIP Pharmaceutical Sciences World Congress 2017
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Molecular basis of ligand interaction of GPR40/GPR120 based on FMO calculations with multiple sequence analysis (2017)
  • Author(s): Yamamoto, Y., Sladek, V., Arulmozhiraja, S., Hayamizu, K., Nakano, S., Ito, S., Watanabe, Y., Yamada, S., Tokiwa, H.
  • Organizer: 1th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2017)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] IN SILICO BINDING ANALYSIS OF NOVEL SEECTIVE PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECPTORα MODULALTORS (SPPARMα) (2017)
  • Author(s): Yamamoto, Y., Sladek, V., Takei, K., Nakagawa, Y., Shimano, H., Tokiwa, H.
  • Organizer: The 11th European Conference on Theoretical and Computational Chemistry EUCO-TCC
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] IN SILICO BINDING ANALYSIS OF PGC-1α INTERACTION WITH PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECPTORα MODULALTORS (2017)
  • Author(s): Sladek, V., Yamamoto, Y., Takei, K., Nakagawa, Y., Shimano, H., Tokiwa, H.
  • Organizer: The 11th European Conference on Theoretical and Computational Chemistry EUCO-TCC
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Elucidating coevolution mechanism of morbillivirus with mammals using the fourth revolutionary method based on a novel protein multiple sequence method (2017)
  • Author(s): Matsuo, N., Nakano, S., Ito, S., Seki, F., Takeda, M., Tokiwa, H.
  • Organizer: The 16th Awaji International Forum on Infection and Immunity
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Computational Study of Enzyme Reaction Mechanism in monomeric L-threonine 3-dehydrogenase (2017)
  • Author(s): Yamamoto, Y., Motoyama, T., Sladek, V., Stanislav, K., Nakano, S., Ito, S., Tokiwa, H.
  • Organizer: CPMD2017 conference
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] NADH依存型脂質代謝関連タンパク質の相互作用解析 (2017)
  • Author(s): 宮下由里奈・山本雄大・中野祥吾・伊藤創平・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・関谷元博・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] 新規アミノ酸配列解析手法を用いたA型インフルエンザウイルスの糖タンパク質HAの分類、変異および配列予測 (2017)
  • Author(s): 秋元麻友美・松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・常盤広明
  • Organizer: 6th Negative Strand Virus-Japan Symposium
• [Presentation] 高精度第一原理計算およびバイオインフォマティクス手法を基盤とした計算ウイルス学の可能性 (2017)
  • Author(s): 常盤広明
  • Organizer: 6th Negative Strand Virus-Japan Symposium
• [Presentation] 新規アミノ酸配列解析手法を用いたモルビリウイルスの宿主特異性の理論的解析 (2017)
  • Author(s): 松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 6th Negative Strand Virus-Japan Symposium
• [Presentation] 計算化学およびバイオインフォマティクスとの新規融合アプローチによる抗ウイルス薬の合理的設計開発 (2017)
  • Author(s): 松尾直也・Sundaram Arulmozhiraja・中野祥吾・伊藤創平・高橋忠伸・鈴木隆・池田潔・Mark von Itzstein・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第137年会
• [Presentation] ベンザインの (2+2) 付加環化二量化反応とその配向制御 (2017)
  • Author(s): 井川貴詞・村上智成・福元豊・高木晃・青山浩・山本雄大・常盤広明・赤井周司
  • Organizer: 日本薬学会第137年会
• [Presentation] 多環式ベンザインによる (2+2) 付加環化反応はなぜ進行するのか？ (2017)
  • Author(s): 山本雄大・Sundaram Arulmozhiraja・Vladimir Sladek・松尾直也・村上智成・福元豊・井川貴詞・村上智成・福元豊・高木晃・青山浩・赤井周司・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第137年会
• [Presentation] 第四次革新的手法を用いたウイルス糖タンパク質の理論的解析および完全人工抗体の設計開発 (2017)
  • Author(s): 松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・竹田誠・Mark von Itzstein・常盤広明
  • Organizer: 日本薬学会第137年会
