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Large scale screening of pre-pathological models that enable early detection of diseases by deep learning

Research Project

Project/Area Number 17KT0049
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section特設分野
Research Field Complex Systems Disease Theory
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Michiue Tatsuo  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (10282724)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 越智 陽城  山形大学, 医学部, 准教授 (00505787)
Project Period (FY) 2017-07-18 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥18,590,000 (Direct Cost: ¥14,300,000、Indirect Cost: ¥4,290,000)
Fiscal Year 2019: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2018: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2017: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
Keywords癌ドライバー遺伝子 / CRISPR-Cas9システム / ネッタイツメガエル / 腫瘍形成 / CRISPR-Cas9 / 癌形成 / 発ガンドライバー遺伝子 / 腫瘍化 / ツメガエル / スクリーニング / 深層学習
Outline of Final Research Achievements

Recent studies have shown that the frequency of tumorigenesis is increased by multiple gene mutations, but the gene sets have not been fully identified. In this study, we aimed to comprehensively find a novel set of cancer driver genes by multiple gene knocking down by using CRISPR-Cas9 and Xenopus as a model animal. We also aimed to analyze the gene expression profile in tumor tissues. As a result, the assay system using Xenopus was established, and a novel gene set showing a tumor-specific decrease was found.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

まだまだ理解が進んでいない癌ドライバー遺伝子セットを多数同定することができれば、癌の未発症状態が把握でき、疾病予測にもつながることが期待できる。また、実際に遺伝子セットの腫瘍形成能を調べる上で、飼育が容易で安価であるネッタイツメガエルを用いたアッセイ系が確立できれば、他の多くの腫瘍形成メカニズム解析にも貢献できると期待できる。

Report

(6 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • 2017 Research-status Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2020 2019 2018

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 2 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Spontaneous neoplasia in the western clawed frog Xenopus tropicalis.2020

    • Author(s)
      Suzuki M, Igawa T, Suzuki N, Ogino H, Ochi H.
    • Journal Title

      MicroPubl Biol.

      Volume: 10

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Latrophilin2 is involved in neural crest cell migration and placode patterning in Xenopus laevis.2019

    • Author(s)
      Yokote N., Suzuki-Kosaka Y. M., Michiue T., Hara T., Tanegashima K.
    • Journal Title

      International Journal of Developmental Biology

      Volume: 63 Issue: 1-2 Pages: 29-35

    • DOI

      10.1387/ijdb.180184kt

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] CRISPR-Cas9法を用いた、ツメガエル胚におけるがん形成に必要な遺伝子の組み合わせの探索2020

    • Author(s)
      北村和輝
    • Organizer
      東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻・卓越コロキウム
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] CRISPR/Cas9法を用いた、ツメガエル胚におけるガン形成に必要な遺伝子の組み合わせの探索2019

    • Author(s)
      北村和輝、道上達男
    • Organizer
      日本ツメガエル研究集会首都圏支部会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] CRISPR/Cas9法を用いた、ツメガエル胚におけるがん形成に必要な遺伝子の組み合わせの探索2019

    • Author(s)
      北村和輝、山元孝佳、越智陽城、道上達男
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] ツメガエル胚の領域規定における細胞張力・細胞形状の関与2019

    • Author(s)
      道上達男
    • Organizer
      第五回幹細胞研究会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ツメガエル初期発生の外胚葉パターニングにおける物理的な力の関与2019

    • Author(s)
      道上達男、金島 時、中桐悠一郞、山元 孝佳
    • Organizer
      第90回日本動物学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] ツメガエル外胚葉パターニングにおける物理的な力の関与2019

    • Author(s)
      道上達男
    • Organizer
      第13回日本ツメガエル研究集会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 胚パターニングにおけるFam46aのBMPシグナリング調節機構2018

    • Author(s)
      道上 達男,渡邊 朋子
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] アクチン結合タンパク質Lima1を用いたFRET張力センサーの開発2018

    • Author(s)
      平野咲雪、山元孝佳、道上達男
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Book] 基礎からスタート 大学の生物学2019

    • Author(s)
      道上達男
    • Total Pages
      180
    • Publisher
      裳華房
    • ISBN
      9784785352417
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Book] 生物学入門 第三版2019

    • Author(s)
      嶋田正和、上村慎治、増田建、道上達男(編)
    • Total Pages
      298
    • Publisher
      東京化学同人
    • ISBN
      9784807909520
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2017-07-21   Modified: 2023-01-30  

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