相同グループ法による系統プロファイリングを用いた植物遺伝子機能の大規模推定
| Project/Area Number |
18017005
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
佐藤 直樹 The University of Tokyo, 大学院・総合文化研究科, 教授 (40154075)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤原 誠 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 助教 (90332345)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2007
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2007)
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| Budget Amount *help |
¥7,700,000 (Direct Cost: ¥7,700,000)
Fiscal Year 2007: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,900,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,800,000 (Direct Cost: ¥3,800,000)
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| Keywords | 細胞内共生 / 葉緑体形成 / 系統プロファイリング / 光合成 / シアノバクテリア |
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| Research Abstract |
本研究では,相同グループ法による系統プロファイリングの方法論の有効性を確立して,データを公開するとともに,これによって系統特異的に保存されているタンパク質群を推定し,生物群特異的機能に関与するタンパク質群を一括して同定することを目的とした。以下のような成果を得た。1.Gclustソフトウェアを改良し,大量データにも耐えるバージョン3.5.5zを作った。またこれによって,光合成生物を中心とする95種の生物の全タンパク質のクラスタリングを行い,その結果をGclustサーバーにおいて公開した。2.系統プロファイリングの適用によって推定される新規機能遺伝子の機能アノテーションの最初の試みとして,光合成膜の主要脂質であるジガラクトシルジアシルグリセロール(DGDG)を合成する酵素のうち,紅藻とシアノバクテリアに共通に存在するものをGclustを用いて推定し,実験的に実証した。3.相同グループを利用した微生物ゲノムの距離構造の解析の新しい手法を開発した。すなわち,Gclustソフトウェアを用いて最新25種のシアノバクテリアからなるデータセットCyano25を構築し,これに基づいてシアノバクテリアにおいて保存されている遺伝子の並び方の保存性(拡張したsynteny,global linkage)を発見することができた。4.色素体の起源となったシアノバクテリアの推定に関し,新たな配列データを用いて解析を行い,従来の定説とは異なる可能性を示唆した。
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Report
(2 results)
Research Products
(19 results)