• [Presentation] 第四次革新的手法を用いたインフルエンザHA様人工タンパク質の理論設計 (2017)
  • Author(s): 松尾直也・樋口玲爾・中野祥吾・伊藤創平・常盤広明
  • Organizer: 創薬懇話会2017 in 加賀
• [Presentation] 新規高脂血症治療薬の高精度 in silico 解析 (2017)
  • Author(s): 小山実穂・宮下由里奈・松田瑠璃子・清水奏・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 創薬懇話会2017 in 加賀
• [Presentation] 高精度第一原理計算を用いた構造未知たんぱく質を標的とした合理的創薬手法の開発と抗ウイルス薬への応用 (2017)
  • Author(s): 山本雄大・石川雄規・伊藤匡史・松尾直也・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 創薬懇話会2017 in 加賀
• [Presentation] 第四次革新的手法に基づく宿主動物およびウイルスの共進化メカニズムの解明 (2017)
  • Author(s): 松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・關文緒・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] レチノイドX受容体とパーシャルアゴニストに関する相互作用解析 (2017)
  • Author(s): 清水奏・宮下由里奈・山本雄大・中野祥吾・伊藤創平・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・加来田博貴・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] レクチン-糖鎖複合体に対する高精度第一原理計算の適用 (2017)
  • Author(s): 増田匠吾・松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] 新規アミノ酸配列解析手法を用いたインフルエンザHA様人工タンパク質の理論的設計 (2017)
  • Author(s): 樋口玲爾・松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] 脂肪酸の鎖長の違いに着目したヘテロ組成細胞膜モデルの構築 (2017)
  • Author(s): 松田留理子・山本雄大・Sundaram Arulmozhiraja・Vladimir Sladek・中野祥吾・伊藤創平・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] 生活習慣病標的タンパク質複合体に対する結合解析 (2017)
  • Author(s): 小山実穂・宮下由里奈・Vladimir Sladek・山本雄大・松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・島野仁・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] ウイルス表面タンパク質と新規抗ウイルス薬候補化合物との理論的相互作用解析 (2017)
  • Author(s): 石川雄規・山本雄大・松尾直也・津吹政可・加藤大志・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] 位置異性体間で生じるレチノイドX受容体に対するアゴニスト活性の違いに関する理論的解析 (2017)
  • Author(s): 伊藤匡史・松尾直也・加来田博貴・常盤広明
  • Organizer: 第61回日本薬学会関東支部大会
• [Presentation] Rational designs of artificial viral proteins using a novel multiple sequence analysis (2017)
  • Author(s): 松尾直也・樋口玲爾・中野祥吾・伊藤創平・關文緒・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 第65回日本ウイルス学会学術集会
• [Presentation] RXRα/パーシャルアゴニスト複合体に対する構造生物学および理論化学の融合解析 (2017)
  • Author(s): 清水奏・宮下由里奈・山本雄大・中野祥吾・伊藤創平・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・加来田博貴・常盤広明
  • Organizer: 第35回メディシナルケミストリーシンポジウム
• [Presentation] パーシャルアゴニストが結合したhRXRα受容体複合体に関する構造生物学および計算化学的解析 (2017)
  • Author(s): 清水奏・宮下由里奈・山本雄大・中野祥吾・伊藤創平・沼本修孝・伊倉貞吉・伊藤暢聡・加来田博貴・常盤広明
  • Organizer: 第28回日本レチノイド研究会学術集会
• [Presentation] 第四次革新的手法を用いたウイルスおよび宿主動物の共進化メカニズムの解明 (2017)
  • Author(s): 松尾直也・中野祥吾・伊藤創平・關文緒・竹田誠・常盤広明
  • Organizer: 2017年度生命科学系学会合同年次大会
• [Book] AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation" in “『Recent advances of the fragment molecular orbital method ~Enhanced performance and applicability』 (2019)
  • Author(s): Takaki Tokiwa, Shogo Nakano, Hiroaki Tokiwa, and Yasuteru Shigeta
  • Publisher: Springer
• [Book] AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize inter“Application o"Fragment Molecular Orbital Calculation to Enzyme Functional Analysis”" in “『Recent advances of the fragment molecular orbital method ~Enhanced performance and applicability』 (2019)
  • Author(s): Shogo Nakano, Sohei Ito, and Hiroaki Tokiwa
  • Publisher: Springer
• [Book] "Elucidating the efficacy of clinical drugs using FMO" in『Recent advances of the fragment molecular orbital method ~Enhanced performance and applicability』 (2019)
  • Author(s): Sundaram Arulmozhiraja, Hiroaki Tokiwa, and Hitoshi Shimano
  • Publisher: Springer
• [Remarks] 立教大学理学部化学科理論創薬分子設計研究室
• [Remarks] 立教大学理学部化学科理論創薬・分子設計研究室