| Project/Area Number |
18016011
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
大野 欽司 Nagoya University, 大学院・医学系研究科, 教授 (80397455)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2007
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2007)
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| Budget Amount *help |
¥7,700,000 (Direct Cost: ¥7,700,000)
Fiscal Year 2007: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,900,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,800,000 (Direct Cost: ¥3,800,000)
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| Keywords | スプライシング異常遺伝子変異 / Pre-mRNAスプライシング機構 |
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| Research Abstract |
ヒトにおけるbranch pointコンセンサス配列を実験結果に基づいて決定を行うためにヒト20種類のhouse keeping genesの52のintronsを対象に367個のlariat clonesを解析した。367個のclonesのうちbranch pointにmisincorporated nucloeitdesを認めたものは181 clonesで、これらを用いて解析を行った。残りの186個のクローンはlariat RT-PCRにおいてbranch pointがスキップをした可能性を強く示唆するデータを得たため、解析には用いることができなかった。Branch pointsの塩基は、92.3%A,3.3%C,1.7%G,2.8%Uであった。解析の結果、ヒトのbranch pointコンセンサス配列はyUnAyであることが判明した。Branch pointsの83%は-34位から-21位に存在した。Polypyrimidine tractはbranch pointの下流4から24塩基に存在した。ヒトのbranch pointコンセンサス配列は、予想されるよりもdegenerativeであり、branch pointは他のsplicing cis-element(s)と同時に認識をされている可能性が強く示唆された。本プロジェクトの最終目的は、ヒトbranch pointを予測するロジックを構築することであった。しかし、branch point sequenceのdegeneracyが予想以上に高くアルゴリズムの構築は困難であった。
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