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メダカ近縁種のゲノムライブラリーの作成とメダカゲノム情報による物理地図作成

Research Project

Project/Area Number 18017006
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionNational Institute for Basic Biology (2007)
The University of Tokyo (2006)

Principal Investigator

成瀬 清  National Institute for Basic Biology, 形質転換生物研究施設, 准教授 (50208089)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 酒泉 満  新潟大学, 理学部, 教授 (40175360)
Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥8,000,000 (Direct Cost: ¥8,000,000)
Fiscal Year 2007: ¥4,100,000 (Direct Cost: ¥4,100,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,900,000)
Keywordsメダカ / ゲノム / 近縁種 / 性決定 / 性染色体 / 進化 / 性決定遺伝子 / BACライブラリー / ルソンメダカ / インドメダカ / 3次元PCRスーパープール / フォスミドライブラリー / 培養細胞
Research Abstract

インドメダカ関連研究
インドメダカをもちいてメダカESTマーカーを中心にしてゲノム内をスキャンすることで性連鎖マーカーを同定した。その結果インドメダカ性染色体はメダカLG10と相同な染色体であることが明らかとなった。さらに詳細な遺伝学的解析の結果、インドメダカ性決定領域をメダカゲノム上で約300kbpの領域に絞り込むことが出来た。インドメダカXY雄と性転換XY雌を交配しXX,XY,YY胚を作成し、そのマーカーをもちいて遺伝子タイピングをおこないXX胚とYY胚を同定した。それぞれ1個体より由来する培養細胞系を樹立した後、それらの培養細胞をもちいて2種類のBACライブラリー(IMBYとIMBX)を構築し、それぞれのライブラリーを384穴プレート96枚に整列化させた。詳細な連鎖解析から同定できた性連鎖PCRマーカーをもちいてIMBYライブラリーのスクリーニングをおこない、インドメダカ性決定領域を完全に覆う物理地図を作成することが出来た。
ハブスメダカ関連研究
ハブスメダカではメダカESTマーカーを用いた連鎖解析の結果ZZ-ZW型の性決定システムをもっと共にその性染色体はメダカLG05に相同であることが明らかとなった。ジャワメダカ/ハブスメダカF1よりfosmidライブラリーを構築するとともにF1胚に由来する培養細胞系も樹立した。構築したfosmidライブラリーは約2000クローンをプールして、PCRスクリーニング用のDNAプールを作成した。これによりPCRとハイブリダイゼーション組み合わせてバブスメダカ性決定領域に由来するクローンのスクリーニングをおこなった。同定したクローンをもちいてハブスメダカ培養細胞から作成した染色体標本をもちいてFISH法によりハブスメダカZ染色体とW染色体をそれぞれ同定したところメダカ属では初めて形態的に性染色体が分化していることを明らかにすることが出来た。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2007 2006

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 3 results)

  • [Journal Article] Evolution of different Y chromosomes in two medaka species, Oryzias dancena and O. Iatipes.2007

    • Author(s)
      Takehana, Y., Demiyah, D., et. al.
    • Journal Title

      Genetics 175

      Pages: 1335-1340

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The DMY gene induces male development in genetically fem ale(XX)medaka fish.2007

    • Author(s)
      Matsuda M., Shinomiya A., Kinoshita M, et. al.
    • Journal Title

      Pro. Natl. Acad. Sci 104,

      Pages: 3865-3870

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The medaka draft genome and insights into vertebrate geno me evolution.2007

    • Author(s)
      Kasahara, M., Naruse, K., et. al.
    • Journal Title

      Nature 446

      Pages: 714-719

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Analysis of the exon-intron structures of fish, amphibian, bird and mammalian hatching enzyme genes, with special reference to the intron loss evolution of hatching enzyme genes in Teleostei.2007

    • Author(s)
      Kawaguchi M., Yasumasu S., Hiroi J., Naruse K., Suzuki T., Iuchi I.
    • Journal Title

      Gene. 2007 392(1-2)

      Pages: 77-88

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Active digestion of sperm mitochondrial DNA in single living sperm revealed-by optical tweezers.2006

    • Author(s)
      Nishimura Y, Yoshinari T, Naruse K, Yamada T, Sumi K, Mitani H, Higashiyama T, Kuroiwa T
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci 103(5)

      Pages: 1382-1387

    • Related Report
      2006 Annual Research Report

URL: 

Published: 2006-04-01   Modified: 2018-03-28  

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